1 / 11

Kristalisasi protein

Kristalisasi protein. = Pengendapan protein secara lambat dan terkendali. Pengendapan protein. Pengendapan dalam pemurnian protein - ammonium sulfat - etanol (dingin) - propanol and isopropanol - polyetilen glikol (PEG) Prinsip: pengikatan air sehingga mengurangi kelarutan protein.

dyan
Download Presentation

Kristalisasi protein

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Kristalisasi protein = Pengendapan protein secara lambat dan terkendali

  2. Pengendapan protein • Pengendapan dalam pemurnian protein- ammonium sulfat- etanol (dingin)- propanol and isopropanol- polyetilen glikol (PEG) • Prinsip: pengikatan air sehingga mengurangi kelarutan protein

  3. 4 tahap penting dalam kristalisasi • Penentuan kemurnian protein • Kelarutan protein dalam pelarut yang cocok (biasanya larutan bufer) • Membawa larutan protein ke superjenuh (pembentukan inti kristal) • Setelah pembentukan inti, pertumbuhan kristal (pada derajat superjenuh rendah)

  4. Bagaimana mencapai superjenuh? • Mengubah suhu • Meningkatkan konsentrasi pengendap • Teknik yang banyak dipakai: difusi uap tetes mengantung (hanging drop vapour diffusion) • Tetes mengandung 50% larutan proteinsolution dan 50% larutan induk (reservoir) • Difusi lambat pelarut dari tetes ke reservoir hingga kesetimbangan

  5. Diagram fase kristalisasi: [larutan induk] vs [protein]

  6. Contok: kristalisasi fosfolipase A membran luar • Hanging-drop vapour diffusion • Protein solution: • 8 mg/ml OMPLA • 1,5 % -oktil-glukosida • 10 mM buffer suksinat, pH 6,5 • 1 mM NaN3 • Reservoir solution: • 25-29 % 2-metil,2,4-pentanediol • 1 mM CaCl2 • 0,1 M Bis-Tris pH 6.0

  7. Jancarik and Kim, 1991 • Merancang matriks jarang untuk kondisi kristalisasi, berbagai pengendap, PH, dan tambahan • Seakrang ada di pasaran, seperti oleh Hampton Research, California (Crystal Screen I) • Kondisi yang menjanjikan dioptimasi; PH dapat berbeda dari yang tertulis • Penapisan mengandung bufer, dan saeringkali cryo-protectant

  8. Data kristalisasi dari PDB • 26 Agustus 2008: 52 684 struktur • 44 936 melalui kristalografi sinar-X • 8 289 mengandung informasi kristalisasi yang dapat diterjemahkan: • 23 793 jenis bahan kimia dipakai • 415 diantaranya hanya digunakan sekali • 38 bahan kimia ditemukan lebih dari 100 kristalisasi

  9. Bahan kimia yang paling banyak dipakai • 2 070 ammonium sulfat • 1 623 Tris / Tris-Cl • 1 271 PEG 4000 (all PEGS 4 652 times) • 1118 (Na+) HEPES • 1116 (Na+) asetat • 934 PEG 8000 • 864 (Na+) sitrat • 849 NaCl • 641 (Na+) MES

  10. Contoh penapisan kristal

  11. References • Jancarik, J., Kim, S.H. (1991) J. Appl. Crystallogr. 24, 409-411 • Tran, T.T., Sorel, I., Lewit-Bentley, A. (2004) Acta Crystallogr. D60, 1562-1568 • Peat, T.S., Christopher, J.A., Newman, J. (2005) Acta Crystallogr. D61, 1662-1669

More Related