The big project!

1. The big project! • Ένα δύσκολο θέμα: • +6 βαθμούς που μοιράζονται μεταξύ των μελών της ομάδας • +3για σωστή επίλυση του αλγοριθμικού μέρους • +3για το τελικό πρόγραμμα (GUI) •  Προφορική εξέταση στο θέμα • Παρουσίαση σε powerpointστην τάξη στο τελευταίο μάθημα (10 λεπτά) • Δεν με ενδιαφέρει τι πακέτο θα χρησιμοποιήσετε. Απλά βρείτε την σωστή λύση.

2. The big project! Σύστημα αυτόματου υπολογισμού κυτταρικού διπλασιασμού Ποσοστό πληρότητας: Παράμετροι: ΥΠΟΛΟΓΙΣΕ! 80% Video and/or cell images

3. Παράδειγμα Προγράμματος Matlabγια Επεξεργασία Εικόνας

4. Επεξεργασία Εικόνας

5. Graphical User Interface (GUI) Θα πρέπει να ενσωματώνει στοιχεία όπως: • Φόρτωση και αναπαραγωγή βίντεο ή φωτογραφίας • Ρυθμιση παραμέτρων μέσω κατάλληλων πλήκτρων • Επεξεργασία βίντεο ή εικόνας • Αυτόματος υπολογισμός μεγεθών όπως αριθμός κυττάρων, confluencyκ.α. • Δημιουργία γραφικών παραστάσεων κάποιων μεγεθών (π.χ. χρονική εξέλιξη του confluency) • Αποθήκευση των επεξεργασμένων αρχείων

6. Graphical User Interface (GUI)

7. Confluency Progress Graph Ειδοποίηση του χρήστη σε προκαθορισμένα επίπεδα confluency

8. Παρόμοια Προγράμματα για Εντοπισμό Κυττάρων σε Matlab(από εδώ μπορεί κάποιος να δει έτοιμο κώδικα και να πάρει ιδέες) • http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/34233-cell-segmentation-and-tracking/content/Cell%20Tracking/WDETV2/New%20Samy/CellTracking.m • http://www.lmsc.ethz.ch/Research/CellTracker • http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/systemsbiology/staff/bretschneider/celltracker • http://lccb.hms.harvard.edu/software.html • http://physics.georgetown.edu/matlab/ • http://mosaic.mpi-cbg.de/?q=downloads/toolbox_for_particle_tracking • http://www.mosaic.ethz.ch/Downloads/phasecontrast • http://www.scfbm.org/content/8/1/16 • http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/28/1/138.long

9. Χρήσιμη Βιβλιογραφία για Image Processing using MatlabDownload from Library Genesis Project ( http://lib.freescienceengineering.org/index.php ) • Digital Image Processing Using MATLAB • Introduction to Pattern Recognition: A Matlab Approach • Fundamentals of Digital Image Processing: A Practical Approach with Examples in Matlab • Applied Medical Image Processing: A Basic Course • Image Processing with MATLAB: Applications in Medicine and Biology (MATLAB Examples) • Digital Signal Processing for Medical Imaging Using Matlab • Practical Image and Video Processing Using MATLAB • Introduction to Digital Image Processing with MATLAB • Biomedical Signal and Image Processing • Feature Extraction & Image Processing for Computer Vision • Machine Vision Handbook • Multidimensional Signal, Image, and Video Processing and Coding • Medical Image Analysis • Robotics, Vision and Control: Fundamental Algorithms in MATLAB • Digital Image Processing: An Algorithmic Approach with MATLAB • Biosignal and Biomedical Image Processing • Image Processing with MATLAB: Applications in Medicine and Biology • Image Processing, Analysis, and Machine Vision • Digital Image Fundamentals in MATLAB Το Helpτης Matlabείναι επίσης πολύ καλό, γεμάτο με παραδείγματα τόσο για Επεξεργασία Εικόνας, όσο και για δημιουργία GUI.

10. Contact Info Θεόδωρος Σακελλαρόπουλος Ηλ.Ταχ.:teo.sakel ---- gmail.comτηλ:210-772-1516 Δημήτρης Τζεράνης Ηλ.Ταχ.: tzeranis --- gmail.comτηλ: 210-772-1516 Μαχαιράς Κώστας Ηλ.Ταχ.: k.mahairas ---- gmail.comτηλ: 210-772-3512 Νίκος Γεωργίου Ηλ.Ταχ.: nigeorgiou --- gmail.comτηλ: 210-772-1516