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PubMed. 图书馆秋冬系列数据库培训之七. 数据库简介 数据库的使用方法 检索结果的处理. 数据库简介. 从字面上看, PubMed 这一名称,源自 “ Public ” 和 “ Medline ” 两个英语单词,顾名思义,意味着面向公众的、免费的医药信息检索服务。

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PubMed

图书馆秋冬系列数据库培训之七

slide2
数据库简介
  • 数据库的使用方法
  • 检索结果的处理
slide3
数据库简介
  • 从字面上看,PubMed这一名称,源自“Public”和“Medline”两个英语单词,顾名思义,意味着面向公众的、免费的医药信息检索服务。
  • Pubmed是美国国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM)所属的国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)建立的生物医学文献检索系统,使用NCBI的Entrez检索平台。
  • 是检索全世界生物医学期刊论文的重要工具。
  • 基于互联网,提供免费检索服务,部分文献(约5%)可免费下载全文。
slide4
收录范围

1、MEDLINE(Medline是PubMed的核心內容)

2、PreMEDLINE

3、Publisher supplied citations

slide5
Medline是由美国国立医学图书馆研制开发的一个生物医学文摘型光盘数据库,1983年开始推出,至今已有20多年历史,应用广泛。

收录了收录了20世纪60年代(一说1953年)以来世界70多个国家和地区出版的大约5300多种(统计数字截至2006年10月)重要生物医学期刊的文献题录和文摘,涉及生物医学及相关学科(如农业、化学等)的广泛学科领域,数据库中约80%的记录提供文摘。

Medline数据库中收录的文献以英文为主(约占85%),但也包括世界上其他数十种重要语种的文献。对于原文为非英文的文献,Medline收录时均将原文献的题录信息译成英文,并进行适当标识(非英文文献标题加方括号)。

记录标注“[PubMed - indexed for MEDLINE]”

slide6
PreMedline是Medline的预处理数据库,主要收录未经标引加工的书目文献信息,只提供基本的书目线索,如题名、著者、文摘、出处等。PreMedline是Medline的预处理数据库,主要收录未经标引加工的书目文献信息,只提供基本的书目线索,如题名、著者、文摘、出处等。

Premedline属于Medline的最新内容,是检索Medline光盘时找不到的,只有待Medline光盘下次更新后才可能检索到

因为未做主题标引,检索时采用自由词检索

记录标注“[PubMed - in process]”

slide7
Publisher Supplied Citation是出版商直接向PubMed提供的非Medline收录的电子期刊
  • 记录标注“[PubMed - as supplied by publisher]”
slide8
数据库的检索界面
  • PubMed拥有两个独立的互联网域名,http://www.pubmed.govhttp://www.pubmed.com
  • 具体资源地址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/
slide9

NCBI其它资源

简单检索

辅助检索

专用检索

slide10
数据库的使用方法
  • 简单检索
  • 辅助检索
  • 专用检索
slide11
数据库的使用方法-简单检索
  • 在PubMed初始检索界面的唯一检索框中输入任意检索词或者检索式,然后点击“Go”按键,系统即显示出检索结果。
  • 输入的检索词不区分大小写,可以是任何具有实际意义的单词或者词语,如自由词(疾病名称、药品名称)、主题词、人名、地名、期刊名称、期刊ISSN号等;检索式是指使用布尔逻辑运算符、截词符(通配符)等对检索词进行组配。
slide12
PubMed可使用布尔逻辑算符AND(逻辑与)、OR(逻辑或)、NOT(逻辑非)。PubMed可使用布尔逻辑算符AND(逻辑与)、OR(逻辑或)、NOT(逻辑非)。
  • 对含有多个布尔逻辑运算符的检索式采用从左到右的自然顺序进行运算,不存在某个运算符优先的情况,但可以使用半角括号对检索式的优先运算顺序进行指定,如”AIDS AND (China OR Korea)”。
  • 布尔逻辑运算符必须全部大写才有效。
  • 支持”*”截词运算符,用来通配多个字符。
slide13
Entrez PubMed具有自动词语匹配功能(Automatic Term Mapping),通过这一功能,对于用户在检索框中输入的非限定检索词,系统将依次到MeSH词转换表、期刊刊名转换表(Journal Translation Table)、短语表(Phrase list)、作者姓名索引表(Author Index)中进行词语匹配查找。
slide14
作者检索
  • 格式:姓氏全称+名字首字母缩写(最多两个字母)
  • 例:检索2006年诺贝尔医学与生理学奖获得者Andrew Z. Fire发表的论文,可直接在检索框中输入“fire a”或者“fire az”即可。
  • 例:检索钟南山院士发表的论文,输入“zhong NS”或“zhong N”
slide15
期刊检索:刊名检索或刊号检索
  • 刊名检索:全名或缩写
  • 刊号检索: ISSN(国际标准刊号)

注:PubMed中我国出版的期刊名称一律采用汉语拼音,而非英文译名。

slide16
问题
  • 输入检索词后,PubMed的自动词语匹配功能会将这些词优先转换成为医学主题词(同时作为自由词)进行检索,而不再自动进行期刊、作者名称检索。
  • 检索作者名时容易检索出其它姓名格式相同但实际不同的作者。
slide17
对策
  • 使用限定字段检索,格式:检索词[字段名称],如zhong ns[au]
  • 用半角双引号将检索词引起来,强制PubMed进行词组精确检索。例如,在检索框中输入“gene therapy”,系统将直接在数据库所有字段中查找该短语,而不再执行自动词语匹配功能。
  • 使用布尔逻辑算符,增加限制条件。如检索广州医学院钟南山的论文:zhong ns[au] AND guangzhou med*[ad]
slide22
常用的字段:
  • AD(作者单位)、AU(作者)、TI(题名)、LA(语种)、MH(主题词)、PT(文献类型)、TIAB(题名/文摘)、PL(出版地,国家或地区)、RN(酶代码及化学文摘登记号)、TA(刊名)
slide23
数据库的使用方法-辅助检索
  • Limits
  • Preview/Index
  • History
  • Clipboard
  • Details
limits
Limits
  • 对检索词或者检索策略进行某些限定和修饰,以缩小检索范围,得到更精确的检索结果,提高检索效率。“Limits”一经设定或者修改,对后面的检索一直有效,直到重新进行设定。
slide25
作者检索(Search by Author,可输入多个作者姓名)
  • 期刊检索(Search by Jounral,可输入多个期刊名)
  • 只检索提供全文、免费全文或文摘的文献(Full Text, Free Full Text, and Abstracts);
  • 日期(出版日期和加入PubMed数据库的日期);
  • 研究对象(Hunans or Animals);
  • 性别(Gender);
  • 文献语种(Languages);
  • 子集(Subsets);
  • 文献类型(Type of Articles);
  • 研究对象的年龄组(Ages);
  • 指定字段检索(Tag Terms)。
preview index
Preview/Index
  • Preview/Index包括Preview(预览)和Index(索引)两个功能。
  • Preview 对最近三次检索(Most Recent Queries)的结果进行预览,对每次检索进行编号(#加数字)、列出检索式、检索时间及命中文献数量。用户可根据命中文献数量来判断是否有必要进一步修改检索式以缩小或扩大检索范围,避免每次因传输大量数据而浪费时间。在此栏目可直接进行新的组配。
  • 用鼠标点击Preview中的检索式编号链接,会出现一个“Options”菜单,供用户进行相关操作,如逻辑组配(AND、OR、NOT)、删除(Delete)、检索(Go)、查看检索细节(Details)、保存检索策略(Save in my NCBI)等。用鼠标点击检索命中记录数字,即可查看检索出的文献。
slide30
Index是从索引中查看和选择检索词。例如:要用与Tuberculosis(结核)有关的MeSH词来进行检索,在输入框内输入Tuberculosis,再在前面的下拉式菜单的选择MeSH Terms,再点击Index按钮,下面的滚动索引窗中会显示所有与Tuberculosis有关的主题词及命中记录数,选中“tuberculosis/drug therapy(19012)”,点击AND、OR或者NOT按钮,"tuberculosis/drug therapy"[MeSH Terms] 就会自动出现在检索提问框内。
history
History
  • History功能与Preview有些类似,但History能保存用户所有的检索请求和结果。窗口显示检索序号、检索式、检索时间、命中文献数,点“Clear History”按钮清除所有检索历史记录。用鼠标点击History中的检索式编号,也会出现一个“Options”菜单,供用户对该检索式进行逻辑组配(AND、OR、NOT)、删除(Delete)、检索(Go)、查看检索细节(Details)、保存检索策略(Save in my NCBI)等。点击命中文献数字,可以查看检索出的文献。
  • 检索记录在系统中保留8个小时。
clipboard
Clipboard
  • Clipboard主要用于暂时存放一次或多次检索结果当中的选定记录(PubMed检索结果处理方法中有“Send to Clipboard”项。用户可对剪贴板内的文献进行排序(Sort)和保存(Send to)等,也可对剪贴板内的文献进行进一步的检索:如,要找出剪贴板中的英文文献,可以在检索框内输入“#0 AND english [LA]”,这样做本身不会影响剪贴板里的内容。 #0代表剪贴板中已有的文献。
slide35
剪贴板中最多可保存500条文献;
  • 若PubMed 停止使用8小时或以上,剪贴板里的内容就会被清除;
details
Details
  • Details功能主要用来查看和编辑检索每次检索情况,可以增加或删除检索词。
  • 例如:在简单检索框中输入检索词“liver cancer hepatitis”,进行检索,在Details就能看到相应的转换过程。
slide39
“Query Translation”(检索式转换)项列出本次检索词自动词语匹配情况;用户可对这检索式进行修改,点“Search”按钮即可重新检索;点击“URL”按钮,进入显示本次检索结果的页面,用浏览器的书签(或收藏夹)菜单将目前的检索项目作为URL地址以书签形式保存,以便下次再检索;
  • “Result”项注明本次检索命中文献数量;
  • “Translations”项说明用户输入的每个检索词的转换情况;
  • Database说明本次检索的数据库对象;
  • “User query”列出用户本次检索所输入的检索词。
slide40
专用检索
  • Journal Database(期刊信息数据库)
  • MeSH Database(医学主题词数据库)
  • Single Citation Matcher(单篇论文题录匹配检索)
  • Clinical Queries(临床查询)
journal database
Journal Database
  • 查询PubMed收录期刊的相关信息:可输入期刊名称(全称或缩写)、ISSN号、刊名中的任意一个或多个词语来查找期刊的详细信息。包括刊名(Title)、ISSN号、刊名缩写(Title Abbreviation)、刊名ISO缩写(ISO Abbreviation)、创刊年(Publication Start Year)、出版商(Publisher)、刊物变迁情况(Continuation Notes)、语种(Language)、出版国(Country)、相关主题词(Subject Term)、NLM编号(NLM ID)等,选择”Send to Search Box with OR”命令,即可检索该刊物所发表的文献。
mesh database
MeSH Database
  • 供用户查询医学主题词并构建相关检索策略:输入自由词,系统将提供与其相近的主题词供用户选择。
slide45
例如:
  • 点击“MeSH Database”,界面进入主题词检索状态。在检索框中输入”AIDS”,系统将分页列出相关的医学主题词,并且一一进行简要注释。
  • 点击其中一个主题词,系统将显示该主题词的详细信息,包括:

词义注释

被收录入医学主题词表的年限

可供该主题词组配的所有副主题词列表(可勾选)

入口词

该主题词的树状结构表

是否将该主题词限定为主要主题词(Restrict Search to Major Topic headings only)

是否不进行扩展检索(Do Not Explode this term)

slide46
输入“AIDS”进行查找后,系统列出相关主题词:输入“AIDS”进行查找后,系统列出相关主题词:
slide47
点击所需的主题词,进入该主题词的详细信息,选择副主题词“diet therapy”

收录入主题词表的时间

词义注释

可搭配的副主题词(可多选)

是否限定为主要主题词

是否扩展

slide48

入口词

树状结构

slide49
选择完毕后,点击“Search Box with”三个选项当中的一个,页面跳转至下图,点击“PubMed Search”。
slide50

所用检索式

得到检索结果

slide51
虽然通过主题词数据库进行主题词途径检索操作起来繁琐,但其检索结果的准确性高,不易漏检,可说是最佳的检索方法之一,一旦熟练掌握,可达到事半功倍的效果。虽然通过主题词数据库进行主题词途径检索操作起来繁琐,但其检索结果的准确性高,不易漏检,可说是最佳的检索方法之一,一旦熟练掌握,可达到事半功倍的效果。
single citation matcher
Single Citation Matcher(单篇论文题录匹配检索)
  • Single Citation Matcher是通过输入论文的相关信息如发表期刊名称、卷、期、页码、发表日期、作者、文献篇名关键词等从而可以快速检索到该篇文献。
  • 例如:我们知道在一个姓Hutchins的作者在1979发表了一篇论文,该文在期刊的起始页码为745,但不知道该文献的其他相关信息,可以通过Single Citation Matcher输入有限的已知信息(未知的空着即可)也可快速地找到该篇文章。
  • Single Citation Matcher的功能也可以通过前面所说的PubMed限定字段检索来实现,上例中,可在检索框中输入检索式“Hutchins[AU] AND 1979[DP] AND 745[PG]”同样也可以很快找到这篇文献。
clinical queries
Clinical Queries

是专门为临床医生设计的检索入口,专门检索临床研究方法学(循证医学)文献,主要涉及治疗,诊断,病因和预后四个方面,并提供敏感度(强调查全)或专指度(强调查准)两种选择。Clinical Queries有三个功能:

  • Search by Clinical Study Category
  • Find Systematic Reviews
  • Medical Genetics Searches
slide55
检索结果及其处理
  • PubMed可用30多种不同的格式显示检索结果,默认Summary格式。
  • 结果排序: Pub Date(出版日期)、First Author(第一作者)、Last Author(末位作者)、Journal(期刊名称)。
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收录文献状态
  • 每篇文献标题的左侧,都有一个小图标,不同的图标表明该文献的不同情况,如“Free in PMC”(表示PMC中有该文献的免费全文)、“Free Full Text”(表示该文献有其他来源免费全文)、“Abstract”(表示该文献有文摘)、“No Abstract”(表示该文献无文摘)等等。
slide58

Free in PMC

No abstract

abstract

Free full text

slide59
直接点击结果中某篇文献的论文作者或图标链接,即可显示该篇文献的详细内容(见下图),包括出处、篇名、作者、作者地址、文摘(如果有的话)、PMID等。如果互联网上有该文献的全文(免费或付费),将用图标进行标对全文来源一一进行标识并链接。直接点击结果中某篇文献的论文作者或图标链接,即可显示该篇文献的详细内容(见下图),包括出处、篇名、作者、作者地址、文摘(如果有的话)、PMID等。如果互联网上有该文献的全文(免费或付费),将用图标进行标对全文来源一一进行标识并链接。
  • 如果有免费全文提供,点击该链接即可在线阅读或下载该文献全文,一般为PDF文件格式;
  • 如果是付费全文服务,点击链接可进入到提供该文献全文的机构的网页,从而了解获取全文的方法。
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检索结果的处理
  • 可通过选择”Send to”下拉菜单进行来完成。如果用户不对文献进行选择,保存操作将面向本次检索的所有检索结果,否则只对所选择的文献进行相关操作。
  • Send to Text:将检索结果转换为纯文本,并在浏览器中显示;
  • Send to File:将检索结果转换为纯文本文件,并提示用户打开或者保存;
  • Send to Printer:将检索结果直接通过打印机打印;
  • Send to Clipboard:将检索结果发送到剪贴板,等待进行进一步的处理;
  • Send to E-mail:将检索结果按用户指定的格式发送到用户指定的电子信箱;
  • Send to Order:通过馆际互借获取文献原文,一般为付费服务,用户需注册相关服务帐号(Loansome Doc account)并登录进入相关系统。
slide62
保存检索策略
  • 在Details界面,按“URL”键,进入到包含有该检索策略的页面,将该页面收藏到浏览器的收藏夹中;以后要进行跟踪检索,直接从收藏夹中重新打开该页面即可。
  • 使用“My NCBI”:首先注册一个NCBI帐号(免费),

(1)在History或者Preview/Index界面,点击需要保存的检索策略的编号,在Options命令菜单中选择“Save in My NCBI”,即出现保存检索策略(Save Search)窗口(见下图);(2)点击检索框右侧出现“Save Search”链接

系统将提示为该检索策略命名,并询问是否愿意通过电子邮件接收与该检索策略有关的新文献(Would you like to receive e-mail updates of new search results?)。以后要进行跟踪检索,可登陆“My NCBI”直接点击运行该检索策略即可,非常方便。

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