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Biology 201

Biology 201. Why BondPlus?. What is the BondPlus. BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq. GenSeq: 专利序列数据库 收集来自全球 41 个国家与机构的专利序列。 统一用英文重新撰写专利描述性的标题，评述。 手工收集专利中所涉及的序列信息 每周更新两次 回溯至 1981 年 可进行序列 Blast 查询相关专利信息. BondPlus 的 GenSeq 收集了来自 41 个国家 / 组织的 2000 多万个专利核酸 / 蛋白序列

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Biology 201

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Presentation Transcript

  1. Biology 201

  2. Why BondPlus?

  3. What is the BondPlus BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq • GenSeq: 专利序列数据库 • 收集来自全球41个国家与机构的专利序列。 • 统一用英文重新撰写专利描述性的标题，评述。 • 手工收集专利中所涉及的序列信息 • 每周更新两次 • 回溯至1981年 • 可进行序列Blast查询相关专利信息

  4. BondPlus的GenSeq收集了来自41个国家/组织的2000多万个专利核酸/蛋白序列 • NCBI中收录只收录了来自3个国家/组织的600多万条专利核酸/多肽序列。 • 公共数据库很难查全有关核酸/多肽序列的专利。 • 一方面为序列知识产权策略的制定造成困扰 • 另一方面，在研发上有可能忽略一些重要的信息。 • 这也是为什么NCBI建议如果是做专利序列的全面检索，要检索更专业的数据库，比如：GENSEQ （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercises/infohubs_qa_patents_only.html）

  5. NCBI站点 建议进行全面的专利序列检索要用更专业的数据库，比如GenSeq • USPTO have a license for up to 100 users • JPO presently have a license for 135 users • EPO have a license for up to 50 users.

  6. Enbrel（通用名Etanercept）： 蛋白药，作用机制：肿瘤坏死因子拮抗剂 由Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子(TNF, Tumor necrosis factor)  膜外受体部分和人的免疫球蛋白(IgG1)的Fc部分融合 (TNFR:Fc) 而成。在哺乳动物细胞中合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq返回专利检索结果 打开下拉菜单，对结果进行过滤 只筛选多肽/蛋白序列

  7. 过滤得结果： Amgen

  8. 该专利涉及到4个具体序列： TNF受体2；人免疫球蛋白IgG1;人免疫球蛋般IgG1变体；融合蛋白

  9. 该专利的专利家族成员

  10. 该专利涉及到的4个具体序列之一：融合蛋白 467AA （其他三个是TNF受体2；人免疫球蛋白IgG1;人免疫球蛋般IgG1变体）

  11. 与该融合序列有相似性的1500多个专利序列、公共序列与该融合序列有相似性的1500多个专利序列、公共序列

  12. 该融合序列中保守位点比较

  13. Enbrel（通用名Etanercept）： 蛋白药，作用机制：肿瘤坏死因子拮抗剂 由Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子(TNF, Tumor necrosis factor)  膜外受体部分和人的免疫球蛋白(IgG1)的Fc部分融合 (TNFR:Fc) 而成。在哺乳动物细胞中合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq返回专利检索结果：448个专利序列

  14. Blast this sequence 该专利涉及到的4个具体序列之一：融合蛋白 467AA （其他三个是TNF受体2；人免疫球蛋白IgG1;人免疫球蛋般IgG1变体）

  15. Blast this sequence: 序列自动跳到检索区

  16. E-Value: 0

  17. E-Value: e-154

  18. E-Value: e-154

  19. 风湿性关节炎发病机理： 肿瘤坏死因子α(TNF-α)

  20. Enbrel（通用名Etanercept）： 蛋白药，作用机制：肿瘤坏死因子拮抗剂 由Immenex/Amgen 公司生产，由人的肿瘤坏死因子(TNF, Tumor necrosis factor)  膜外受体部分和人的免疫球蛋白(IgG1)的Fc部分融合 (TNFR:Fc) 而成。在哺乳动物细胞中合成。 国内仿制厂商：益赛普，生产厂商：上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq返回专利检索结果 Enbrel相互作用数据

  21. 支持文献

  22. 同义词 同义词

  23. 风湿性关节炎发病机理： 肿瘤坏死因子α(TNF-α)

  24. DIF or TNF or TNFA or TNFSF2 or OTTHUMP00000037669 过滤：与小分子相互作用；蛋白-蛋白相互作用等

  25. What is the BondPlus BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq BindPlus: 分子间相互作用数据库 生物分子间的相互作用（如：蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-多糖之间的相互作用）具有高度的专一性、目的性和有效性，是生命活动的基础。 分析这些相互作用，对于了解生物分子的结构特征和功能具有重要的意义。 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开发提供重要的理论基础。

  26. BondPlus的GenSeq收集了来自41个国家/组织的2000多万个专利核酸/蛋白序列 • NCBI中收录只收录了来自3个国家/组织的600多万条专利核酸/多肽序列。 • 公共数据库很难查全有关核酸/多肽序列的专利。 • 一方面为序列知识产权策略的制定造成困扰 • 另一方面，在研发上有可能忽略一些重要的信息。 • 这也是为什么NCBI建议如果是做专利序列的全面检索，要检索更专业的数据库，比如：GENSEQ （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercises/infohubs_qa_patents_only.html） • 生物分子间的相互作用具有高度的专一性、目的性和有效性，是生命活动的基础。分析这些相互作用： • 对于了解生物分子的结构特征和功能具有重要的意义。 • 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开发提供重要的理论基础。 • BondPlus中除了GENESEQ的专利序列数据；BIND的分子相互作用数据外；还有第三部分数据组成，即来自Genbank等公共数据库中的序列信息。这样可以很方便的将申请专利的序列与公共数据库中的序列进行Blast比较。了解申请专利的序列的特殊的地方。

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