Bioinform tica
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Bioinformática. Introducción. Bioinformática Definición intuitiva. Conjunto de herramientas informática s que sugieren soluciones a problemas bio lógicos. Bioinformática Definiciones oficiales NIH.

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Bioinformática

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Presentation Transcript


Bioinform tica

Bioinformática

Introducción


Bioinform tica definici n intuitiva

BioinformáticaDefinición intuitiva

Conjunto de herramientas informáticas que sugieren soluciones a problemas biológicos


Bioinform tica definiciones oficiales nih

BioinformáticaDefiniciones oficiales NIH

Bioinformatics -Research, development, or application of computational tools and approaches for expanding the use of biological, medical, behavioral or health data, including those to acquire store, organize, archive, analyze, or visualize such data.

Computational Biology - The development and application of data-analytical and theoretical methods, mathematical modeling and computational simulation techniques to the study of biological behavioral, and social systems.


Bioinform tica por que tan popular

BioinformáticaPor que tan popular?

Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la ayuda de poderosas herramientas informáticas


Bioinform tica

Los experimentos actuales son imposibles de analizar sin la ayuda de poderosas herramientas informáticas


Bioinform tica

OBTENCIÓN DE DATOS

OBTENCIÓN DE INFORMACIÓN

DATOS

INFORMACIÓN


Bioinform tica

...AGGATTACCGAGGATTACCATTATCTAGTTGACGCGAG

TAGCTATCGGGTTACCGTGTTGATACCGAGGATTACCG....

E. Coli: 4x106 bp = 2.6x109 D

Human: 3x109 bp = 2.0x1012 D


Bioinform tica1

Bioinformática

  • Biología de sistemas

  • Bioinformática estructural

  • Análisis de perfiles de expresión en experimentos genómicos / proteómicos.

  • Análisis y manipulación de secuencias de DNA o proteína,...

  • Minería de datos


Biolog a de sistemas

Biología de sistemas

  • Predicción y manipulación de redes metabólicas

  • Construcción de la célula virtual

  • Definición dinámica del metaboloma

  • Localización de puntos de control.


Bioinform tica estructural

Bioinformática estructural

  • Explotación de la información estructural

  • Caracterización del reconocimiento estructural

  • Asignación de función

  • Predicción alta/baja resolución de estructura de macromoléculas

  • Modelización microscópica de la acción de las macromoléculas


An lisis perfiles expresi n

Análisis perfiles expresión

  • Diseño de chips y arrays de DNA / Proteínas.

  • Seguimiento de los chips

  • Procesado de los experimentos

    • Eliminación de ruido

    • Clusterización de los datos

    • Formulación de hipótesis

    • Diseño de experimentos complementarios


An lisis de secuencias

Análisis de secuencias

  • Determinación de genes y lugares de Splicing

  • Anotación del genoma

  • Búsqueda de relaciones evolutivas

  • Asignación de elementos funcionales.


Miner a de datos

Minería de datos

  • Eliminar el ruido en procesado de experimentos

  • Busqueda automática de bibliografía

  • Reconstrucción de redes metabólicas.


Bioinform tica objetivos

BioinformáticaObjetivos

Familiarizarse con las herramientas básicas de la bioinformática


Bioinform tica 1

Bioinformática (1)

  • Bases de datos de interés en Bioinformática

  • Servidores de referencia

  • Manipulación básica de secuencias

    • Búsqueda de homólogos

    • Obtención de información elemental macroscópica derivada de secuencia

    • Determinación de motivos de secuencia especiales.


Bioinform tica 2

Bioinformática (2)

  • Determinación de parámetros estructurales

    • Predicciones de elementos de estructura secundaria.

    • Diseño por homología

    • Threading

    • Otras aproximaciones


Bioinform tica 3 joaquin dopazo cnio

Bioinformática (3)Joaquin Dopazo CNIO

  • Análisis de chips de DNA

    • Construcción de chips

    • Análisis de perfiles de expresión


Bioinform tica 4 roderic guigo upf

Bioinformática (4)Roderic Guigo (UPF)

  • Análisis génico

    • Localización de genes

    • Determinación de sitios de splicing alternativo


Bioinform tica 5 alfonso valencia cnb

Bioinformática (5)Alfonso Valencia (CNB)

  • Minería de datos


Procesado de la informaci n

IDENTIFICACIÓN GENES

ATTW...PGL

CC...TWP

AGG....FVG

PREDICCIÓN ESTRUCTURA Y FUNCIÓN

Procesado de la información

...CTTAGC........CAGGC.......CCTTAACG..........


Bioinform tica

Flujo de información

Sec. Proteína

Secuencia Genómica

cDNA...

Nueva Secuencia

¿Sabemos qué es?

¿Se parece a otras?

¿Podemos “Copiar” estructura? Función? Propiedades?


Bioinform tica

Búsqueda homólogos

Bases de datos

Información básica

Modelización estructural

Esquema Sesiones 1-2


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