Représentation du Thésaurus MeSH et de la Terminologie CISMeF en OWL

1. Représentation du Thésaurus MeSH et de la Terminologie CISMeF en OWL Lina Soualmia Laboratoire PSI – CNRS 2645 – INSA & Université de Rouen Equipe CISMeF CHU de Rouen & L@STICS

2. Plan • Introduction • CISMeF • Prototype KnowQuE • Choix de modélisation en OWL • Travaux en cours Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

3. Introduction • http://www.chu-rouen.fr/cismef/ • 13 227 ressources • Utilisation de standards pour la modélisation : • Métadonnées : ajoutent de la sémantique aux données. • Terminologie structurée: même rôle qu’une ontologie de domaine. • Améliorer la recherche d’information Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

4. La Terminologie CISMeF • Mots Clés (22 012) et Qualificatifs (84) du MeSH • hépatite, diabète .. • diagnostic, complications, prévention et contrôle.. • hépatite/diagnostic • Métatermes (104) : • Spécialités médicales ou Sciences biologiques • Cardiologie, Pédiatrie… • Liens sémantiques avec les Mots Clés/Qualifs, Type de ressource. • Types de ressources (144): • Renseignent la nature de la ressource • Cours, base de données, information patient... Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

5. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

6. KnowQuE • Knowledge-based Query Expansion System [AIME03; FQAS 04; IPMU 04] • Base Morphologique • Flexions : {Cœur, Cœurs} , Dérivations : { Cœur, Cardiaque} • Base de Règles d’Association • hépatite B / prévention et contrôle  vaccin anti-hépatite B • Terminologie CISMeF en OWL-DL Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

7. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

8. Choix de Modélisation • Passage base de données à une Ontologie Formelle en OWL-DL • Représentation des concepts et relations : connaissances taxinomiques • Intérêt: • mécanismes de raisonnement puissants • consistance • classification automatique • Structure de l’ontologie • Concepts : Métatermes,Mots clés et Types de Ressources. • Relations : Qualificatifs; domaine restreint par des contraintes. • Les ressources sont des instances de concepts. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

9. Traduction Automatique • Java/SQL • Top-Down • Distinction des relations Is-a et Part-Of (anatomie et régions géographiques) • Désaccentuation • Caractères illégaux (‘-’‘,’‘:’ ) et espaces • Noms préfixés par un nombre • 11-hydroxycorticostéroïdes • _11_hydroxycorticosteroides Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

10. Concepts (Classes) • <owl:Classrdf:ID="mt_cardiologie" /> • <owl:Class rdf:ID="histoire_medecine"> <rdfs:subClassOf> <owl:Classrdf:about="#histoire" /> </rdfs:subClassOf> </owl:Class> • <owl:Class rdf:ID="hepatite_c_chronique"> <rdfs:subClassOf> <owl:Class> <owl:intersectionOf rdf:parseType="Collection"> <owl:Classrdf:about="#hepatite_c" /> <owl:Classrdf:about="#hepatite_chronique" /> </owl:intersectionOf> </owl:Class> </rdfs:subClassOf> </owl:Class> Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

11. Rôles (Relations) • <owl:ObjectProperty rdf:ID="qu_contre_indications"> <rdfs:domainrdf:resource="#domain_qu_contre_indications" /> <rdfs:subPropertyOf> <owl:intersectionOf rdf:parseType="Collection"> <owl:ObjectPropertyrdf:resource="#qu_pharmacologie" /> <owl:ObjectPropertyrdf:resource="#qu_usage_therapeutique" /> </owl:intersectionOf> </rdfs:subPropertyOf> </owl:ObjectProperty> • <owl:Class rdf:ID="abdomen"> <rdfs:subClassOf> <owl:Restriction> <owl:onPropertyrdf:resource="#partOf" /> <owl:someValuesFromrdf:resource="#region_corps" /> </owl:Restriction> </rdfs:subClassOf> </owl:Class> Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

12. Domaines <owl:Class rdf:ID="domain_qu_contre_indications"> • <owl:unionOf rdf:parseType="Collection"> • <owl:Classrdf:about="#produits_chimiques_inorganiques" /> • <owl:Classrdf:about="#composes_chimiques_organiques" /> • <owl:Classrdf:about="#composes_heterocycliques" /> • <owl:Classrdf:about="#hydrocarbures_polycycliques" /> • …. • <owl:Classrdf:about="#pesticides__noxa__polluants_environnement" /> • <owl:Classrdf:about="#agents_regulateurs_reproduction" /> • <owl:Classrdf:about="#antiinfectieux" /> • <owl:Classrdf:about="#anesthesie_et_analgesie" /> • <owl:Classrdf:about="#intervention_chirurgicale" /> • </owl:unionOf> • </owl:Class> Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

13. Ressources • <owl:Class rdf:ID="R_00064"> • <owl:intersectionOf rdf:parseType="Collection"> • <owl:Classrdf:about="#adulte" /> • <owl:Classrdf:about="#enfant" /> • <owl:Classrdf:about="#soins_ambulatoires" /> • <owl:Restriction> • <owl:onPropertyrdf:resource="#qu_therapeutique" /> • <owl:someValuesFromrdf:resource="#asthme" /> • </owl:Restriction> • </owl:intersectionOf> • </owl:Class> Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

14. Fichier OWL résultat • 23 420 concepts • 9 861 Mots clés • 104 Spécialités • 144 Types de Ressources • 13 227 Ressources • 85 rôles • 84 Qualificatifs • 1 relation PartOf • 25 MB • Import sous Protégé • Réduction à 3000 Ressources • Import : 30 minutes Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

15. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

16. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

17. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

18. Vérification de la Consistance • ~ 4 heures • Prétraitement des fichiers MeSH : BD structurée • Distinction des notions • Utilisation de l’opérateur d’intersection • Ressources et Domaines ont des descriptions • Indexation des Ressources manuelle Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

19. Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004

20. Travaux en cours • Arborescence anatomie prendre en compte les cas particuliers: • [A11 ] Cellules, [A12] Liquides et sécrétions biologiques, [A15] Systèmes sanguins et immunitaires: cellule sanguine est une cellule • Améliorer les descriptions • Utiliser UMLS • les relations du réseau sémantique : is_treated_by; is_complicated_by • Projet ATONANT • À partir des note scope Journée Web Sémantique Médical - Rouen - Mars 2004