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PubMed 检索教程. PubMed 介绍与布尔逻辑运算符. PubMed 系统是由美国国立生物技术信息中心( NCBI )开发的用于检索 MEDLINE 、 Pre-MEDLINE 数据库的网上检索系统。 MEDLINE Pre-MEDLINE Medline 与 Pre-Medline 的关系 布尔逻辑运算符. MEDLINE.

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PubMed检索教程


Pubmed1
PubMed介绍与布尔逻辑运算符

  • PubMed系统是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的用于检索MEDLINE、Pre-MEDLINE数据库的网上检索系统。

  • MEDLINE

  • Pre-MEDLINE

  • Medline 与 Pre-Medline的关系

  • 布尔逻辑运算符


Medline
MEDLINE

  • MEDLINE是美国国立医学图书馆(U.S.National Library of Medicine)最重要的书目文摘数据库,内容涉及医学、护理学、牙科学、兽医学、卫生保健和基础医学。收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊,现有书目文摘条目1000万余条,时间起自1966年。虽然是世界范围的,但是大多数记录是从英语资料(87%)或有英文摘要(72%)的文献中获得的。

  • 每一个MEDLINE的记录包含一个PubMed unique identifier(PMID)以及[PubMed - indexed for MEDLINE]

  • MEDLINE引文示例


New Data

Collect

Pre-Medline

Medline

Process

PubMed


Pre medline
Pre-MEDLINE

  • Pre-MEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在接受新数据,可为用户提供基本的文献条目和文摘,其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。

  • 记录除被赋予一个PMID(PubMed unique identifier -- PMID)。而且Pre-MEDLINE的记录还带有一个记号,[PubMed - in process]。

  • 一旦引文被移动到MEDLINE,它们就从Pre-MEDLINE中被删除、替换为已检索化的MEDLINE记录。

  • Pre-MEDLINE引文示例


Boolen operators
布尔逻辑运算符(Boolen Operators)

  • 逻辑与AND smoking AND lung-neoplasms

  • 逻辑或OR Hyperphagia OR Obesity

  • 逻辑非NOT Dyslexia NOT Child

B

c

C

A


Pubmed2
PubMed页面介绍

  • 总览

  • 上方数据库栏

  • 左侧导航栏

  • 检索查询栏

  • 特征栏


PubMed在其主页上与NCBI的7个数据库建立了超链接。这些数据库包括:Nucleotide(DNA序列)数据库。Protein[氨基酸(蛋白质)序列]数据库。Genome(基因组序列)数据库,提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务,这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。Structure(分子结构模型)数据库,这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。Popset(种群、种系发生或突变序列)数据库,是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。Taxonomy(微生物类别)数据库和OMIM(人类孟德尔遗传学)在线数据库等。Books(相关图书)可链接到相关参考书籍的文摘页。


  • Overview-PubMed数据库的覆盖范围和刊物信息。New/Noteworthy-关于PubMed系统更新和未来发展。

  • Journal Browser-通过标题,关键词,标题缩写,或者ISSN号,在PubMed和其他Entrez数据库中检索期刊标题,还可以察看提供全文的刊物的列表。MeSH Browser-可以在分层结构中浏览MeSH的词汇表。Citation Matcher-是一个填空式的表格,允许用户通过输入刊物的引文信息来定位特定文章,特定一期内容,或者整个刊物的内容。Clinical Queries-为临床医生准备,关注于四个领域:疗法,诊断,病因,和预后。Cubby-为注册用户(免费注册)提供的检索策略存储空间,可以生成检索历史信息,并可以及时更新。

  • Order Documents-购买原文(大约$5/篇)。Grateful Med-连接到NLM提供的其他服务。包括对MEDLINE,Pre-MEDLINE和其他NLM数据库(例如:AIDSLINE,HealthSTAR等)的访问。Consumer Health-提供与MEDLINEplus的链接,是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。Clinical Alerts-迅速公布由NIH资助的,会显著影响发病率和死亡率的临床研究结果。Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息。PubMed Central-可免费提供全文的生命科学文献。


  • 在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是TNF,然后单击“go”按钮或按回车键,PubMed将会自动开始检索,并将检索到的相关条目显示在屏幕上。

  • 你可以随时向查询框输入查询词,点击“go”按钮开始新的查询。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容,然后开始一个新的查询。

  • 在查询框前search提示后有一个下拉式菜单,你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。


  • Limits 在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是(条件限定)

  • Preview/Index(预览/索引)

  • History(检索史)

  • Clipboard(粘贴板)

  • Details(详细策略)


Limits
在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是条件限定”(Limits)的用法

  • Limits图解

  • 注意事项


注意事项在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是

  • 选择了“出版物类型”、“年龄”、“性别”、“人或动物”中的任何一项,检索将限制在MEDLINE数据库中进行,PreMEDLINE则被排除在外。因为这些特征限制只有MEDLINE中才有。PreMEDLINE中的条目尚未完成标引,未含这些数据。

  • “Subsets”下拉菜单允许做如下限制:“AIDS”限制在艾制滋病文献库;“AIM”限制在AIM(Abridged Index Medicus)引用的120种重点核心期刊文献库;“Dental”限制在牙科学文献库;“MEDLINE”限制在MEDLINE数据库;“Nursing”限制在护理学文献库;“PreMEDLINE”限制在PreMEDLINE数据库;“Publisher”限制在出版商提供的文献数据库


Preview index
在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是预览/索引”(Preview/Index)用法

  • Preview(预览)可以在显示条目之前显示所查到的文献数。在输入框中键入搜索词,单击Preview,PubMed返回的信息是文献条目的数量,而非内容。(图1)

  • 通过增加一个或多个单词来修改查询方案。可以继续向框中加入多个词语,点击Preview直到得到希望的内容。

  • 向下滚动Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分,使用下拉菜单确定一个搜索域(图2),向文本框中加入词语,单击Preview可以看到查询结果。(图3)

  • Preview自动使用“AND”运算符来将单词合为一体,即要求同时查询包含两个词的文献。(图4)


Index
Index在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是(索引)中选择搜索词

  • 使用索引按钮可以从特定域中选择以索引的单词,并把他们加入查询方案之中。Index(索引)中可以查看某一个特定搜索域中词语列表。

  • 举例:选择“Title/Abstract Word”作为搜索域,键入搜索词gene therapy (图5),点击Index按钮,PubMed以字母顺序显示所选定搜索域中相关的词语,使用滚动条或“Up, Down”来上下移动列表。选择“gene therapy”。 (图6)

  • 使用“AND”关系,继续Preview,得出检索结果(图7)


  • 系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下Ctrl键点击每个词即可),当需要的词全部点亮后,点击运算符号可以将其加到提问框中。然后点击Preview键,系统显示新检索结果数。

  • 还可以从其他检索字段中选择词汇,不断增加到检索提问框中,直到满意为止。最后点击Preview查看检索结果记录数,或点击Go显示检索结果。


History
系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下检索史”(History)的用法

  • History主要用于查看检索策略,也可用于查看检索结果记录数量。点击History,显示检索史:检索号、检索策略、检索时间和检索结果数。要查看检索到的记录,直接点击检索结果数即可。

  • 在History状态下,可以将检索式用逻辑运算符连接起来后再检索。如:#1 AND #2。在检索史(History)被删除后也会随之丢失。

  • 要清除检索史,请点击Clear History键。

  • 注意:PubMed最多可保留100个检索式,超过100个时自动删除最早的检索式。


Clipboard
系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下粘贴板”(Clipboard)的用法

  • Clipboard是在一次检索中存放检索结果的地方,便于集中存盘、打印或订购原文。

  • 粘贴板最多能存放500条记录。只要粘贴板中有记录,就可点击Clipboard查看其中的记录(记录为Summary格式)。粘贴板按记录存放的先后顺序显示记录。

  • 要把检索结果全部存入粘贴板中,只需直接点击Add to Clipboard键。如果要把部分检索结果存入粘贴板,需要点击该记录左边的选择框后,再点击Add to Clipboard键。完成后,记录编号的颜色变绿。


Details
Details系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下的用法

  • Details用于查看PubMed的检索策略。使用Details键还可以对检索策略进行编辑,然后再一次检索。

  • 在PubMed Query框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。该框下有四个区域:Result区显示检索结果的记录总数,点击这个数字,可回到检索结果显示屏。Translation区显示检索词转换的详细情况。Database区显示检索的数据库。User Query区显示用户键入的检索词或检索表达式。

  • 对检索策略进行编辑可直接使用鼠标点击PubMed Query框中的检索策略,将其增加、删除或修改后点击Search键。如:在其后加上“AND 2000[dp]“,再点击Search键。


存储检索策略系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下--URL键的用法 在PubMed Query状态下,点击URL键,检索策略将会显示在提问框中并作为URL的一部分保存起来。然后用浏览器的书签功能把URL收藏为一个书签,最后用浏览器的编辑功能为其重命名即可。


Pubmed3
PubMed 系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下系统的主要功能

  • 词汇自动转换功能

  • 截词检索功能

  • 强制检索功能

  • 链接功能


词汇自动转换功能系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

在PubMed主页的检索提问框中键入检索词,系统将按顺序使用如下4种索引,对检索词进行转换后再检索。 (1)MeSH转换表(MeSH Translation Table),包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词,就会自动将其转换为相应的MeSH词和Text word词(题名词和文摘词)进行检索。例如:键入“Vitamin h",系统将其转换成"Biotin [MeSH Terms] ORVitamin h [Text word]"后进行检索。 (2)刊名转换表(Journal Tanslation Table),包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为MEDLINE缩写后进行检索。如:在检索提问框中键入:“new england journal of medicine", PubMed将其转换为"N Engl J Med"后进行检索。


系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下3)短语表(Phrase list)。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统和补充概念(物质)名称表。如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词,就会查找短语表。 (4)著者索引(Author Index)。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词,或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语,PubMed即查著者索引。

如果仍然找不到匹配词,PubMed就会把该词断开后再重复上述转换过程,直到找到为止。若仍然没有匹配词,单个词会被用AND连在一起,在全部字段中检索。如:"single cell",系统就会自动将其分成两个词:“single“和“cell”检索,其检索表达式为:“single AND cell”。要查验检索词的转换情况,可点击“Details”键。


截词检索功能系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • PubMed允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如:键入“bacter*”,系统会找到那些前一部分是bacter的单词(如bacteria, bacterium, bacteriophage等),并对其分别进行检索。如果这类词少于150个,PubMed会逐个词检索,若超过150个(如:Staph*),PubMed将显示警告信息,要求增加词汇的开头字母数量。

  • 截词功能只限于单词,对词组无效。如:“infection*”包括“infections”,但不包括“infection control”等。

  • 使用截词功能时,PubMed系统会自动关闭词汇转换功能。


强制检索功能系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 如上所述,在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“Go”,系统会用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索;但是,当键入的词语无匹配词时,PubMed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程,若仍然没有匹配词,系统就将短语分解成单词,再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显,这样检索的结果是不符合用户要求的。因此,PubMed允许使用双引号(“”)来强制系统进行短语检索。例如,在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”,并用双引号引起来,然后点击“Go”,系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。 使用双引号检索,会自动关闭词汇转换功能。


链接功能系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 链接相关文献。PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接,在检索结果的显示状态下,每条记录的右边均有“Related Articles”超链接。点击该链接,系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。

  • 链接NCBI数据库。

  • 链接外部资源。PubMed提供从检索结果到期刊全文、生物学数据、序列中心等的链接。该功能通过链接上述站点的方式来实现。在检索结果显示状态下,点击“LinkOut”进入相关网站。

  • 链接相关图书。(图1)


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PubMed 系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下检索方法

  • 词语(主题)检索

  • 著者检索

  • 刊名检索

  • 布尔逻辑检索

  • 日期或日期范围检索

  • 检索带文摘的记录

  • 字段标识一览表


词语(主题)检索系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 在PubMed主页的提问框中键入英文单词或短语(大小写均可)后回车或点击“Go”,PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索,并将检索结果直接显示在主页下方。

  • 如果检索结果不符合要求,可以在提问框中增加或删除词语,或者在Details状态下来修改检索式,也可使用“Limits”选择限定条件后再进行检索。此外,用户可根据需要使用通配符“*”或双引号进行截词或强制检索。


著者检索系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 在提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写,格式为:著者姓 <空格> 名字首字母缩写,例如smith ja,然后回车或点击Go,系统会自动到著者字段去检索,并显示检索结果。

  • 如果在著者姓名前后使用双引号,并用著者字段标识——[au]加以限定,如“smith ja”[au],那么系统只检索著者字段。


刊名检索系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 在提问框中键入刊名全称或MEDLINE简称、ISSN号,例如:molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524,然后回车或点击Go。

  • 如果刊名与MeSH词表中的词相同,例如:Gene Therapy、Science或Cell等,PubMed将把这些词作为MeSH词检索。这时需要用刊名字段标识——[ta]加以限定,如“gene therapy[ta]”。

  • 单个词的刊名也需要用[ta]限定,如:Scanning[ta]。否则系统将在全部字段中检索。

  • 使用刊名全称或MEDLINE简称可检索到数据库中的全部相关记录。使用ISSN号进行检索,则不能保证检到数据库中较早的记录。

  • 若刊名有括号,录入时应将括号省略。如:J Hand Surg[Am]应键入:J Hand Surg Am。


布尔逻辑检索系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • PubMed系统允许使用布尔逻辑检索,如:vitamin c OR zinc。

  • 布尔逻辑检索的运算顺序为从左至右,可使用圆括号来改变其运算顺序。如common cold AND (vitamin c OR zinc), 圆括号中的检索式最先运算。

  • 布尔逻辑检索允许在检索词后附加字段标识以限定检索字段。其检索表达式的格式为:检索词[字段标识] 布尔运算符 检索词[字段标识]。如:dna[mh] AND crick [au] AND 1993 [dp];又如:asthma[mh] AND review[pt] AND child[mh]


日期或日期范围检索系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 在提问框中键入日期或日期范围,然后回车或点击Go,系统在日期字段检索,并将符合条件的记录予以显示。日期字段共有3种不同标识:[mhda](标引MeSH主题词的日期)、[dp](文献出版日期)和[edat](录入PubMed系统数据库的日期)。

  • 日期的录入格式为YYYY/MM/DD,如:1999/09/08[edat]。也可以不录月份和日子,如:2000[dp]或1999/12[mhda]。


检索带文摘的记录系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 检索式的格式:检索词 ANDhasabstract, 如:liver cancer AND hasabstract。1975年前出版的文章,其MEDLINE记录中没有文摘。

  • 也可以选中“Limits”中的“only items with abstracts”复选框(推荐)。


字段标识一览表系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下


检索结果的显示、存盘、打印系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 显示检索结果(Displaying)

  • 保存检索结果(Saving)

  • 打印检索结果(Printing)


显示检索结果系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • PubMed系统可用6种不同的格式显示检索结果,默认Summary格式。打开Summary下拉菜单,从中选择一种格式并用鼠标点击,然后点击Display键,系统按所选格式显示检索结果;如果只需要显示其中一部分记录,则需点击该记录左边的选择框,标记后,再点击Display键;如果只需显示一条记录,则可直接点击该记录中的作者姓名超链接,系统会自动显示该记录的文摘格式。

  • 点击Text键,系统显示记录的纯文本形式。 点击Show键,可选择每页显示的记录条数。 点击Select Page的数字,显示相应Web页的记录点击Sort键,可以分类显示。


保存检索结果系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • PubMed系统可用不同的显示格式保存检索结果,默认Summary格式。PubMed系统允许最多可保存5000条记录。

  • 要保存全部检索结果时,打开Summary下栏菜单选择其中一种格式,然后点击Save键;要保存特定记录时,点击记录左边的选择框予以标记后,再点击Save键。

  • 存盘时PubMed默认文件名为“query.fcgi”。该文件名可以修改,文件格式也可在“.fcgi”和“.txt”中选择。如果想存为超文本格式,则需要使用浏览器的“另存为.....”功能,并选择“.html”格式后再存盘。


打印检索结果系统允许从索引词表中词表中同时选择多个词(按下

  • 使用浏览器的打印功能,可打印Web页上显示的检索记录,默认值为20条。若检索结果超过20条,则需修改每页显示的记录数。点击Show键,选择每页显示的条数,然后再打印。系统允许每页最多显示500条记录。如果想打印成文本格式,请先点击Text键,然后再打印。


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