1 / 75

Medische Microbiologie

Medische Microbiologie. Studietaak 1: De prokaryote cel: H4 (Bacteria; archaebacteria niet). Wat is medische microbiologie?. KLASSIEK: Pati ë nt  arts  lichamelijk onderzoek  klinische diagnose Monster-afname Juiste monster (bloed, urine, pus, faeces, liquor)

vandana
Download Presentation

Medische Microbiologie

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Medische Microbiologie Studietaak 1: De prokaryote cel: H4 (Bacteria; archaebacteria niet)

  2. Wat is medische microbiologie? KLASSIEK: • Patiënt  arts  lichamelijk onderzoek  klinische diagnose • Monster-afname • Juiste monster (bloed, urine, pus, faeces, liquor) • Juiste afname, labeling, transport/opslag • Microscopisch onderzoek • gekleurd/ongekleurd (bijv. Gram-preparaat) • Kweek en reinkweek • op voedingsbodems • in voedingsmedia • identificatie m.b.v. biochemische en/of serologische testen • Gevoeligheid voor antibiotica • Diffusiemethoden, breekpunten/MIC MOLECULAIR: • Serologische diagnostiek: meting specifieke antistoffen • DNA-technologie

  3. Eukaryoten • Groter, 2-20 µm • Gepaarde chromosomen • Kernmembraan • Histonen • Organellen • Ribosomen 80S (muv mito: 70S) • Evt. polysacharide celwand • Mitose Prokaryoten • Klein, < 2 µm • 1 circulair chromosoom • Geen kernmembraan • Geen histonen • Geen organellen • Ribosomen 70S • Peptidoglycaan- celwand • Binaire deling

  4. Gemiddelde grootte: 0,2 –1,0 µm  2 - 8 µm • Basisvormen: zie boek!

  5. Geen leerstof • Bijzondere vormen • Stervormige Stella • Rechthoekige Haloarcula • Meeste bacteriesoorten zijn monomorf (één vorm) • Sommigen zijn pleomorf (meerdere vormen) Figure 4.5

  6. Rangschikkingen • Paren: diplococci, diplobacilli • Clusters: staphylococci • Ketens: streptococci, streptobacilli

  7. Bouw van bacteriën • Celmembraan • Celwand • Flagellen/fimbriae/pili • Kernmateriaal • Endporen • Een of twee membranen • Slijmlaag/kapsel Figure 4.6a, b

  8. Celwand • Voorkomt osmotische lysis • Is bij bacteriën gemaakt van peptidoglycaan Figure 4.6a, b

  9. Peptidoglycaan • Polymeer van een disacharide dat is opgebouwd uitN-acetylglucosamine (NAG) en N-acetylmuraminezuur (NAM) • Verbonden door polypeptiden Figure 4.13a

  10. G+ celwand G- celwand • Dunne peptidoglycaanlaag • Geen teichoïnezuren • Buitenmembraan • LPS (endotoxine) • Dikke peptidoglycaanlaag • Teichoïnezuren • Mycolinezuur*) • Geen LPS *): Bij zuurvaste cellen

  11. Gram-positieve celwanden • Teichoïnezuren: • Lipoteichoïnezuur verbindt met plasmamembraan • Wand-teichoïnezuur verbindt met peptidoglycaan • Teichoïnezuren reguleren mogelijk de beweging van kationen • Polysachariden zorgen voor antigene variatie Figure 4.13b

  12. Gram-negatieve buitenmembraan • Lipopolysachariden (LPS), lipoproteïnen, fosfolipiden • Omsluit het periplasma • Beschermt tegen fagocyten, complement, antibiotica • LPS: • Polysacharide-deel: antigeen; bv. onderscheiding van E. coli O157:H7 • Lipo-deel: lipide A, is een endotoxine • Porines (eiwitten) vormen kanalen door de membraan

  13. Differentiatiekleuringen • Onderscheid in bacteriën maken op basis van kleuring (microscoop) • Gram-kleuring en Ziehl-Neelsen-kleuring (zuurvaste kleuring) Deze komen uit HOOFDSTUK 3!! (laatste paar pagina’s)

  14. Mechanisme Gramkleuring • Er vormen zich kristalviolet-jodium (KV-I) kristallen in het cytoplasma • Gram-positieve cel: • Alcohol dehydrateert het peptidoglycaan • KV-I kristallen blijven in de cel • Gram-negatieve cel: • Alcohol lost buitenmembraan op en maakt gaten in peptidoglycaan • KV-I wordt weggespoeld

  15. Gram Stain

  16. Zuurvaste kleuring (Ziehl-Neelsen) • Cellen met mycolinezuur in hun celwand houden kleuring vast bij behandeling met zure alcohol: zuurvaste cellen • Mycobacterium tuberculosis, M. leprae, Nocardia, sommige Corynebacteriën • Niet-zuurvaste cellen verliezen de kleuring als ze gespoeld worden met zure alcohol en worden meestal tegengekleurd • Geassocieerde flora, ont- stekingscellen Figure 3.11

  17. Speciale kleuringen • Negatieve kleuring bruikbaar voor kapsels • Verhitting nodig om endosporen te kunnen kleuren • Voor het kleuren van flagellen is een fixatief (mordant) nodig dat ze dik genoeg maakt om ze te kunnen zien Figure 3.12a-c

  18. Medische Microbiologie Studietaak 1: De groei en het kweken van micro-organismen H6

  19. Microbiële groei • Groei: toename aantal cellen (niet celgrootte!) • Benodigdheden/belangrijk: • Minimum, optimum, maximum kweektemperatuur • pH tussen 6,5 en 7,5 (m.u.v. alkalofiel, acidofiel) • Water (in lab: demiwater / milliQ) • Osmotische druk (m.n. bij halofiel, facultatief halofiel) • Koolstof, stikstof, zwavel, fosfor, spoorelementen, groeifactoren

  20. THE REQUIREMENTS FOR GROWTH PHYSICAL REQUIREMENTS

  21. TEMPERATURE

  22. Psychrotrofen: • Groeien tussen 0°C en 20-30°C • Veroorzaken voedselbederf • Mesofielen: • Optimum groeitemperatuur 25-40°C • Meest voorkomende type, waaronder de meeste pathogene - en voedselbedervende m.o. • Micro-organismen die zich hebben aangepast aan het leven in een dierlijke gastheer: optimum temperatuur dichtbij die van gastheer • Veel pathogene bacteriën: optimum temperatuur 37°C

  23. Geen leerstof • Hyperthermofielen: • Optimum temperatuur boven de 80°C • Archaea • Hete bronnen rond vulkanische activiteit • Meestal zwavel nodig voor metabolisme • Interessant voor de biotechnologie, als bron van hittebestendige enzymen Pyrococcus furiosus

  24. pH

  25. De meeste bacteriën groeien bij neutrale pH (6,5-7,5) • Fungi groeien bij zure pH (5-6) • Acidofiele bacteriën groeien in zure milieus • Kweken van bacteriën in het lab: uitscheiding van zuren (anaeroob katabolisme!) die de groei uiteindelijk gaan remmen  medium bufferen; mogelijke buffers: • In veel media zit pepton of aminozuren (als N-bron en als az-bron); deze bufferen • In veel media zitten fosfaat-zouten (als P-bron); deze bufferen, met name in het neutrale pH-gebied

  26. OSMOTIC PRESSURE

  27. Hypertone omgeving: plasmolyse • Conservering voeding via extra suiker of zout • Max. % agar in vaste media (anders te grote osmotische druk) • Hypotone omgeving (bv. demiwater): water de cel in, maar celwand behoedt cel meestal tegen lysis Figure 6.4

  28. Geen leerstof Extremofielen • Bij de extremofielen die we tot nu toe gezien hebben (temperatuur, zout, zuur) gaat het vaak om Archaebacteriën (Archaea)

  29. THE REQUIREMENTS FOR GROWTH CHEMICAL REQUIREMENTS

  30. CARBON (Koolstof) • Als basis voor alle biomoleculen en als energiebron (covalente bindingen tussen C-atomen) • Chemoheterotrofen gebruiken organische stoffen (biomoleculen) als C- en energiebron • Autotrofen gebruiken CO2 als C-bron

  31. NITROGEN, SULFUR, PHOSPHORUS, TRACE ELEMENTS • Stikstof: Nodig voor alle aminozuren, eiwitten • N-bron: • Meeste bacteriën breken eiwitten af • Sommige bacteriën gebruiken NH4+ of NO3 • Enkele bacteriën gebruiken N2 (stikstoffixatie) • Zwavel: nodig voor bepaalde aminozuren, thiamine, biotine • S-bron: • Meeste bacteriën breken eiwitten af • Sommige bacteriën gebruiken SO42 of H2S • Fosfor: Nodig voor DNA, RNA, ATP en membranen • P-bron: fosfaat • Spore-elementen: kleine hoeveelheden anorganische elementen, meestal enzym-cofactoren

  32. OXYGEN

  33. Zuurstof is essentieel voor het leven op aarde, maar het is in feite een giftig gas • Op de oer-aarde was er zeer weinig zuurstof en waarschijnlijk was er zelfs geen leven ontstaan als er (veel) zuurstof aanwezig was geweest • Levensvormen met aerobe respiratie hebben zuurstof nodig voor hun katabolisme, waarbij zuurstof wordt omgezet in ……: • Reultaat: veel ATP en neutralisatie van een potentieel giftig gas (win-win situatie! )

  34. Naamgeving zuurstofbehoefte • Obligaat aeroben: • Hebben zuurstof nodig om te leven (aerobe respiratie) • Zonder zuurstof gaan ze dood • Facultatief anaeroben: • Gebruiken zuurstof, maar kunnen ook zonder (switchen tussen aerobe respiratie (veel ATP) en fermentatie (weinig ATP)) • Obligaat anaeroben: • Gebruiken geen zuurstof en kunnen er meestal ook niet tegen • Meesten: alleen fermentatie (incl. glycolyse) ; bep. soorten in staat tot anaerobe respiratie = respiratie met alternatieve elektronenacceptor

  35. Obligaat (strikt) aeroob: • Vrijwel alle dieren (op organisme-niveau!), de meeste schimmels, verschillende bacteriën (bv. Pseudomonas aeruginosa, Mycobacterium tuberculosis) • Strikt aerobe micro-organismen kennen geen fermentatie • Dieren zijn strikt aeroob omdat ze het op organisme-niveau niet lang uithouden zonder zuurstof (te weinig ATP) • Veel ‘oxidatieve stress’ = giftige effect zuurstof, dus goed verdedigingsmechamisme tegen zuurstof nodig (zie later)

  36. Facultatief anaeroben: • Hebben verdedigingsmechanisme tegen toxisch effect zuurstof • Groeien uiteraard beter met zuurstof dan zonder • Veel bacteriën (bv. Escherichia coli, Bacillus anthracis, Salmonella, bep. Lactobacilli)en veel gisten en bv. ook dierlijke cellen • Obligaat (strikt) anaeroben: • Zijn geen zuurstof gewend • Hebben daarom geen verdedigingsmechanisme tegen het toxische effect van zuurstof • Voorbeelden obligaat anaeroben met fermentatie: bep. Lactobacilli en andere darmflora-bacteriën, Clostridium botulinum, Clostridium tetani • Voorbeelden obligaat anaeroben met alternatieve elektronenacceptor (= anaerobe respiratie): methaanproduceerders (‘methanogenen’) in moerassen, spijsverteringsstelsel van herkauwers, anaerobe rioolwaterzuivering

  37. Giftige vormen van zuurstof • Superoxide vrije radicalen: O2 • In kleine hoeveelheden gevormd tijdens aerobe respiratie, maar ook bij obligaat anaeroben • Zeer toxisch • Alle organismen die groeien in aanwezigheid O2 maken deze vorm van zuurstof onschadelijk via: Deze formule klopt niet, maar hij zit op deze manier in de ppt (gemaakt door de auteur) en ik kan deze niet aanpassen: zie boek voor correcte formule

  38. Peroxide anion: O22 • Bevindt zich in de H2O2 uit de SOD-reactie • Giftig, dus: verder verwerkt via een van deze reacties (meestal katalase) : De onderste formule klopt niet, maar hij zit op deze manier in de ppt (gemaakt door de auteur) en ik kan deze niet aanpassen: zie boek voor correcte formule

  39. Obligaat aeroben en facultatief anaeroben: • SOD en katalase/peroxidase ontgiften • Obligaat anaeroben: • Geen ontgiftende enzymen • Aerotolerante anaeroben: • Wel SOD, geen katalase/peroxidase • Gedeeltelijke ontgifting • Microaerofielen: • Waarschijnlijk geen ontgiftende enzymen, maar wel zuurstof nodig • Zuurstof niet giftig bij lage concentraties

  40. Kies uit: Aerotolerante anaeroben, facultatief anaeroben, microaerofielen, obligaat aeroben, obligaat anaeroben

  41. ORGANIC GROWTH FACTORS • Essentiële verbindingen • Biomoleculen die het organisme zelf niet kan maken • Om welke biomoleculen het precies gaat, is afhankelijk van de betreffende bacteriesoort: veel bacteriën kunnen alle of de meeste biomoleculen zelf maken • Vitamines, aminozuren, purines, pyrimidines

  42. THE REQUIREMENTS FOR GROWTH CULTURE MEDIA

  43. Definities • Definities: • (Kweek)medium: Mengsel van voedingsstoffen voor groei van micro-organisme(n) • Steriel: Geen levende m.o. aanwezig • Inoculum: Aan (kweek)medium toegevoegde m.o. • Enten: het toevoegen van het inoculum • Kweek of culture: M.o. in of op een (kweek)medium • Meestal van te voren samengesteld door commerciële leveranciers: ‘just add water’ en steriliseren

  44. Agar • Complex polysacharide uit zeewier • Gebruikt voor de bereiding van vaste media: voedingsbodems, schuine agars e.d. • De meeste m.o. kunnen agar niet verteren • Wordt vloeibaar bij 100°C • Wordt weer hard bij ~40°C

  45. Soorten media • Chemisch gedefinieerde media: • Exacte chemische samenstelling is bekend • Lastig te maken en langzame groei: alleen speciale toep. • Complexe media

  46. Complexe media • Extracten, bv. van gist of vlees (vandaar dat nog vaak de term ‘bouillon’ wordt gebruikt; dateert uit de tijd van Pasteur) en • Peptonen • Korte, wateroplosbare peptiden, onstaan uit zure hydrolyse of enzymatische digestie van een eiwitbron (bv. soja, melk, ….) • Meest gebruikt voor het kweken in het lab • Voornaamste ingrediënt zijn eiwitten: energiebron, C-bron, N-bron, S-bron • Vitaminen en andere organische groeifactoren meestal via vlees- of gist-extract (= daarnaast ook extra C- en N-bron) • Bij anaeroob kweken MOET ook een suiker (meestal glucose) worden toegevoegd voor de energie!

  47. Gedefinieerd vs. complex medium Table 6.2 & 6.4

  48. Anaeroob kweken • Vloeibaar: • Reducerende media • Bevatten stoffen (thioglycolaat of oxyrase) die een verbinding aangaan met O2 • Vlak van te voren verhitten om gebonden O2 te verdrijven • Voedingsbodems: • Anaerobe vaten: zie volgende dia • Oxyrase/OxyPlate • Enzym oxyrase zet O2 om in H2O • Enzym in voedingsbodem: hele plaat wordt een anaerobe ‘kamer’: de OxyPlate • Geen speciale apparatuur nodig

  49. Anaeroob vat • Zakje met natriumbicarbonaat en natriumborohydride bevochtigen • Er onstaat H2 en CO2 • Palladium combineert H2 met O2 ( H2O) Figure 6.5

  50. Speciale kweekmethoden • Bij m.o.’s die niet op of in media groeien: speciale kweektechnieken nodig, zoals • Proefdieren • Celkweek • Veel m.o.’s groeien slechts bij 5-15% CO2 Figure 6.6

More Related