מיפוי טטרדות לינאריות

1. מיפוי טטרדות לינאריות MI– ההפרדה בין שני האללים נעשית בחלוקה I. MII– ההפרדה נעשתה רק בחלוקה II, לאחר שאירע שיחלוף. R.F.– חישוב המרחק בין הצנטרומר לגן המשוחלף: למה מחלקים ב- 2? משום שמספר הטטרדות MII מייצג את שיעור אירועי המיוזהבהם אירע שיחלוף – וזה לא תואם להגדרת המרחק הגנטי, שהוא שיעור הכרומוסומים הרקומביננטים. בכל אירוע שיחלוף רק 50% מהכרומוסומים שמתקבלים הם רקומביננטים. X 100

2. שאלה לדוגמה: הכלאת neurosproaa x A התבצעה. ניתוח טטרדה לניארית הראה הפרדה בין האללים בחלוקה שנייה, בתדירות של 8%. א. צייר האפשרויות להפרדה בין אללים בחלוקה שנייה. תשובה: ב. מה המרחק בין הגן לצנטרומר? תשובה: ב. 8% מייצגים את מספר הטטראדות הרקומביננטיות חלקי סה"כ הטטראדות הקיימות. לכן כל מה שנשאר לנו הוא להכפיל ב ½, לכן המרחק בין הגן לצנטרומר הינו 4 סנטימורגן.

3. מיפוי טטרדות לא מסודרות מסתכלים על הרכב הכרומוסום ולא על הסדר ab X a+b+ RF=1/2(T+6NPD) X 100 סה"כ צאצאים כמות ה-PD יהיה הגבוה ביותר אחריו ה- TT ואחריו ה-NPD במידה והגנים a ו-b לא נמצאים בתאחיזה PD=NPD וכמות ה-T יהיה תלוי במרחק של הגנים מהצנטרומר

4. שאלה- • בהכלאת השמרים הבאים: AB X ab התקבלו הטטרדות הלא מסודרות הבאות: • AB ,AB ,ab,ab 35 • ab, AB, ab, AB 35 • aB, Ab, Ab, aB 5 • Ab, Ab, aB, aB 5 • AB, Ab, aB, ab 20 • מה המרחק בין הגנים? PD PD NPD NPD TT RF=1/2(T+6NPD) X 100 סה" צאצאים RF=1/2(20+6X(5+5)) RF = 40 m.u X 100 100

5. מרקרים מולקולריים משמשים כלוקוסים בעת ביצוע מיפוי גנטי Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) AACGTCATCG vs. AACGTTATCG Microsatellites (variable # of short repeats) CGCGCG vs. CGCGCGCGCG vs. CGCG Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) SNP leading to a loss/gain of a restriction cut site מיפוי בעזרת מרקרים מולקולריים

6. ~1990

7. בעכברים, האלל הדומיננטי R של הגן "ריסים" אחראי על ריסים שחורים, והאלל r אחראי על ריסים חומים. אתה מעוניין למפות את הגן תוך שימוש ביכולת שלך לפענח, בו זמנית, מספר רצפי SNP(עבור כל עכבר). לפניך הצאצים של הכלאה בין עכברים הטרוזיגוטים ל-R והטרוזיגוטים לסדרה של SNPs עם נקבות בעלות ריסים חומים והומוזיגוטיות לכל אותם SNPs. . P: R/r SNP_A/SNP_a … X r/r SNP_a/SNP_a … F1: R/r SNP_A/SNP_a R/r SNP_a/SNP_a r/r SNP_A/SNP_a r/r SNP_a/SNP_a צאצאים שהתקבלו: ריסים:SNP sequence seen: Black A/a 24%B/b 25% C/c 27% D/d 46% E/e 26% F/f 24% G/g 23% H/h 1% I/i 25% Black a/a 26% b/b 25% c/c 23% d/d 2% e/e 25% f/f 25% g/g 24% h/h 49% i/i 26% Brown A/a 26% B/b 24% C/c 25% D/d 4% E/e 25% F/f 27% G/g 25% H/h 49% I/I 25% Brown a/a 24% b/b 26% c/c 25% d/d 48% e/e 24% f/f 23% g/g 28% h/h 1% i/i 25% Rr Rr rr rr SNP Position of SNP centiMorgan seq. of seq. of Pair SNP is on )In million b.p.) position of SNP variant SNP variant Namechrom. #:on ChromosomeSNP on Chrom.“x”“X” A/a 1 94.7 243 ..agcagctcca.. ..agcagTtcca.. B/b 4 64.5 153 ..gctcgtctta.. ..gAtcgtctta.. C/c 7 10.3 14 ..cacccttttc.. ..cacTcttttc.. D/d 8 49.8 97 ..attaacagca.. ..attCacagca.. E/e 14 25.1 29 ..ctcctgcttc.. ..ctcctgGttc.. F/f 1 98.3 250 ..gatcaaccct.. ..gatTaaccct.. G/g 17 9.8 20 ..gggagcgtac.. ..gggagcCtac.. H/h 8 53.8 105 ..acagaaacag...acTgaaacag.. I/i 4 72.6 168 ..gtcccccgag.. ..gtccTccgag.. א. באיזה כרומוזום נמצא הגן "ריסים"? בכרומוזום 8

8. ב. היכן נמצא הגן "ריסים" במפה הגנטית של העכבר? אחוז הצאצאים הרקומביננטיים בין הגן Rל-SNP-H הוא 2%, על כן, המרחק בין הגן R ל-SNP-H הוא 2 m.u. אחוז הצאצאים הרקומביננטיים בין הגן Rל-SNP-D הוא 6%, על כן, המרחק בין הגן R ל-SNP-H הוא 6 m.u. SNP Position of SNP centiMorgan seq. of seq. of Pair SNP is on )In million b.p.) position of SNP variant SNP variant Namechrom. #:on ChromosomeSNP on Chrom.“x”“X” A/a 1 94.7 243 ..agcagctcca.. ..agcagTtcca.. B/b 4 64.5 153 ..gctcgtctta.. ..gAtcgtctta.. C/c 7 10.3 14 ..cacccttttc.. ..cacTcttttc.. D/d 8 49.8 97 ..attaacagca.. ..attCacagca.. E/e 14 25.1 29 ..ctcctgcttc.. ..ctcctgGttc.. F/f 1 98.3 250 ..gatcaaccct.. ..gatTaaccct.. G/g 17 9.8 20 ..gggagcgtac.. ..gggagcCtac.. H/h 8 53.8 105 ..acagaaacag...acTgaaacag.. I/i 4 72.6 168 ..gtcccccgag.. ..gtccTccgag.. ג. היכן נמצא הגן "ריסים" במפה הפיזית של העכבר? עד כמה המיפוי שביצעת מדוייק? 97 SNP_D 103 RISIM 105 SNP_H 49.8 SNP_D ? RISIM 53.8 SNP_H