International Nucleotide Sequence Database Collaboration
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International Nucleotide Sequence Database Collaboration. ¿Qué es Genbank?. GenBank es la base de datos de secuencias genéticas del NIH. Contiene todas las secuencias de ADN de acceso público y, además, incluye anotaciones. Las secuencias están distribuídas en 3 BD: Nucleotide, EST y GSS.

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Presentation Transcript


International nucleotide sequence database collaboration

International Nucleotide Sequence Database Collaboration


International nucleotide sequence database collaboration

¿Qué es Genbank?

GenBank es la base de datos de secuencias genéticas del NIH. Contiene todas las secuencias de ADN de acceso público y, además, incluye anotaciones. Las secuencias están distribuídas en 3 BD: Nucleotide, EST y GSS

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/


International nucleotide sequence database collaboration

NAR (Database Issue)


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Cada dos meses sale una nueva versión de GenBank.

La versión 200 (15 de Febero de 2014) contiene más de 171 millones de secuencias

Más o menos cada 18 meses se duplica el número de secuencias de GenBank

Es posible descargar la base de datos completa desde el sitio ftp del NCBI.

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank

El crecimiento de GenBank


International nucleotide sequence database collaboration

También crece el número de usuarios de GenBank


International nucleotide sequence database collaboration

Hay varias formas de enviar secuencias a GenBank

¿Cómo envío una secuencia a GenBank?


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Hay varias formas de acceder a las secuencias de nucleótidos almacenadas en Gen Bank: (1) a través de la base de datos Nucleotide, (2) a través de la herramienta BLAST o (3) a través de programas específicos desarrollados por el NCBI.

¿Cómo accedo a una secuencia de GenBank?


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Puedo acceder a las secuencias almacenadas en GenBank a través de la base de datos Nucleotide.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/

Acceso directo: La base de datos Nucleotide


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Puedo acceder a las secuencias almacenadas en GenBank a través de la base de datos EST.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest/

Acceso directo: La base de datos EST


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Puedo acceder a las secuencias almacenadas en GenBank a través de la base de datos GSS.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucgss/

Acceso directo: La base de datos GSS


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http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Acceso indirecto: desde la herramienta BLAST


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Pincha aquí para acceder al registro de GenBank correspondiente a una de las secuencias que ha encontrado BLAST

Resultados de una búsqueda en BLAST

Acceso indirecto desde la página de resultados


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Pincha aquí para seleccionar GenBank

Pincha aquí para acceder al fichero de GenBank correspondiente al gen que codifica esta proteína

Acceso indirecto: desde un registro de la BD UniProtKB


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(12)

(8)

Cada secuencia pertenece a una de las 20 divisiones de GenBank


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Introduce aquí el término de la búsqueda

Puedes seleccionar otras bases de datos

Inicia la búsqueda

Información sobre el NCBI

Documentación sobre el NCBI

Otras bases de datos

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide


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Para buscar secuencias en Gen Bank se puede introducir el nombre de una proteína, de un gen o del autor que envió la secuencia. También se puede introducir directamente el número de acceso. Si se ponen términos compuestos, entre comillas.

Cómo hacer una búsqueda sencilla


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Aquí se introduce el término que queremos buscar: colicin

Inicio la búsqueda

NUCLEOTIDE: Búsqueda rápida


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También ha encontrado secuencias EST y GSS

35187 secuencias encontradas

Esta búsqueda no ha sido muy productiva

Hay que definir mejor los términos de la búsqueda para que me sea útil

Resultados de la búsqueda


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Inicio de la búsqueda

Introduzco el término: “colicin A”

Los términos compuestos se ponen entre comillas

Búsqueda más detallada con un término compuesto


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Puedes filtrar los resultados de la búsqueda

Se pueden imponer límites a la búsqueda

63 secuencias encontradas

Resultados de la búsqueda clasificados por organismo

Selecciona las secuencias de Escherichia coli

Filtrado de los resultados de la búsqueda


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También se pueden poner límites a la búsqueda


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Inicio de la búsqueda

Puedo introducir más de un término y usar los operadores lógicos (AND, OR, NOT)

Búsqueda con varios términos usando operadores lógicos


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Pincha aquí para acceder a la secuencia

Pincha aquí para cambiar el formato de presentación de los resultados de la búsqueda

Selecciona la secuencia que quieres ver


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Se puede cambiar el formato de presentación de los resultados


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Enlaces a otras bases de datos

Registro de GenBank con el resultado de la búsqueda


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Los registros almacenados en la base de datos GenBank constan de varios apartados:

1.- Encabezamiento: información general sobre el registro (identificadores, número de acceso, descripción del gen y del organismo de donde procede)

2.- Referencias bibliográficas

3.- Tabla de características (Features table)

4.- Secuencia de nucleótidos (en código de una letra)

Un registro de la base de datos GenBank


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Encabezamiento

Referencias bibliográficas

La última referencia (en este caso es la 2) incluye detalles sobre quién ha enviado la secuencia a la base de datos

Encabezamiento y referencias bibliográficas


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Tipos de característica

Se detalla la ubicación exacta (location) de cada tipo de característica y se añaden uno o más calificadores (qualifiers). También hay enlaces a otras BD.

Tabla que reúne las características de la secuencia

Tabla de características (Features table)


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Secuencia de nucleótidos. Cada línea contiene 60 nucleótidos agrupados en 6 bloques de 10.

Símbolo que indica que se ha llegado al final del registro

La secuencia de nucleótidos


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Pincha aquí para ver la secuencia mediante un gráfico interactivo

Pincha aquí para obtener la secuencia en formato FASTA

El formato FASTA es aceptado por la mayoría de los programas de análisis de secuencias

Otras formas de ver la secuencia


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Línea de definición: En la primera línea se incluye una escueta definición de la secuencia. Siempre empieza por el símbolo >

Secuencia ininterrumpida de nucleótidos (70 por cada línea)

Es posible que te interese guardar esta secuencia en tu ordenador. Puedes hacer corta y pega y guardarla en un fichero Word.

La secuencia de nucleótidos en formato FASTA


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Región vista en pantalla

Zoom

Hebra directa 5’3’ (forward)

Hebra directa (5’3’) y proteína que codifica. La hebra complementaria también puede codificar proteínas.

Hebra complementaria (complement)

Gráfico interactivo de la secuencia


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Forward: Cualquier secuencia escrita en sentido (5’ 3’)

5’-gaggagaagtctgccgttactgccctgtgg-3’

Reverse: la secuencia anterior escrita en sentido (3’ 5’)

3’-ggtgtcccgtcattgccgtctgaagaggag-5’

Complement: la secuencia complementaria escrita en sentido (3’ 5’)

5’-gaggagaagtctgccgttactgccctgtgg-3’

3’-ctcctcttcagacggcaatgacgggacacc-5’

Reverse-complement: la secuencia complementaria escrita en sentido (5’ 3’)

5’-gaggagaagtctgccgttactgccctgtgg-3’

5’-ccacagggcagtaacggcagacttctcctc-3’

Forward, reverse, complement and reverse-complement


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La hebra que sirve de molde para la transcripción es la hebra antisentido. También se llama hebra no codificante, hebra (-) o hebra de Watson.

La hebra complementaria, que no sirve de molde para la transcripción, es la hebra con sentido. Su secuencia es igual a la del transcrito RNA (cambiando U por T). También se llama hebra codificante, hebra (+) o hebra de Crick.

¿Qué sentido tiene todo esto?


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Pinchando en cada característica (feature), la puedes ver con todo detalle

Se puede ver cada característica por separado


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Se resalta la región de la secuencia de nucleótidos que corresponde a la CDS (empieza por ATG y termina en TAA)

Pincha aquí para obtener la región seleccionada en formato FASTA

Pincha aquí para seleccionar otra característica

Pincha aquí para saltar de una característica a otra

Enlaces a otras BD que ofrecen información relacionada

Pincha aquí para obtener la región seleccionada en el formato de GenBank

Pincha aquí para ver los detalles relacionados con la característica seleccionada

Vista detallada de una característica (CDS)


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Cómo guardar una copia del registro en tu ordenador


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Pincha aquí para hacerte con una copia del registro

Seleccionar la parte del registro que te interesa

Pincha aquí para seleccionar el formato en que quieres almacenar el registro

Pincha aquí para crear un fichero con tu selección

Cómo guardar una copia del registro en tu ordenador


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Capítulo 2: How most people use Bioinformatics

Capítulo 3: Using nucleotide sequences databases

Bibliografía


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