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La visualisation des arborescences

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La visualisation des arborescences. Version avec 3000 espèces (David Hillis, http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/DownloadfilesToL.html ). http://en.wikipedia.org/wiki/File:Tree\_of\_life\_with\_genome\_size.svg. Dendrogramme: Montre le résultat d’un “clustering”.

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Presentation Transcript
slide5
Version avec 3000 espèces (David Hillis, http://www.zo.utexas.edu/faculty/antisense/DownloadfilesToL.html )
dendrogramme montre le r sultat d un clustering
Dendrogramme:Montre le résultat d’un “clustering”

Nuage de points (“scatterplot”)

Dendrogramme montrant4 “clusters” principaux

(Merci à Patrick Oesterling pour les images.)

arbre noeud lien modifi pour montrer le temps
Arbre noeud-lien modifié pour montrer le temps

Venolia et Neustaedter, “Understanding Sequence and Reply Relationships within Email Conversations: A Mixed-Model Visualization”, ACM CHI 2003

une recette
Une recette

http://www.cookingforengineers.com/2004/09/recipe-file-basic-tiramisu.html

les arborescences
Les arborescences

Zhao, McGuffin, et Chignell 2005

slide15
Susanne Jürgensmann et Hans-Jörg Schulz,A Visual Survey of Tree Visualization, affiche à InfoVis 2010http://treevis.shows.it/
rappel les parcours d arbre
Rappel: les parcours d’arbre
  • Parcours en profondeur “preorder”: ABDEFICGH
  • Parcours en profondeur “postorder”: DEIFBGHCA
  • Parcours en largeur: ABCDEFGHI

A

B

C

D

E

F

G

H

I

classique en couches layered
En liste “indentée”Classique/En couches (“layered”)

Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent.

Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud.

Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time",

Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)

classique en couches layered1
En liste “indentée”Classique/En couches (“layered”)

Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent.

Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud.

Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time",

Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)

classique en couches layered2
En liste “indentée”Classique/En couches (“layered”)

Un layout naïf et facile à programmer: chaque sous-arborescence a un intervalle en x qui n'est pas chevauchée par les sous-arborescences voisines. Un parcours en profondeur "postorder" combine les intervalles des sous-arbres pour donner l’intervalle de chaque parent.

Un autre layout facile à programmer: un parcours en profondeur “preorder” va rencontrer les noeuds en ordre des coordonnées y, tandis que la coordonnée x est proportionnelle à la profondeur de chaque noeud.

Un layout de style "Reingold Tilford" : économise de l'espace en x en rapprochant les sous-arbres le plus possible. (Pour les détails, voir la section 3 de Christoph Buchheim, Michael Jünger et Sebastian Leipert, "Improving Walker's Algorithm to Run in Linear Time",

Proceedings of Symposium on Graph Drawing (GD) 2002, pages 344-353.)

slide21
@article{wetherell1979,

author = {Charles Wetherell and Alfred Shannon},

title = {Tidy Drawings of Trees},

journal = {IEEE Transactions on Software Engineering},

year = 1979,

month = {September},

volume = {SE-5},

number = 5,

pages = {514--520}

}

@article{reingold1981,

author = {Edward M. Reingold and John S. Tilford},

title = {Tidier Drawings of Trees},

journal = {IEEE Transactions on Software Engineering},

year = 1981,

month = {March},

volume = {SE-7},

number = 2,

pages = {223--228}

}

@article{walker1990,

author = {{Walker II}, John Q.},

title = {A Node-Positioning Algorithm for General Trees},

journal = {Software---Practice and Experience},

year = 1990,

month = {July},

volume = 20,

number = 7,

pages = {685--705}

}

@inproceedings{buchheim2002,

author = {Christoph Buchheim and Michael J\"{u}nger and Sebastian Leipert},

title = {Improving {Walker's} Algorithm to Run in Linear Time},

booktitle = conf_gd,

year = 2002,

pages = {344--353}

}

spacetree catherine plaisant jesse grosjean benjamin bederson infovis 2002
SpaceTree(Catherine Plaisant, Jesse Grosjean, Benjamin Bederson, InfoVis 2002)

http://www.cs.umd.edu/hcil/spacetree/

treemaps ben shneiderman et d autres
Treemaps(Ben Shneiderman et d’autres)

Marc Smith et Andrew Fiore, 2001

Martin Wattenberg, 1998

et

http://www.smartmoney.com/map-of-the-market/

slide30
Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

treemap dans konqueror http www dgp toronto edu mac tmp konqy space usage disp png
Treemap dans Konquerorhttp://www.dgp.toronto.edu/~mac/tmp/konqy_space_usage_disp.png
treemaps shneiderman 1992 http www cs umd edu hcil treemap history
Treemaps (Shneiderman 1992; http://www.cs.umd.edu/hcil/treemap-history/)

Un Treemap « slice-and-dice » (algorithme original, produit beaucoup de rectangles longs et minces):

slide33
Algorithme de treemap “slice-and-dice”

Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

slide34
Algorithme de treemap “slice-and-dice”

Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

mosaic plots
Mosaic plots

http://www.statmethods.net/advgraphs/mosaic.html

treemaps
Treemaps
  • Un Treemap « squarified » (algorithme glouton, temps linéaire*, améliore la proportion (« aspect ratios ») des noeuds):

* Sans compter le temps pour trier les enfants de chaque noeud

slide37
Algorithme de treemap “squarified”

3

6

4

8

12

Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

slide38
Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

slide39
Algorithme de treemap “squarified”,avec marges et lissage

Bruls, Huizing, van Wijk (2000)

http://www.win.tue.nl/~vanwijk/stm.pdf

les arborescences1
Les arborescences

Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

slide41
« Squarified Treemaps »

« Icicle diagrams » (diagrammes à glaçons)

Aire de chaque feuille proportionnelle à la superficie de l’île

Aire de chaque feuille égale

Michael McGuffinet Jean-Marc Robert, 2010

asymptotic analysis of the space efficiency of tree representations
Asymptotic Analysis of the Space-Efficiency of Tree Representations

Key ideas:

  • Impose a 1×1 bounding square on all representations
  • Evaluate size of smallest nodes, not just total area
  • Evaluate size of labels as a function of their aspect ratio L
  • Examine limits of these sizes as depth D→∞

Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

slide45
“Rectified” treemap

Squarified treemap

Michael McGuffin et Jean-Marc Robert, 2010

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