1 / 12

Задача построения множественного выравнивания

Задача построения множественного выравнивания. Последовательности в Fasta формате (вход). >sw|P04252|BAHG-VITST Bacterial hemoglobin. MLDQQTINIIKATVPVLKEHGVTITTTFYKNLF >sw|Q8UUR3|CYGB1-DANRE Cytoglobin-1. MEGDGGVQLTQSPDSLTEEDVCVIQDTWKPVYAERDNA GVAVLVRFFTNFPSAKQ

soleil
Download Presentation

Задача построения множественного выравнивания

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Задача построения множественного выравнивания

  2. Последовательности в Fasta формате (вход) >sw|P04252|BAHG-VITST Bacterial hemoglobin. MLDQQTINIIKATVPVLKEHGVTITTTFYKNLF >sw|Q8UUR3|CYGB1-DANRE Cytoglobin-1. MEGDGGVQLTQSPDSLTEEDVCVIQDTWKPVYAERDNA GVAVLVRFFTNFPSAKQ >sw|Q575T0|CYGB1-ORYLA Cytoglobin-1. MERKQGEVDHLERSRPLTDKERVMIQDSWAKVYQNCDD AGVAILVRLFVNFPSSKQY >sw|Q575S8|CYGB2-DANRE Cytoglobin-2. MEKEREDEETEGRERPEPLTDVERGIIKDTWARVYASC EDVGVTILIRFFVNFPSAKQY

  3. Выравнивание (выход) ----------------MLDQQTINIIKAT-VPVLKEH---GVTITTTFYKNL------F ---MEGDGGVQLTQSPDSLTEEDVCVIQDTWKPVYAERDNAGVAVLVRFFTNFPSAKQY --MERKQGEVDHLERSRPLTDKERVMIQDSWAKVYQNCDDAGVAILVRLFVNFPSSKQY MEKEREDEETEGRERPEPLTDVERGIIKDTWARVYASCEDVGVTILIRFFVNFPSAKQY • В последовательности вставляются специальные пробельные символы «indel» • Цель минимизировать число пробелов, при максимизации числа «одинаковых» символов в столбце. • По выравниваниям исследуется эволюция геномов и протеомов.

  4. Некоторые известные алгоритмы множественного выравнивания • Последовательные • MAFFT • T-COFFE • ClustalW • MUSCLE • Dialign • Параллельные (реализация для кластера) • ClustalW-MPI • Pdialign • MUSCLE (Модификация для кластеров ВМК МГУ)

  5. Параллельная реализация MUSCLE • В исходном алгоритме модифицирована стадия стадия построения промежуточных выравниваний по бинарному кластерному дереву • Параллелизм за счёт параллельного обхода дерева от листьев к корню. • Программа реализована с использованием языка «PARUS» (http://parus.sf.net). Язык описывает параллельную программу как граф потока данных.

  6. Эффективность алгоритма исследована на выравнивании последовательностей • LTR (Long Terminal Repeat) класса 5 в геноме человека, класс 5 (LTR5) содержит приблизительно 1500 последовательностей по 1200 нуклеотидов. • 13 семейств 1011 аминокислотных последовательностей приблизительно по 300 аминокислотных остатков каждая. • Максимально удалось использовать 500 процессоров машины МВС-100к.

  7. Результаты запуска на Чебышев-МГУ(последовательности LTR5)

  8. Результаты запуска на Чебышев-МГУсемейства белков

  9. Веб-интерфейс • Интернет-сервис создан для повышения доступности использования многопроцессорной техники при решении задачи построения множественного выравнивания. • В текущий момент поддерживает Параллельный MUSCLE и ClustalW-MPI.

  10. Граф изменения статуса задачи поставленной через веб-интерфейс • ready — задача готова к запуску на кластере • submited — запущена на кластере • finished — корректно завершена можно скачать ответ

  11. Биоинформатические HPC ресурсы с факультета ВМК

  12. Наличие программного обеспечения на вычислительных кластерах МГУ

More Related