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Projet CiGri CIMENT GRID

Projet CiGri CIMENT GRID. Grille grenobloise pour la simulation numérique par méthodes de Monte Carlo. Laurent Desbat (coordinateur scientifique) et Nicolas Capit (responsable technique) Françoise Berthoud, Françoise Roch, Pierre Valiron. Présentation.

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Presentation Transcript

  1. Projet CiGri CIMENT GRID Grille grenobloise pour la simulation numérique par méthodes de Monte Carlo Laurent Desbat (coordinateur scientifique) et Nicolas Capit (responsable technique) Françoise Berthoud, Françoise Roch, Pierre Valiron

  2. Présentation • Construction d’une grille grenobloise basée sur les clusters de calcul distribués de CIMENT • Mise en place et développement d’un intergiciel d’utilisation d’une grille métropolitaine pour des calculs de type Monte Carlo • Validation sur des applications réelles de modélisations par Monte Carlo • Science des matériaux : Croissance cristalline, croissance de SiC,… • Astronomie : dynamique des planètes, milieu interstellaire (chimie quantique),… • Géophysique : propagation des ondes sismiques, … • Biologie et médecine: Analyse génétique spatialisée, imagerie médicale 3D,…

  3. Observatory, IBM SMPs 16+4+4 procs 375MHz, 16+4+4 Go, 30Gflops, MIRAGE 8SMPs alpha, 18Procs, 20Go Memory channel + Ethenet 1000 CECIC SMPs IBM+SGI, 4x4procs,30Go Campus 1000 Mb BioIMAGe 24 Bi-Athlon MP1800+, 72Go Ethernet 100 Users PhyNum 40 Bi-Athlon MP1800+, 120Go Ethernet 1000 1000 Mb CNRS ID 104 Bi-ITANIUMII,312Go Myrinet CiGri s’appuie sur l’infrastructure CIMENT Vers LYON Paris, … 5 clusters+users TIGRE 1000 Mb 1 cluster+users INRIA

  4. Herschel (2007) (4901910 GHz) ALMA (2010) (30950 GHz) H2O Premiers résultats • Application à la chimie quantique • Ubiquité de l’eau dans l’univers • Préparation de l’analyse des observations : étude de l’excitation collisionnelle de H2O • 106 géométries, soit 200 000 heures de calcul sur PC 1GHz (échantillonnage d’une hyper surface à 9D) Noga J., Valiron P., « Explicitly Correlated Coupled Cluster R12 Calculations », Computational Chemistry: Reviews of Current Trends Vol. 7, 2002, 131,

  5. Premiers résultats • Contexte • Clusters dédiés au calcul • Utilisation du temps libre des clusters (vol de tâches) • Développement d’un environnement léger pour la soumission de job Monte Carlo • Basé sur des scripts et un programme de distribution de travaux (srun, prun, grun) • Outils standards : NFS, ssh, PBS • Mécanisme de tolérance à certaines pannes

  6. Premiers résultats • Résultats obtenus • Suite à l'installation du mode Grille sur les grappes Phynum, Icluster et Observatoire • Équivalent de 15000 Heures de calcul en 8 jours sur des PIII 733MHz • En moyenne : 78 machines équivalentes à des PIII 733MHz allouées à la grille • Occupation des clusters • Icluster : de 0 à 80 % d'utilisation • Phynum : de 0 à 20 % d'utilisation • Autres : 18 machines de l'observatoire, le jour 24 machines de l'observatoire, la nuit

  7. Partenaires • Laboratoires • Techniques de l’Imagerie de la Modélisation et de la Cognition (TIMC-IMAG ) • Informatique et Distribution (ID-IMAG) • Laboratoire de Physique et Modélisation des Milieux Condensés (LPMMC) • Laboratoire d’AstrOphysique de Grenoble (LAOG) • Laboratoire de Modélisation et Calcul (LMC-IMAG - plate forme MIRAGE) • Centre d ’Expérimentation du Calcul Intensif en Chimie (CECIC) • Etablissements concernés : • Université Joseph Fourier de Grenoble (UJF) • Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG) • INRIA Rhône-Alpes (INRIA) • CNRS • IMAG et Observatoire de Grenoble, Institut de la Matière Condensée

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