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Biology 201. Why BondPlus?. What is the BondPlus. BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq. GenSeq: 专利序列数据库 收集来自全球 41 个国家与机构的专利序列。 统一用英文重新撰写专利描述性的标题,评述。 手工收集专利中所涉及的序列信息 每周更新两次 回溯至 1981 年 可进行序列 Blast 查询相关专利信息. BondPlus 的 GenSeq 收集了来自 41 个国家 / 组织的 2000 多万个专利核酸 / 蛋白序列
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What is the BondPlus BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq • GenSeq: 专利序列数据库 • 收集来自全球41个国家与机构的专利序列。 • 统一用英文重新撰写专利描述性的标题,评述。 • 手工收集专利中所涉及的序列信息 • 每周更新两次 • 回溯至1981年 • 可进行序列Blast查询相关专利信息
BondPlus的GenSeq收集了来自41个国家/组织的2000多万个专利核酸/蛋白序列 • NCBI中收录只收录了来自3个国家/组织的600多万条专利核酸/多肽序列。 • 公共数据库很难查全有关核酸/多肽序列的专利。 • 一方面为序列知识产权策略的制定造成困扰 • 另一方面,在研发上有可能忽略一些重要的信息。 • 这也是为什么NCBI建议如果是做专利序列的全面检索,要检索更专业的数据库,比如:GENSEQ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercises/infohubs_qa_patents_only.html)
NCBI站点 建议进行全面的专利序列检索要用更专业的数据库,比如GenSeq • USPTO have a license for up to 100 users • JPO presently have a license for 135 users • EPO have a license for up to 50 users.
Enbrel(通用名Etanercept): 蛋白药,作用机制:肿瘤坏死因子拮抗剂 由Immenex/Amgen 公司生产,由人的肿瘤坏死因子(TNF, Tumor necrosis factor) 膜外受体部分和人的免疫球蛋白(IgG1)的Fc部分融合 (TNFR:Fc) 而成。在哺乳动物细胞中合成。 国内仿制厂商:益赛普,生产厂商:上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq返回专利检索结果 打开下拉菜单,对结果进行过滤 只筛选多肽/蛋白序列
过滤得结果: Amgen
该专利涉及到4个具体序列: TNF受体2;人免疫球蛋白IgG1;人免疫球蛋般IgG1变体;融合蛋白
该专利涉及到的4个具体序列之一:融合蛋白 467AA (其他三个是TNF受体2;人免疫球蛋白IgG1;人免疫球蛋般IgG1变体)
与该融合序列有相似性的1500多个专利序列、公共序列与该融合序列有相似性的1500多个专利序列、公共序列
Enbrel(通用名Etanercept): 蛋白药,作用机制:肿瘤坏死因子拮抗剂 由Immenex/Amgen 公司生产,由人的肿瘤坏死因子(TNF, Tumor necrosis factor) 膜外受体部分和人的免疫球蛋白(IgG1)的Fc部分融合 (TNFR:Fc) 而成。在哺乳动物细胞中合成。 国内仿制厂商:益赛普,生产厂商:上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq返回专利检索结果:448个专利序列
Blast this sequence 该专利涉及到的4个具体序列之一:融合蛋白 467AA (其他三个是TNF受体2;人免疫球蛋白IgG1;人免疫球蛋般IgG1变体)
Blast this sequence: 序列自动跳到检索区
风湿性关节炎发病机理: 肿瘤坏死因子α(TNF-α)
Enbrel(通用名Etanercept): 蛋白药,作用机制:肿瘤坏死因子拮抗剂 由Immenex/Amgen 公司生产,由人的肿瘤坏死因子(TNF, Tumor necrosis factor) 膜外受体部分和人的免疫球蛋白(IgG1)的Fc部分融合 (TNFR:Fc) 而成。在哺乳动物细胞中合成。 国内仿制厂商:益赛普,生产厂商:上海中信国建 enbrel or etanercept GenSeq返回专利检索结果 Enbrel相互作用数据
同义词 同义词
风湿性关节炎发病机理: 肿瘤坏死因子α(TNF-α)
DIF or TNF or TNFA or TNFSF2 or OTTHUMP00000037669 过滤:与小分子相互作用;蛋白-蛋白相互作用等
What is the BondPlus BondPlus = Public Sequences Data + BindPlus + GenSeq BindPlus: 分子间相互作用数据库 生物分子间的相互作用(如:蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-多糖之间的相互作用)具有高度的专一性、目的性和有效性,是生命活动的基础。 分析这些相互作用,对于了解生物分子的结构特征和功能具有重要的意义。 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开发提供重要的理论基础。
BondPlus的GenSeq收集了来自41个国家/组织的2000多万个专利核酸/蛋白序列 • NCBI中收录只收录了来自3个国家/组织的600多万条专利核酸/多肽序列。 • 公共数据库很难查全有关核酸/多肽序列的专利。 • 一方面为序列知识产权策略的制定造成困扰 • 另一方面,在研发上有可能忽略一些重要的信息。 • 这也是为什么NCBI建议如果是做专利序列的全面检索,要检索更专业的数据库,比如:GENSEQ (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/NAWBIS/Modules/InfoHubs/Exercises/infohubs_qa_patents_only.html) • 生物分子间的相互作用具有高度的专一性、目的性和有效性,是生命活动的基础。分析这些相互作用: • 对于了解生物分子的结构特征和功能具有重要的意义。 • 同时为研究重大疾病的机理、疾病治疗、疾病预防和新药开发提供重要的理论基础。 • BondPlus中除了GENESEQ的专利序列数据;BIND的分子相互作用数据外;还有第三部分数据组成,即来自Genbank等公共数据库中的序列信息。这样可以很方便的将申请专利的序列与公共数据库中的序列进行Blast比较。了解申请专利的序列的特殊的地方。