1 / 33

Poszukiwanie markerów molekularnych pomocnych w klonowaniu genów płci u ogórka ( Cucumis sativus L.)

Poszukiwanie markerów molekularnych pomocnych w klonowaniu genów płci u ogórka ( Cucumis sativus L.). mgr inż. Rafał Wóycicki prof. dr hab. Zbigniew Przybecki. CROPNET, Poznań, 17-18.04.2005 r. Czynniki genetyczne determinujące płeć u ogórka ( Cucumis sativus L.). Materiał roślinny.

tevy
Download Presentation

Poszukiwanie markerów molekularnych pomocnych w klonowaniu genów płci u ogórka ( Cucumis sativus L.)

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Poszukiwanie markerów molekularnych pomocnych w klonowaniu genów płci u ogórka (Cucumis sativus L.) mgr inż. Rafał Wóycicki prof. dr hab. Zbigniew Przybecki CROPNET, Poznań, 17-18.04.2005 r.

  2. Czynniki genetyczne determinujące płeć u ogórka (Cucumis sativus L.)

  3. Materiał roślinny 2gg – genotyp MM/ff/gygy x B10 – genotyp MM/ff/GyGy F1 - samozapylenie Pokolenie segregujące F2: 30, 88 oraz 506 osobników

  4. RAPD 227 starterów Rozdział elektroforetyczny (1,5% żel agarozowy) i nie tylko... Polaroid, Biometra BioDoc II Test zgodności χ2 JoinMap v. 1.4 MapChart v. 2.1 Gel-Pro Analyzer™ v. 3.1 Metody

  5. Wyniki analizy mieszańców 2gg x B10 • Identyfikacja grupy sprzężeń zawierającej trzy loci: gygy, cucu05, cucu06 (LOD>2,00) • Sprzężenie markera cucu05 z allelem gy wynoszące 15,8% rekombinacji

  6. Prążek cucu03 Całkowite sprzężenie z recesywnym allelem genu gy LOD=1,4590 700 pz 2gg B10

  7. Prążek cucu03 Obecność u wszystkich osobników żeńskich oraz u 2/3 roślin jednopiennych (stosunek 1:2:1) wartości oczekiwane: 7,5 : 15 : 7,5 wartości obserwowane 10 : 13 : 7 χ2(0,05;2) = 5,9916 χ2emp. = 1,133(3)

  8. Pomiar densytometryczny intensywności prążka cucu03 J Ż J Ż J Ż Ż J Ż

  9. Pomiar densytometryczny intensywności prążka cucu03 wartości oczekiwane 7,5 : 15 : 7,5 wartości obserwowane 9 : 14 : 7 χ2 (0,05;2) = 5,9916 χ2 emp. = 0,4

  10. Wyniki analizy mieszańców 2gg x B10 po uwzględnieniu kodominacji prążka cucu03 Całkowite sprzężenie z recesywnym allelem genu gy LOD=7,6673

  11. Wyniki analizy mieszańców 2gg x B10 po uwzględnieniu kodominacji prążka cucu03 • Identyfikacja grupy sprzężeń zawierającej cztery loci: gygy, cucu03, cucu05, cucu06 (LOD>2,00) • Marker cucu03 zmapowany w tej samej pozycji co recesywny allel gy

  12. Sprawdzenie powtarzalności otrzymanych wyników Przeanalizowanie 88 pojedynków F2 krzyżówki 2gg x B10, z nowej populacji liczącej 594 osobniki, starterem RAPD generującym marker cucu03. Stwierdzenie pełnej kosegregacji dominującego prążka RAPD z fenotypem – potwierdzenie wyników wcześniejszej pracy.

  13. RAPD (624 osobników) Przeanalizowanie reszty populacji F2 krzyżówki 2gg x B10 (506 osobników) starterem RAPD generującym marker cucu03. Pełna kosegregacja dominującego prążka RAPD z fenotypem.

  14. Segregacja markera cucu03 χ2 (0,05;1)= 3,8415 χ2 (0,05;2)= 5,9916

  15. Mapa genetyczna LOD>3 (>13)

  16. 2gg F1 B10 Izolacja produktów amplifikacji startera RAPD cucu01 cucu02 cucu03 cucu04 ok. 930 pz ok. 900 pz ok. 830 pz ok. 700 pz

  17. cucu01 – 34 klony (2a-e, 8a-af) cucu02 – 34 klony (3a-e, 9a-j, 9a’-t’) cucu03 – 32 klony (1a-e, 6a-g, 7a-u) PCR ze starterem RAPD Cięcie EcoRI Analiza długości otrzymanych fragmentów Wyizolowane klony i ich analiza i wybór klonów do sekwencjonowania cucu01 - 8d, 8f, 8h, 8x, 8n, 2d oraz 8w i 8c (cucu04) cucu02 -9a, 9b, 3b cucu03 - 7n, 7p, 7i, 7o, 7t, 7u, 1e, 6c, 6g

  18. Wyniki analizy sekwencji Unikalne grupy klonów cucu01 Unikalne grupy klonów cucu02 Unikalne grupy klonów cucu03 Unikalne grupy klonów cucu04

  19. Wyniki analizy sekwencji Stwierdzenie występowania homologii sekwencji pomiędzy klonem cucu03_7p a cucu04_8w z trzema regionami niehomologicznymi (263 pz) w sekwencji cucu03_7poraz trzema dla sekwencji cucu04_8w (365 pz).

  20. Startery SCAR Zaprojektowanie po jednej parze starterów SCAR do następujących sekwencji klonów: cucu03_7p - cucu03_7p_01 cucu0304_7p8w – cucu0304_7p8w_01 cucu03_6g - cucu03_6g_01 cucu03_1e - cucu03_1e_01 cucu03_7o - cucu03_7o_01

  21. Polimorfizm zaprojektowanych starterów cucu03_7p_01 cucu0304_7p8w_01

  22. Startery SCAR cucu0304_7p8w_01 Przeanalizowano 88 osobników pokolenia F2 krzyżówki 2gg x B10, starterami SCAR cucu0304_7p8w_01 i stwierdzono istnienie silnego sprzężenia pomiędzy produktami amplifikacji a fenotypem. Rozkład prążków kosegregował z płcią oraz z markerem cucu03.

  23. Startery SCAR cucu0304_7p8w_01 Analiza pozostałych osobników w populacji (506 osobników) starterami SCAR cucu0304_7p8w_01. Stwierdzenie obecności 23 rekombinantów w populacji F2 (594 osobników).

  24. Segregacja prążków cucu0304_7p8w_01 χ2 (0,05;1)= 3,8415 χ2 (0,05;2)= 5,9916

  25. RAPD (594 osobników) : żeńskie z prążkiem – 138 jednopienne z prążkiem – 307 jednopienne bez prążka – 149 SCAR (594 osobników) : żeńskie z dolnym prążkiem – 128 żeńskie z obydwoma prążkami – 10 jednopienne z obydwoma prążkami – 305 jednopienne z dolnym prążkiem – 13 jednopienne z górnym prążkiem – 138 Rekombinanty czy inna sekwencja ? 11 dodatkowych prążków u osobników jednopiennych

  26. RAPD SCAR RAPD & polyakrylamid 1500 1500 1000 1500 1000 1000 700 700 700 2gg F1 B10 2gg F1 B10 2gg F1 B10

  27. Wizualizacja reakcji RAPD na żelu polyakrylamidowy, analizującej osobniki jednopienne, u których nie był wcześniej widoczny marker cucu03, z użyciem starterów generujących ten marker. 700bp Sekwencjonowanie w toku

  28. Mapa genetyczna LOD>3 (>13)

  29. Połączone mapy LOD>2

  30. Dziękuję za uwagę

More Related