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Semantische Klarstellung der Repräsentation von Prozeduren in SNOMED CT

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Semantische Klarstellung der Repräsentation von Prozeduren in SNOMED CT - PowerPoint PPT Presentation


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Semantische Klarstellung der Repräsentation von Prozeduren in SNOMED CT. Udo Hahn. Stefan Schulz, Susanne Hanser, Rüdiger Klar. Computerlinguistik Universität Jena. Med. Informatik, Universitätsklinikum Freiburg. Kontext: SNOMED CT ( Clinical Terms ).

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Presentation Transcript
semantische klarstellung der repr sentation von prozeduren in snomed ct

Semantische Klarstellung der Repräsentation von Prozeduren in SNOMED CT

Udo Hahn

Stefan Schulz, Susanne Hanser, Rüdiger Klar

ComputerlinguistikUniversität Jena

Med. Informatik, Universitätsklinikum Freiburg

kontext snomed ct clinical terms
Kontext:SNOMED CT (Clinical Terms)
  • Umfangreiches medizinisches Terminologiesystem
  • Entstanden durch Fusion, Erweiterung und Neustrukturierung von SNOMED RT und Clinical Terms Version 3 (ehem. Read Codes).
  • 364.000 Konzepte, 984.000 Terme, 1,45 Millionen definierter Relationen zwischen Konzepten
  • In USA und Großbritannien durch Regierungslizenzen gefördert
  • Intensive Auseinandersetzung mit SNOMED CT weltweit
snomed ct notation in oav und beschreibungslogik

In Beschreibungslogik (DL) :cf. Kent Spackman, AMIA 2002Glomeruläre Erkrankung ⊑NierenerkrankungGlomeruläre Erkrankung ⊑  has_finding_site.NiereGlomerulum ⊑  part-of.Niere

Syntax Semantics

Baader et al. Description Logics Handbook

SNOMED CT - Notation in OAV und Beschreibungslogik
  • Object – Attribute – Value (OAV) Triplets
  • Objekte und Werte sind SNOMED - “Konzepte”
  • Attribute sind SNOMED - “Relationen”
ziel des vortrags
Ziel des Vortrags
  • Ontologische Untersuchung von Prozessen in SNOMED CT
  • Klärung der Semantik der sog. “relationship group” - Attribute in SNOMED CT
  • Prozesse subsumieren
    • Diagnostische und therapeutische Prozeduren
    • Physiologische und pathologische Prozesse

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

hierarchische anordnung von prozessen

?

?

?

?

Hierarchische Anordnung von Prozessen

Medizinische Prozedur

?

Chirurgischer Eingriff

?

?

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem

Magen, offen chirurgisch

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie

eltern und kindprozesse

?

?

?

?

Eltern- und Kindprozesse

Medizinische Prozedur

is-a

Taxonomie von Prozessen:

is-a Relation zwischen Eltern- und

Kindprozessen

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem

Magen, offen chirurgisch

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie

prozesse und unterprozesse

?

?

?

?

Prozesse und Unterprozesse

Medizinische Prozedur

is-a

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem

Magen, offen chirurgisch

Prozesses/

SubProzesses

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie

slide8

Wie sind Prozesse mit ihren Subprozessen zu relationieren ?

  • Ein (komplexer) Prozess steht zu seinen Subprozessen in einer taxonomischen Beziehung:
      • Subprozesse do existieren nicht gleichzeitig. Eine Instanz von Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch ist zunächst eine Instanz von Gastrotomie und danach eine Instanz von Fremdkörperentfernung aus dem Magen
  • Subprozesse sind Teile komplexer Prozesse :
      • Ein komplexer Prozess kann prinzipiell abgebrochen werden, bevor er vollendet ist. Daher kann Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch eigentlich erst dann instanziiert werden, wenn alle Subprozesse stattgefunden haben.
theorie 1 ein komplexer prozess wird durch seine subprozesse subsumiert
Theorie 1: Ein (komplexer) Prozess wird durch seine Subprozesse subsumiert

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

is-a

Gastrotomie

EndoskopischeExploration

Entfernung eines Fremdkörpers

is-a

is-a

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

theorie 2 subprozesse stehen zu komplexen prozessen in einer teil ganzes beziehung
Theorie 2: Subprozesse stehen zu komplexen Prozessen in einer Teil-Ganzes-Beziehung

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

 has-part

 has-part

 has-part

 has-part

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie

oav repr sentation in snomed ct
OAV - Repräsentation in SNOMED CT

…kompatibel mit Theorie 1

theorie 1 ein komplexer prozess wird durch seine subprozesse subsumiert1
Theorie 1: Ein (komplexer) Prozess wird durch seine Subprozesse subsumiert

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

is-a

Gastrotomie

EndoskopischeExploration

Entfernung eines Fremdkörpers

is-a

is-a

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

oav repr sentation in snomed ct1
OAV - Repräsentation in SNOMED CT

…kompatibel mit Theorie 1

bersetzung in beschreibungslogik
Übersetzung in Beschreibungslogik

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

Gastrotomie AND

Methode.Entfernung_Aktion AND

Morphologie.Fremdkörper AND

Methode.Inzision_Aktion AND

Lokalisation.Magen_Struktur

Inzision eines Fremdkörpers und Entfernung des Magens ??

verschachtelung von relationship groups in beschreibungslogik
Verschachtelung von „Relationship groups“ in Beschreibungslogik

Fremdkörperentfernung aus dem Magen offen chirurgisch

Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

Gastrotomie AND

 RG.(Methode.Entfernung_Aktion AND

Morphologie.Fremdkörper) AND

 RG.(Methode.Inzision_Aktion AND

Lokalisation.Magen_Struktur)

RG1

RG2

Verwechslung ausgeschlossen. Welche Theorie ?

theorie 2 subprozesse sind teile komplexer prozesse
Theorie 2: Subprozesse sind Teile komplexer Prozesse

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

 has-part

 has-part

 has-part

 has-part

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie

theorie 2 subprozesse sind teile komplexer prozesse1

 has-part.(Methode.Entfernung AND

Morphologie.Fremdkörper)

Theorie 2: Subprozesse sind Teile komplexer Prozesse

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

 has-part

 has-part

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie

Inzision

Entfernung

 Methode

 Methode

Magen (Struktur)

Fremdkörper

 Lokalisation

 Morphologie

 has-part.(Methode.Inzision AND

Lokalisation.Magen_Struktur)

verschachtelung von relationship groups in beschreibungslogik1
Verschachtelung von „Relationship groups“ in Beschreibungslogik

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

Gastrotomie AND

 RG.(Methode.Entfernung_Aktion AND

Morphologie.Fremdkörper) AND

 RG.(Methode.Inzision_Aktion AND

Lokalisation.Magen_Struktur)

RG1

RG2

snomed relationship groups werden als has part interpretiert
SNOMED „relationship groups“ werden als has-part interpretiert

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

Gastrotomie AND

has-part.(Methode.Entfernung_Aktion AND

Morphologie.Fremdkörper) AND

has-part.(Methode.Inzision_Aktion AND

Lokalisation.Magen_Struktur)

RG1

RG2

differenz zwischen x and x aktion in snomed ct

Theorie 1

Theorie 2

Differenz zwischen “X” and “X_Aktion” in SNOMED CT

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

Gastrotomie AND

 has-part.(Methode.Entfernung_Aktion AND

Morphologie.Fremdkörper) AND

 has-part.(Methode.Inzision_Aktion AND

Lokalisation.Magen_Struktur)

fazit
Fazit
  • „Relationship groups“ in SNOMED CT entsprechen genau dann (?) der Relation „has-part“, wenn Prozesse involviert sind.
  • Dies sollte in der Dokumentation zu SNOMED deutlich gemacht werden
  • Der semantische Unterschied zwischen ähnlichen Klassen (z.B. Inzision_Aktion vs. Inzision) muss dem Anwender deutlich gemacht werden
kompletter artikel
Kompletter Artikel

S. Schulz, U. Hahn, J. Rogers:

Semantic Clarification of the Representation

of Procedures and Diseases in SNOMED CT

In: Connecting Medical Informatics and Bio-Informatics - Proceedings of MIE2005

Volume 116 Studies in Health Technology and InformaticsEdited by: R. Engelbrecht, A. Geissbuhler, C. Lovis and G. MihalasIOS Press, August 2005, 1052 pp.,

semantic clarification of the representation of procedures and diseases in snomed ct

Semantic Clarification of the Representation of Procedures and Diseases in SNOMED CT

Stefan Schulz

Jeremy Rogers

Udo Hahn

Medical Informatics University of Manchester(UK)

Medical Informatics, Freiburg University Hospital (Germany)

Jena University, Language & Information Engineering (Germany)

theory 1 prozess is instantiated by its subprozesse

P1

P2

P3

P4

P

Theory 1: Prozess is instantiated by its Subprozesse

P1

P2

P3

P4

P1

P2

P3

P4

P1

P2

P3

P4

P1

P2

P3

P4

    

P

P

P

P

instance-of

instance-of

instance-of

instance-of

p

p

p

p

t

t1

t2

t3

t4

Acknowledgements: Boris Hennig, unpublished

difference between x and x action in snomed ct
Difference between “X” and “X-Action” in SNOMED CT

RemovalOfForeignBodyFromStomachByIncision

RemovalOfForeignBodyFromDigestiveSystem AND

RemovalOfForeignBodyFromStomach AND

IncisionOfStomach AND

 has-part.(Method.RemovalAction AND

DirectMorphology.ForeignBody) AND

 has-part.(Method.IncisionAction AND

ProcedureSite.stomachStructure)

theory 2 subprozesse are parts of their parent prozesses

P1

P1

P1

P1

P4

P2

P3

P2

P2

P3

P‘‘‘

P‘‘

P‘

P

Theory 2: Subprozesse are parts of their parent Prozesses

 has-part

is-a

 has-part

is-a

 has-part

is-a

 has-part

instance-of

instance-of

instance-of

instance-of

p

p

p

p

t

t1

t2

t3

t4

parent and child prozesses
Parent and Child Prozesses

Chirurgischer Eingriff

Taxonomy of Prozesses:

is-a relation between parent and

child Prozesses

Fremdkörperentfernung aus dem

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem by incision

Preparationfor Surgery

Closure

Preparationfor Endoscopy

Extraction of Endoscope

Incision

Introduction of Endoscope

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Exploration

Exploration

t

t

prozesses and subprozesses
Prozesses and SubProzesses

Chirurgischer Eingriff

Fremdkörperentfernung aus dem

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem by incision

Preparationfor Surgery

Closure

Preparationfor Endoscopy

Extraction of Endoscope

Incision

Introduction of Endoscope

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Partonomy of Prozesses

Exploration

Exploration

t

t

ad