DNA microarray 를 이용한 유전자 differential expression 정량측정 실험

1. DNA microarray를 이용한 유전자 differential expression정량측정 실험 생명과학 /바이오 융합 연계전공 20050831 한다혜

2. Out line • Abstract • Method & Theory • Central dogma ,DNA 구조, PCR, hybridization • Data & discussion • Result • Reference

3. 실험 개요 High-througtout 방법인 DNA chip을 이용하여 조건에 따라 달리 발현되는 세포 내 유전자상의 DNA조각들을 일정한 간격으로 붙이고 형광물질로 표지 한 유전자 cDNA (RNA) or DNA의 hybridization을 통해 발현 양상을 정량적으로 분석 • 실험 목적

4. 실험방법 DNA Chip 제작 Sample 제작 RNA 추출 Purification Reverse transcription Amino Allyl Labeling Cy3/ Cy5 • DNA 추출 • Primer 설계 • 좋은 primer의조건 • PCR • Electrophoresis • Purification • Elution • chip 제작

5. DNA chip 제작 • DNA 추출과 primer제작 • 병원성 유전자 - S. typ, S. flex, E. coli, V. vul, V.cho, V. par • Primer 설계 - 좋은 primer 의 조건 • 앞/ 뒤 primer의 Tm값 비슷하게 • GC의 함유량은 40~60% • Self complimentary, hetero dimer 생성 방지

7. PCR 1. Denaturation 2. Annealing –Taq Polymerase 3. Elongation

8. Sample 제작 • V. vnl의 RNA 추출 - RNA 다룰 때 유의사항 • Reverse transcription • Amino Allyl Labeling - DNA : Cy3(녹색), RNA : Cy5(붉은색) • Multiplex-PCR

9. Central dogma

10. Hybridization

11. 실험 결과

12. 결과 분석 & 토의 • 발현 양상 • Positive control과 비교 • 2nd line 에서 RNA 발현 • Trouble shooting • Edge drying • Comet • High background

13. 결론 • DNA hybridization을 통해 어떤 균이 실제로 있는지 알 수 있고 RNA (cDNA) hybridization을통해 어떤 gene이 turn on 되었는지도 알 수 있다. Spot의 밝기를 정량적으로 분석한다면 발현의 정도 역시 정량적으로 분석가능하나 이번 실험에서는 다른 spot들과의 비교를 통해 발현의 정도를 알아보았다.

14. Reference • Molecular Biology of The Gene, Watson 외 5명, 4tyh, Benjamin cummings, pp97~111 • The cell, Geoffery M.Cooper 외 1명, 3rd, ASM press, p4, 8 pp29~31, 95~96, 115~116 • 생명과학, 김명원 외 4명, 4th, 라이사이언스, p202,209 pp161~171 • Molecular cloning mannual –DNA Microarray, David Bowtell and Josep sanbrock • Baldi, P. and Hatfield G. W. DNA microarray and Gene Expression, Cambridge University Express, 2002