Bioinformática

1. Bioinformática BioGRID 3.1 Docente: Paulo Fazendeiro Larry Lourenço # 18993

2. BIOgrid 3.1 • The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) • É uma base de dados públicaquearquiva e dessemina dados sobreinteracções de proteínas e genes a partir de modelos de organismos e humanos (thebiogrid.org). • Actualmentecontémmais de 460 000 interacçõesobtidasquerpor datasets altamenteelaboradasouestudosindividuais, bemcomo a partir de mais de 30 000 publicações da literaturaprimária. • O BioGRID3.1 web interface contémnovascaracterísticas de pesquisa e visualizaçãoquepossibilitamrápidas “procuras” através de múltiplostipos de dados e fontes. • Possibilita dados de interacção com várias bases de dados de modelos de organismos, recursoscomo, Entrez-Gene, SGD, TAIR,FlyBase e outras meta-base de dados de interacções. • Toda a colecção de dados podeserdescarregadaemmúltiplosformatos de ficheiro, incluindoIMExcompatível com PSI MI XML. Para investigadoresquedesenvolvemtrabalhonaárea, as interacçõestambémestãodisponíveis a partir daREST based Web Service edo plugin Cytoscape. Toda a documentação do BioGRIDestádisponível online no BioGRID Wiki. • Contactos: • EMAIL: biogridadmin@gmail.com • TWITTER: @biogrid

3. Equipa biogrid financiadores • LorrieBoucher [curator, Toronto] • Bobby-Joe Breitkreutz [software engineer, Toronto] • Christie Chang [curator, San Diego] • Andrew Chatr-Aryamontri [curator, Montreal] • KaraDolinski [co-principalinvestigator, Princeton] • SvenHeinicke [software engineer, Princeton] • Nadine Kolas [curator, Toronto] • Michael Livstone [curator, Princeton] • Julie Nixon [curator, Edinburgh] • Rose Oughtred [curator, Princeton] • Teresa Reguly [curator, Toronto] • Jennifer Rust [curator, San Diego] • Chris Stark [software engineer, Toronto] • Mike Tyers [principal investigator, Montreal] • Andrew Winter [curator, Edinburgh]

4. Outros parceiros Bases de dados de modelos de organismos / Bases de dados de interacções / Bases de dados de anotações / Ferramentas / Software / Livrarias

5. Afiliações biogrid • John AitchisonLab • Brenda AndrewsLab • GaryBaderLab • JürgBählerLab • Judy Blake Lab • JefBoekeLab • Charlie BooneLab • David BotsteinLab • GianniCesariniLab • Mike Cherry Lab • RussFinleyLab • Anne-Claude GavinLab • Bill GelbartLab • Anne-Claude GingrasLab • HenningHermjakobLab • Eva HualaLab • TreyIdekerLab • Michael KatzeLab • QuaidMorrisLab • Tony PawsonLab • Matthias Peter Lab • Francis OuelletteLab • Sue RheeLab • Ivan SadowskiLab • Chris SanderLab • Gavin Sherlock Lab • Mike SnyderLab • Lincoln SteinLab • Paul SternbergLab • Olga TroyanskayaLab • Alfonso Valencia Lab • Monte WesterfieldLab • ShoshanaWodakLab • Jim WoodgettLab • Mike YaffeLab

6. Publicações biogrid • Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M. TheBioGRIDInteractionDatabase: 2011 update. NucleicAcidsRes. 2010 Nov 11. (Pubmed) • Breitkreutz A, Choi H, Sharom JR, Boucher L, Neduva V, Larsen B, Lin ZY, Breitkreutz BJ, Stark C, Liu G, Ahn J, Dewar-Darch D, Reguly T, Tang X, Almeida R, Qin ZS, Pawson T, Gingras AC, Nesvizhskii AI, Tyers M. A global proteinkinaseandphosphataseinteraction network in yeast. Science. 2010 May 21; 328(5981): 1043-6. (Pubmed) • Stark C, Ting-Cheng Su, Breitkreutz A, Lourenco P, Dahabieh M, Breitkreutz BJ, Tyers M, Sadowski I. PhosphoGRID: a databaseofexperimentallyverified in vivo proteinphosphorylation sites fromthebuddingyeastSaccharomycescerevisiae. Database. 2010 Jan; Vol. 2010 (Pubmed) • Salwinski L, Licata L, Winter A, Thorneycroft D, Khadake J, Ceol A, Aryamontri AC, Oughtred R, Livstone M, Boucher L, Botstein D, Dolinski K, Berardini T, Huala E, Tyers M, Eisenberg D, Cesareni G, Hermjakob H. Recuratedproteininteractiondatasets. NatMethods. 2009 Jan; 6(1): 39-46. (Pubmed) • Breitkreutz BJ, Stark C, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Livstone M, Oughtred R, Lackner DH, Bähler J, Wood V, Dolinski K, Tyers M. TheBioGRIDInteractionDatabase: 2008 update. NucleicAcidsRes. 2008 Jan; 36 (Databaseissue): D637-40. Epub 2007 Nov 13. (Pubmed) • Reguly T, Breitkreutz A, Boucher L, Breitkreutz BJ, Hon GC, Myers CL, Parsons A, Friesen H, Oughtred R, Tong A, Stark C, Ho Y, Botstein D, Andrews B, Boone C, Troyanskya OG, Ideker T, Dolinski K, Batada NN, Tyers M. Comprehensivecurationandanalysisof global interaction networks in Saccharomycescerevisiae. J Biol. 2006; 5(4): 11. Epub 2006 Jun 8. (Pubmed) • Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M. BioGRID: a general repository for interactiondatasets. NucleicAcidsRes. 2006 Jan 1; 34 (Databaseissue): D535-9. (Pubmed) • Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M. The GRID: the General Repository for InteractionDatasets. GenomeBiol. 2003; 4(3): R23. Epub 2003 Feb 27. (Pubmed) • Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M. Osprey: a network visualizationsystem. GenomeBiol. 2003; 4(3): R23. Epub 2003 Feb 27. (Pubmed)

7. Arquitectura e modelo de dados • A arquitectura da base de dados do BioGRIDconsisteemtrêscomponentesdistintos: • O Core (Núcleo) • A Web (Internet) • O Interaction Management System - IMS (Sistema de Gestão de Interacções) • O modelo de dados do BioGRIDfoidesenvolvido de forma a serextensívele modular. Cada um dos trêscomponentes tem um papelespecíficonacondução do sistema do BioGRID, e podeserfacilmentemodificado de modo a responder a necessidades de mudança no manuseamento de dados semacarretargrandesalteraçõesnasaplicaçõesquesuportam. Em bases de dados de grandesdimensões, a integridade do modelo de dados é frequentementecomprometida (porexemplo, peladuplicação de dados dentro da base de dados paraacelerar “procuras”) paramelhorar o desempenho. Estas “falhas” frequentementelevam a problemassériosnaintegridade dos dados. Por outro lado, uma base de dados completamentenormalizadaque segue rigorosamenteprincípios de design teóricos, enquantomantém a integridade dos dados, podesofrerfrequentemente e gravemente de desempenho, especialmenteemcasosonde a base de dados aumentasubstancialmente de tamanho. O modelo de dados do BioGRIDresolve esteproblemautilizando um conjunto de tabelasespecificamentedesenhadasparareduzir o tempo de “procura”, quemantêmuma forma estruturalnormalizadaquenãocomprometeprincípiosfundamentais de design. • Todas as bases de dados do BioGRIDusam o MySQL 5.1, poresteestarlivrementedisponível, serumaplataformaindependente, e de fácilinstalação e manutençãosemsacrifício de desempenhoou de características.

8. Arquitectura e modelo de dados

9. Desenvolvimentosoftware • TodososprojectosassociadosaoBioGRIDactualmente e sempre, farãouso de fontesabertas e disponíveis, bemcomoferramentas, linguagens de programação e bases de dados paratodososprojectos de engenharia de software. • Linguagens de programação - PHP, Python, e Java. • Sistema de Gestão de Dados - MySQL. • Ferramentas e Recursos - GIT tracking system, DokuWikisystem, jQuery JavaScript library, Eclipse, Xemacs, e VIM. • Hardware e Backups - Todosos websites e bases de dados usamservidores base de hardware Dell e Mac a partir de Toronto ePrinceton. Todososservidoresusam o CentOS Linux. Para servidores web, usam o Apache 2.0 e o Apache Tomcat. Todososbackups (diários, semanais, e mensais) sãofeitos com o Python e RSync e sãoarquivadosemmúltiplaslocalizações, incluindocassetes. • Protecção e Interacção com o Utilizador - Drupal, GMail.

10. tuturial • Utilizadoresemtodo o mundodevemapreciar o facto de que bases de dados sãoalgo a evitar. No entanto, aquiapresentouma base de dados quecientistas, provávelmente, nãoirãoficarchateados de ficarem “presos” porhoras a fio. • BioGRID (Biological General Repository for Interaction Datasets) é um website quecontéminformaçôesúnicassobreinteracçõesbiológicas. • 50 espéciessãorepresentadasna base de dados, quepodemserpesquisadaspelonome do gene, peloidentificador, oupalavra-chave. (Infelizmente, nãoexisteumaopção de procura de “função”, porissopesquisascomo “apoptose”, ou “metabolismo”, retornamsemresultados.) • Para além de simplesmentepesquisarpela base de dados, visitantespodemconstruir e fazer o download de datasets de interacções, utilizar um número de ferramentas online e recursos (comoferramentas de visualização de rede), e tambémver as estatísticas das interacções do site. • Existeaindaumaopção de ajuda wiki, mas mesmo com estaassistênciapodelevaralgum tempo para se familiarizar com tudo o queestáincluídoneste website. http://thebiogrid.org/

11. fim