1 / 13

Valgukiibid: mis need on ja milleks kasutatakse?

Valgukiibid: mis need on ja milleks kasutatakse?. STOM, 2. rühm Joosep Laos, Alexey Nesterovich, Aleksandra Stepanenko, Julia Mastitskaja. Valgukiibid. Suure tootlikusega meetod, mida kasutatakse valkude vastastikmõju ja aktiivsuse jälgimiseks ning nende funktsiooni uurimiseks suures ulatuses.

sybil
Download Presentation

Valgukiibid: mis need on ja milleks kasutatakse?

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Valgukiibid: mis need on ja milleks kasutatakse? STOM, 2. rühm Joosep Laos, Alexey Nesterovich, Aleksandra Stepanenko, Julia Mastitskaja

  2. Valgukiibid • Suure tootlikusega meetod, mida kasutatakse valkude vastastikmõju ja aktiivsuse jälgimiseks ning nende funktsiooni uurimiseks suures ulatuses. • Suur valkude arv saab olla jälgitud paralleelselt • Kiip koosneb: tugipinnast (nagu alusklaas), nitrotselluloos membraanist, helmest või mikrotiiterplaadist, mille küljes on seotud valkude järjestus. • Proovi molekulid on märgistatud fluorestseeruva värviga ning lisatud reastusele • Iga reakstsioon proovi ja fikseeritud valgu vahel kiirgab fluorestsents värvi, mida loeb laser skanner • Valgukiibid on kiired, automatiseeritud, ökonoomsed, ülitundlikud

  3. Reastuse loomine • Valgud on reastatud kõvale aluspinnale nagu mikroskoobi alusklaasid, membraanid, helmed või mikrotiiterplaadid. • Selline pind pakub tuge valkudele, mis hakkavad sinna kinnituma. • Valgud on natiivses konformatsioonis. • Aluspind on kaetud kattega, mis kinnitab proteiini, takistab selle denaturatsiooni, võimaldab hüdrofiilse keskkonda, kus saab tekkida reaktsioon

  4. Reastuse loomise meetodid • Kõige levinum: robotid paigutavad proteiine või nende ligandeid kaetud tahkele alusele ettemääratud mustrisse. • Valkude polümeeride dispersioon tahkele alusele soovitud mustrile. • Prindipea liigub mööda järjestust ja igas punktis kasutatakse elektrilist stimulatsiooni proteiini molekulide ülekandmiseks. • Fotolitograafia – valgust kasutatakse ühinemisel fotomaskidega, läbipaistmatu aukudega plaadiga või kilega, mis võimaldab valguse pääsemist mustrile. Keemilised reaktsioonid võimaldavad proteiini sadestumist soovitud mustrile, kuni materjal on fotomaski all

  5. Kiipide tüübid I • Analüütilised • Antikehad kinnitatakse pinnale • Lisatakse valgu lahus (nt lüüsunud rakkudega) • Saab määrata ekspressiooni, afiinsust, aktiivsust • Eriti hea ekspressiooni võrdlemiseks erinevate lahuste puhul

  6. Kiipide tüübid II • Funktsionaalsed valgukiibid • Kasutatakse puhtaid valke • Uuritakse valk-valk, valk-DNA, valk-RNA, valk-fosfolipiid vastastikmõju • Samuti hindamaks ensüümide aktiivsust, leidmaks antikehasid ja näidata nende spetsiifilisust

  7. Kiipide tüübid III • Pöördfaasi valgukiibid • Kasutatakse lüüsitud koeproovi • Eksponeeritakse uuritavale valgule vastava antikehaga • tuvastatakse luminestsentsiga • Prinditakse alusele, et määrata koguseid • Saab tuvastada modifitseeritud valke

  8. Rakendamine I • Diagnoostika • ak-agdetekteerimine • seerumi töötlemine • haiguse, keskkonnajatoidu jälgimine • Proteoomika - Proteiinide ekspresssioni määramine • Antikeha iseloomustus - risti-reaktiivsuse, spetsiifilisuse ja epitoopide iseloomustamine

  9. Rakendamine II • Proteiinide funktsionaalne analüüs • valk-valk ja valk-fosfolipiidinteraktsiiooni,väikestemolekulidesihtmärkide, ensümaatilist substraatide,retseptoti liiganditeidentifitseerimine • Ravi areng • ag-spetsiifilise teraapia autoimmuunsuse, vähi ja allergia vastu areng • Väikeste molekulide sihtmärkide identifitseerimine

  10. Meetodi kasutamise põhjus • Valgukiibid võeti kasutusele DNA mikrokiipide piiratud võime tõttu määrata geenide ekspressiooni taset proteoomikas. • Eelkõige valgud, mitte mRNA, mängivad olulise rolli rakuvastuse mehhanismis • Posttranslatsioonilised muutused, mis tihti osutuvad peamisteks faktorideks proteiinide finktsiooni määramisel, on nähtamatud DNA mikrokiipide jaoks. • Valgukiibid asendasid traditsioonilisi meetmeid nagu 2D geel elekroforees ja kromatograafia, mis olid aegakulukad, liiga keerulised ja sobimatud harvaesinevate proteiinide analüüsiks.

  11. Takistused Valgukiipide tootmine hõlmab rohkem etappe võrreldes DNA kiipide tootmisega: • Sobiva pinna ja sidumismeetodi leidmine, mis võimaldab proteiinidel säilitada nende sekundaarse ja tertsiaarse struktuuri ning seega ka bioloogilise aktiivsuse. • Pika elueaga kiibi produktsioon selleks,et kiibil olevad valgud ei denatureeriksid ära lühikese aja jooksul. • Identifitseerida ja isoleerida antikehasid • Siduva proteiini taseme määramine • Määratud proteiini ekstraheerimine kiibist selle järgnevaks analüüsiks. • Takistada mitte-spetsiifilist sidumist capture agent’ide abil • Kiip peab olema võimeline tegema proteoomi olemasolu võimalikult nähtavaks.

  12. Kirjastus Wikipedia =)

  13. Täname tähelepanu eest!

More Related