O GBIF visto pelo fornecedor de dados - Domínio Microbiano -

1. O GBIF visto pelo fornecedor de dados - Domínio Microbiano - Isabel M. Santos & Nelson Lima Micoteca da Universidade do Minho Centro de Engenharia Biológica Braga - Portugal

2. Facultar Acessibilidade a esses dados à escala global Objectivos do GBIF • Promover • Compilação • Padronização • Digitalização Dados sobre aBIODIVERSIDADE Registos de observações geográficas e ecológicas (in situ) Referentes a Espécimens em colecções de história natural / herbários (...)

3. Estirpes Cultura activa Estado mais ou menos dormente Colecções de microrganismos Conceito de Estirpe ≠ Conceito de Espécimen Organismo vivo conservado numa colecção Implicações ao nível de procedimentos curatoriais e de gestão

4. Informação associada Taxonomia Origem Propriedades Atributos particulares Colecções de microrganismos • Várias estirpes da mesma espécie Penicillim expansum Link MUM 99.19 Penicillim expansum Link MUM 99.23 Penicillim expansum Link MUM 04.04 (…) • O grosso do volume de dados coligido e armazenado dizem respeito à estirpe • Os dados referentes à espécie representam uma fracção menor da totalidade da informação

5. Armazenamento de dados Registo em suporte de papel Folha Excel Base de dados em Microsoft Access Sistema Gestor de Bases de Dados Colecções de microrganismos • Disseminação de dados • Catálogo em papel • Catálogo electrónico • Ligação em rede (WDCM, BioCISE) • Adesão a outras iniciativas (MINE, CABRI)

6. O caso da Micoteca da Universidade do Minho A MUM foi criada institucionalmente na UM em 1996 Missão: Desenvolver uma colecção de fungos filamentosos com o objectivo principal de manter e fornecer estirpes para a investigação em biotecnologia e para laboratórios de ensino, actuando também como um centro de conhecimento, informação e formação, em articulação com outras colecções de culturas de Portugal.

7. Sistema informático Gestão de dados Gestão de stocks Disseminação da informação Conservação de fungos Política de aquisição/Critérios de aceitação Documentos Dados Depósito confidencial Formação Consultoria Distribuição O caso da Micoteca da Universidade do Minho Adopção de procedimentos curatoriais e experimentais rigorosos e bem documentadosobedecendo a padrões de qualidadereconhecidos. Obter reconhecimento como um BRC e consequente integração em sistemas de informação internacionais

8. Normas e recomendações WFCC Guidelines for the establishment and operation of collections of cultures of microorganisms Gams et al. (1988) Structuring strain data for storage and retrieval of information of fungi and yeasts in MINE, the Microbial Information Network Europe NPEN 1619 (1999) Biotecnologia – Processos e produção em grande escala. Requisitos para a gestão e organização dos procedimentos para conservação de estirpes CABRI(Common Access to Biological Resources and Information) guidelines OECD (2003) Guidance for the operation of biological resource centres: general requirements for all BRCs OECD(2003)Guidance for the operation of biological resource centres: mandatory guidance for micro-organism domain BRCs OECD(2003)Minimum Data Set (MDS) for describing BRCs and the domain of microbes

9. Procedimentos de documentação e gestão da informação

10. Critérios admissão Informar depositante Pedido de depósito de estirpe Rejeição estirpe Política aquisição Quarentena Verificação Estado sanitário Autenticidade Pureza Pedir novo material Não Recepção estirpe Número de ordem MDS Número único e não reutilizável Procedimentos na recepção de culturas Formulário admissão Estirpe aceite Aviso de recepção Nº MUM

11. Nº MUM 2 técnicas FD / -80 ºC 1. Comunicar Nº MUM 2. Enviar formulário para verificação pelo depositante Viabilidade & Pureza Conservação Não Controlo periódico de qualidade Armazenamento Todos os procedimentos e operações efectuadas sobre as culturas são devidamente registados e documentados Inserção de dados na BD Procedimentos na conservação de estirpes Banco colecção Banco trabalho (NP EN 1619)

12. Documentos padronizados - 1

13. Documentos padronizados - 2

14. Formulário de Admissão de Culturas(Mod. A1.1)

15. Formulário de Admissão de Culturas(Mod. A1.1)

16. Internal validations: Unique MUM Nº Unique lot Nº Estrutura geral da base de dados BD implementada Microsoft SQL Server 2000 Aplicação de gestão e relatórios implementados para ambiente web Level 1 E/C L,R,C,P Level 2 E/C L,R Level 3 E/C L Level 4 C L MDS Type of record L,R,C,P Electronic catalogue www.micoteca.deb.uminho.pt min. stock Shelf-life Nº units ≤ min. stock Storage ≥ Shelf-life User/date creation User/date last alteration

17. Estrutura dos campos de informação Registo de estirpes Campos agrupados por temas • Identificação • Estatuto • Imagem • Administração da estirpe • Proveniência/ História • Interacções Biológicas • Sexualidade • Genótipo e genética • Condições de crescimento • Propriedades e aplicações • Bibliografia conjunto mínimo dados MINE/ CABRI

18. Registo de estirpes Identificação Imagem • Nome da espécie • Sinónimos • Estado alternativo • Nomes incorrectos • Referências (taxonomia) • Observações (taxonomia) Estatuto • Estatuto nomenclatural da estirpe: tipo, neotipo, ...

19. Registo de estirpes Administração da estirpe Proveniência/ História • Número • Número noutras colecções • Data de entrada na colecção • Data de recepção • Nº de ordem • Autenticidade • Restrições • Categoria • Tipo de depósito (L, R, C, P, ...) • Forma de envio • Substrato/ hospedeiro • Origem geográfica • Recolhido por • Isolado por • Método de isolamento • Identificado por • Depositante • Herbário • História • Nomes prévios

20. Conservação Registo de estirpes Gestão dos lotes Relatórios Pesquisas Relatório de envio Imagem Número MUM Nome da espécie ... Novo Ficheiro pdf Impressora Ficheiro de imagem Saídas Métodos de conservação Utilização da Base de Dados

21. Consulta externa da Base de Dados Catálogo electrónico Por nome da espécie Por número da estirpe http://www.micoteca.deb.uminho.pt WDCM (http://wdcm.nig.ac.jp) BioCISE (http://bgbm3.bgbm.fu-berlin.de/biocise)

23. Guia CABRI para produção de catálogo Conjunto de dados mínimo (Bactérias e Archaea)

24. Guia CABRI para produção de catálogo Conjunto de dados mínimo (Fungos)

25. Guia CABRI para produção de catálogo Padronização dos dados http://cabri.org