1 / 32

Dane nr 7

Analiza danych w programach bioinformatycznych. Dane nr 7. Panek Paulina Pauch Joanna Pawłowska Urszula Pawłowski Cyprian Pryczynicz Ewa GRUPA II. numer osobnika. matki. Dane nr 7. ojcowie. waga. markery. PROGRAMY. Programy użyte do analizy naszych danych: GDA QTL Express SAS

aaralyn
Download Presentation

Dane nr 7

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Analiza danych w programach bioinformatycznych Dane nr 7 Panek Paulina Pauch Joanna Pawłowska Urszula Pawłowski Cyprian Pryczynicz Ewa GRUPA II

  2. numer osobnika matki Dane nr 7 ojcowie waga markery

  3. PROGRAMY • Programy użyte do analizy naszych danych: • GDA • QTL Express • SAS • EMLD • GOLD • PHASE

  4. GDA 10 loci Struktura pliku wejściowego Allele

  5. HIPOTEZY • Program ten sprawdza nam postawioną przez nas HIPOTEZĘ: H0: dane locus jest w równowadze H-W H1: dane locus nie jest w równowadze H-W • Lmax przyjmujemy 0,01 • jeżeli Lmax<Lt to przyjmujemy H0 • jeżeli Lmax>Lt to przyjmujemy H1

  6. WYNIKI Locus 1 jest w równowadze H-W Locus 8 jest w równowadze H-W Kombinacja locus 2 do locus 6 nie jest w równowadze H-W Kombinacja locus 4 do locus 6 jest w równowadze H-W

  7. Wartość oszacowana Analizazaburzeń odchylenie Wartość testu ----->Współczynnik D przyjmuje wartości -0,25>D>0,25 --------->Jeżeli D=0 to dane loci jest w równowadze Najczęściej występujące allele Loci wzięte pod uwagę

  8. QTL Express Half-sib Analysis

  9. PLIKI • Do tego programu trzeba było stworzyć 3 pliki wejściowe: - Genotype File - Map File - Phenotype File Plik z wymyślonymi odległościami markerów na chromosomie

  10. WYNIKI

  11. WYNIKI Mamy 2 rodziny, ponieważ mamy 2 ojców

  12. WYNIKI Najbardziej prawdopodobna lokalizacja QTL 100cM Wartość testu LRT Wartość testu F

  13. WYNIKI Największego skupienia QTL należy spodziewać się w pozycji 100cM

  14. SAS Struktura pliku wejściowego

  15. WYNIKI Możliwe są 4 haplotypy: 11,12,21,22 W kombinacji loci 4 5 utworzyły się następujące haplotpypy 11, 21, 22 W count mamy podana ich liczebność a w percent ich procentową frekwencję

  16. rekombinowane rekombinacje WYNIKI nierekombinowane

  17. EMLD 55 10 Liczba osobników Liczba markerów Plik wejściowy – rozszerzenie .dat Liczba porządkowa osobników (1-55) Poszczególne allele

  18. HapFreq  plik wynikowy 1 2 3 1 – markery 2 – sprzężenia pomiędzy poszczególnymi markerami 3 – wielkość próby (ilość osobników)

  19. Plik wynikowy - LD Wartości nierównowagi sprzężeń pomiędzy markerami

  20. Statystyka D Markery będące najbliżej równowagi sprzężeń Markery w największej nierównowadze sprzężeń

  21. GOLD- D

  22. Statystyka D’ Nierównowaga sprzężeń Najbliżej równowagi sprzężeń Nierównowaga sprzężeń

  23. GOLD – D’

  24. Statystyka r2 Markery w pełnej nierównowadze sprzężeń Markery najbliżej równowagi sprzężeń

  25. GOLD – r2

  26. PHASE Ile osobników Ile markerów S- Snipy Przekonwertowane dane: 11  1 12, 21  H 22  2

  27. PHASE – uruchomienie z wiersza poleceń -n : nie został podane numery osobników -f2 : zaznaczamy, że chcemy pracować na pliku, który wcześniej przekonwertowaliśmy 1 11 12, 21  H 22  2 100 : ile powtórzeń ma program wykonać

  28. Pliki wynikowe : Plik o rozszerzeniu .out_freqs : - zawarte w nim są frekwencje haplotypów dla całej populacji, oraz podana jest częstość ich występowania dla całej populacji. Plik o rozszerzeniu .out_pairs : - podanie w nim są haplotypy, których wystąpienie jest możliwe u danego osobnika.

  29. .out_freqs 1 2 3 4 Ile programutworzył haplotypów dla danej populacji 2. Jakie to haplotypy 3. Frekwencje poszczególnych haplotypów. 4. Błąd, jaki program wykonał podczas obliczania.

  30. .out_pairs Numery osobników

  31. Dziękujemy za uwagę

More Related