Red Académica i2basque HPC

1. Red Académica i2basqueHPC Josu Aramberri (jaramberri@i2basque.es) Iñaki Serna (iakiserna@ej-gv.es) II Workshop Ibercivis CIEMAT, 13 de septiembre de 2011

2. Accessing Supercomputing resources in Spain and EuropeIberGrid 2011 ¿QUIÉNES SOMOS? • I2basque es una REN autonómica, financiada por el Departamento de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco. • Desde Enero del 2011 somos parte de IkerBasque – Fundación Vasca para la Ciencia • Proporcionamos comunicaciones avanzadas y servicios TIC a los agentes de la Red Vasca de Ciencia y Tecnología: • Universidades públicas y privadas • Centros Científicos y Tecnológicos • Hospitales e investigación biomédica • Entidades gestoras de I+D • Áreas en las que desarrollamos nuestra actividad: • Comunicaciones • Cálculo intensivo • Multimedia y Videoconferencia • Contenidos en Internet: LMS, CMS

3. Accessing Supercomputing resources in Spain and Europe IberGrid 2011 RECURSOS HPC • IBM iDataplex • 128 nodos, 1024 procesadores • 90 TB disco, 8.2 TB RAM • 11TFlops • Infiniband • Torque + Moab • RHEL 5.2 • Próxima incorporación a la RES • Cluster gt3 • 29 nodos, 232 procesadores • 12 TB disco, 458 GB RAM • 1378 GFlops • Gigabit Ethernet • Sun Grid Engine • CentOS 5.3 • Cluster gt • 16 nodos, 66 procesadores 12 TB disco, 67 GB RAM • Gigabit Ethernet • Sun Grid Engine • CentOS 4.4

4. Accessing Supercomputing resources in Spain and EuropeIberGrid 2011 Mecanismos de acceso y grupos que pueden acceder • Pueden solicitar recursos las entidades afiliadas a i2basque, enviando el formulario especificado en nuestra página web a grid@i2basque.es http://i2basque.es/index.php/Cálculo_intensivo Valores de peticiones y accesos • Número de usuarios: 24 repartidos entre los clusters • Peticiones entre 8 y 256 procesadores Otros recursos • IBERCIVIS: conexión de los KZgunes

5. Conexión con IBERCIVIS Servidor intermedio • Pasarela entre la red de los KZgune (10.x.x.x) y la Red Académica • Garantizar el tráfico de entrada/salida del cliente BOINC

6. Conexión con IBERCIVIS Situación actual • Pasarela configurada y en fase de pruebas • Cliente BOINC preconfigurado para instalación piloto • Verificación del control del tráfico con Ibercivis (ida y vuelta) • En fase de instalación en un parque de 2.400 equipos Retos • Balanceado de tráfico con distintos servidores/aplicaciones • Tiempo de actividad de los equipos en los KZgunes • Jornada laboral • 24 * 7

7. Aplicaciones en el País VascoCaso de CIC Biogune (Adriana Rojas) Aplicación • Investigación en cáncer de hígado • Docking de proteinas • Ahora usan Autodock • Adaptación a Ibercivis: Neurosim-Gromacs • Calendario: noviembre-diciembre Retos • 2 millones de comparaciones => 5 minutos • Alternativas • BD de proteinas (1-2 millones en la BD, ficheros .pdb de proteínas) • Librerías comerciales: 1.500 compuestos (fichero + polvos)

8. Ibercivis en el País Vasco Petición ciudadana • Petición de ideas del Gobierno Vasco • Administración abierta, concepto asociado a OpenGov • Incorporación a IBERCIVIS atendiendo una idea recibida por este canal Otros temas relacionados • Necesitamos especialistas en HPC • Propuesta de master, incluyendo uso de Ibercivis • Proyectos de master en aplicaciones Ibercivis

9. Ibercivis y el Dianemólogo Un invento de Leonardo Torres Quevedo • Patentado en 1907 • Un nuevo procedimiento destinado a copiar sin necesidad de acudir a la taquigrafía un discurso a medida que se pronuncia. • Utilizado en el Ateneo de Madrid en una conferencia de Amós Salvador titulada “La velocidad de la luz” Antecedente simbólico de Ibercivis • Distribuye las frases de conferenciante entre varios copistas (8 a 12) • Cada frase es una work-unit (wu), que se anota en una ficha • Reuniendo las fichas ordenadas se obtiene la transcripción del discurso