1 / 6

Sequenziamento del DNA

Una sequenza di DNA ha dimensioni dell’ordine 3*10 9 , e non è osservabile nella sua interezza per limiti tecnologici. A C G T T A C G T A G A A G. A C G T T A C G T A G A A G. Sequenza incognita. Per essere esaminata viene frammentata, ottenendo lo spettro. Spettro. G A A G. A T G A.

rayya
Download Presentation

Sequenziamento del DNA

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Una sequenza di DNA hadimensioni dell’ordine 3*109,e non è osservabile nella suainterezza per limiti tecnologici A C G T T A C G T A G A A G A C G T T A C G T A G A A G Sequenza incognita Per essere esaminata vieneframmentata, ottenendo lo spettro Spettro G A A G A T G A D C G T La sequenza di DNA incognitaviene ricostruita a partiredai suoi frammenti (probes) Sequenza ricostruita Sequenziamento del DNA

  2. A C G T T A C G T A G A A G A C G T T A C G T A G A A G Sequenza incognita Si ottengono probes del DNAincognita tramite ibridazione suChip di sequenziamento Ibridazione su Chip G A A G A T G A D C G T Spettro Applicando algoritmi ai probes ottenuti si ricostruiscela sequenza incognita Ricombinazionealgoritmica Sequenza ricostruita Soluzione tecnologicaSBH(Sequenziamento per Ibridazione)

  3. ACGTGC TGCACG GTACTTACGTAC GGCATG CTACCTACGTGC TGCACG GGCTTA GGCATG GTACTA GTACTGACGTGC TGCACT GTATCGGTACTT GGCATG GCACATACGTGC GTGCAG GGCATG ACGTGC TGCACG GTACTTACGTAC GGCATG CTACCTACGTGC TGCACG GGCTTAGGCATGGTACTA GTACTGACGTGC TGCACT GTATCGGTACTT GGCATG GCACATACGTGC GTGCAGGGCATG A C G T T A C G T A + Chip Spettro Sequenza incognita Le parti della sequenza incognita complementari a qualcheprobe sul Chip rimangono fissate ad esso per ibridazione Chip di sequenziamento

  4. Istanza: Spettro S di una stringa D di DNA incognita Soluzione: Ricostruzione della stringa D di DNA incognita Definizione del problema SBH

  5. Istanza del problema SBH:Spettro della stringa di DNA incognita Riduzione Istanza del problema del cammino Euleriano:Grafo Euleriano Calcolo delcammino Euleriano Ricostruzione della stringa di DNA incognita Soluzione algoritmica

  6. ATG GCA ATGTGCCGCA TGC Modellazione dei probessu un Grafo Euleriano G GCC GTG TGT CGC CCG Cammino Euleriano Ricostruzione della sequenzaincognita tramite il camminoEuleriano su G Ricostruzione della sequenza di DNA

More Related