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LexGrid 기반 보건의료 용어체계의 관리

LexGrid 기반 보건의료 용어체계의 관리. 2009.05.20 정상원 서울대학교 의생명지식공학연구실. 목차. 3. 4. LexGrid 개요. 1. 2. LexGrid 모델. LexGrid 기반의 개념 매핑. 매핑이슈. 이 발표자료는 LexGrid 문서 , Harold Solbrig 와 Christopher Cute 의 발표자료를 참고하여 작성한 것입니다. 목차. 2. LexGrid 개요. 1. 개요 비전 컴포넌트 포맷 UMLS vs LexGrid

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LexGrid 기반 보건의료 용어체계의 관리

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  1. LexGrid 기반보건의료 용어체계의 관리 2009.05.20 정상원 서울대학교 의생명지식공학연구실

  2. 목차 3 4 LexGrid 개요 1 2 LexGrid 모델 LexGrid기반의 개념 매핑 매핑이슈 이 발표자료는 LexGrid문서, Harold Solbrig와 Christopher Cute의 발표자료를 참고하여 작성한 것입니다.

  3. 목차 2 LexGrid 개요 1 • 개요 • 비전 • 컴포넌트 • 포맷 • UMLS vs LexGrid • LexGrid Node LexGrid 모델 3 LexGrid기반의 개념매핑 4 매핑 이슈

  4. 1.LexGrid 개요 • LexGrid  Lexical Grid Project (Mayo Clinic) • 통제어휘집 및 온톨로지의 저장, 배포을 위한 공통의 데이터 모델, 서비스, 도구 • 모델: 다양한 소스포맷의 용어체계를 수용할 수 있음 • ISO 11179의 XMDR의 핵심 모델로 제안됨 • Open Biomedical Ontologies (OBO) • Web Ontology Language (OWL) • UMLS Rich Release Format (RRF) • Ontylog XML (Apelon) Format XMDR: eXtendedMetaData Registry

  5. 1.LexGrid 개요 공통의 모델 Grid Knowledge Organization System 공통 API Editor Browser Im(Ex)porter Terminologies Thesauri Taxonomies Ontologies

  6. Index Index Index API Lists, Tables Books PDF review 로컬확장 1.LexGrid 개요: 용어체계 관리비전

  7. 1.LexGrid 개요: 용어체계 관리비전 CommonServer Common Data Model Semantic Mapping Semantic Mapping Semantic Mapping Import Import Import

  8. LexGrid Service Index Registry 1.LexGrid 개요: LexGid의 컴포넌트 RRF OWL OBO 편집기 XML Text 브라우저 Browse and Edit 조회/편집 Import 반입 질의도구 LexGrid Node Lex* S e r v i c e s Export 반출 Data Web Clients LexBIG Java Embed Index Text .NET XML ... OBO Protégé CTS

  9. 1.LexGrid 개요: LexGrid의 포맷 삭제 지원하지 않음 2009.01 ~ 마스터 표현형식 (XML Schema) RRF * EMF: Eclipse Modeling Framework

  10. 1.LexGrid 개요: LexGrid의 포맷

  11. 1.LexGrid 개요: UMLS vs LexGrid

  12. 1.LexGrid 개요: LexGrid Node • LexGrid Node: LexGrid 모델에 의미적으로 충실한 Coding Scheme(용어체계) 정보를 수록하고 있는 소프트웨어 및 데이터 저장소 LexGrid Node DataStore

  13. LexGrid Node LexGrid Node LexGrid Node DataStore DataStore DataStore 1.LexGrid 개요: LexGrid Node의 분산 SNOMED-CT http://snomed.org KOMET Codes http://voca.snu.ac.kr NCI Thesaurus http://nciterms.nci.nih.gov

  14. LexGrid Node LexGrid Node LexGrid Node DataStore DataStore DataStore 1.LexGrid 개요: Node간의 연계 SNOMED-CT http://snomed.org KOMET Codes http://voca.snu.ac.kr Node간의 연계 NCI Thesaurus http://nciterms.nci.nih.gov

  15. LexGrid Node LexGrid Node DataStore DataStore 1.LexGrid 개요: Node간 데이터 복제 (1) 서비스 가입 KOMET http://voca.snu.ac.kr (2) 갱신 Master KOMET http://voca.xmdr.org Image

  16. 1.LexGrid 개요: Node간 탐색 (breast) ICD-9 FMA MeSH

  17. 목차 1 1 LexGrid 개요 2 LexGrid모델 • Top Level • Service • Value Domains • Coding Schemes • LexGrid Editor 3 LexGrid기반의 개념 매핑 4 매핑이슈

  18. 2.모델: Top Level 1..* 1..* 1..* codingScheme systemRelease valueDomain 1..* 0..* codedEntry relation

  19. 2.모델: Top Level 1..* 1..* 1..* codingScheme systemRelease valueDomain 1..* 0..* codedEntry relation

  20. 2.모델: Service • LexGrid 자원의 집합체 • coding Schemes과 Value domains을 표현하는 서비스

  21. 2.모델: Service: Index

  22. 2.모델: Service: Index

  23. 2.모델: History 서비스 이력 1..* 1..* 1..* codingScheme systemRelease valueDomain 1..* 0..* codedEntry relation

  24. 2.모델: History SNU http://voca.snu.ac.kr 2008-05-19

  25. 2.모델: Value Domains 1..* 1..* 1..* codingScheme systemRelease valueDomain 1..* 0..* codedEntry relation

  26. 2.모델: Value Domain ISO country code • 개념(Korea)과 개념표현물(KR)의 순차목록 • 전세계적으로 유일, URN은 registeredName 속성으로 정의함. • 로컬이름(sex code)은 서비스 자체의 value domain (sex)을 식별함. • 성별  Sex code N • 1: 남 2: 여 EN Urn:ISO-3166-alpha-2 code Urn:ISO-3166-alpha-2 KR, US, JP…

  27. Name: Country Identifiers Context: Definition: Unique ID: 5769 Conceptual Domain: Maintenance Org.: Steward: Classification: Registration Authority: Others DataElementConcept Algeria Belgium China Denmark Egypt France . . . Zimbabwe 2.모델: Value Domain: 11179 (MDR) Data Elements Algeria Belgium China Denmark Egypt France . . . Zimbabwe L`Algérie Belgique Chine Danemark Egypte La France . . . Zimbabwe DZ BE CN DK EG FR . . . ZW DZA BEL CHN DNK EGY FRA . . . ZWE 012 056 156 208 818 250 . . . 716 Name: Context: Definition: Unique ID: 4572 Value Domain: Maintenance Org. Steward: Classification: Registration Authority: Others ISO 3166 3-Alpha Code ISO 3166 English Name ISO 3166 French Name ISO 3166 2-Alpha Code ISO 3166 3-Numeric Code

  28. 2.모델: Value Domain(예: ISO MDR)

  29. 2.모델: Coding Schemes 1..* 1..* 1..* codingScheme systemRelease valueDomain 1..* 0..* codedEntry relation

  30. cd codingSchemes Coding Scheme 용어체계 describable codingScheme Concepts 개념 +relations +concepts 0..1 0..* Relations 관계 describable concepts::concepts relations::relations +concept 1..* +association 1..* versionableAndDescribable describable concepts::codedEntry relations::association Properties 개념의 속성 +property 0..* +sourceConcept 0..* concepts::property relations:: associationInstance +targetConcept 0..* associatableElement relations::associationTarget concepts::presentation concepts::comment concepts::definition 2.모델: Coding Scheme Logical 정보 Lexical 정보 출발개념 개념의 표현속성 목표개념 개념의 정의속성 개념에 대한 주석속성

  31. 2.모델: Coding Scheme

  32. 2.모델: Coding Scheme 로컬 이름 최초공개 여부 수정공개 여부 출처 저작권 Namespace 스킴이름:KOMET 공식명칭: Korean Medical Terminology 속성 등록된 이름:komet.or.kr 개념 기본언어:Ko 관계 용어체계 버전:1.0 원본 여부 버전 수록된 개념의 수:20,000

  33. cd codingSchemes Coding Scheme 용어체계 describable codingScheme Concepts 개념 +relations +concepts 0..1 0..* Relations 관계 describable concepts::concepts relations::relations +concept 1..* +association 1..* versionableAndDescribable describable concepts::codedEntry relations::association Properties 개념의 속성 +property 0..* +sourceConcept 0..* concepts::property relations:: associationInstance +targetConcept 0..* associatableElement relations::associationTarget concepts::presentation concepts::comment concepts::definition 2.모델: Coding Scheme

  34. 2.모델: Coding Scheme: Mappings • 개념간 매핑이 아님 • 용어체계에서 지원하는 여러 속성들의 NameSpace (URI)를 지정하는 역할 supportedCodingScheme = “http://koterm.snu.ac.kr”

  35. 2.모델: Coding Scheme: Mappings 지원하는 관계 지원하는 언어 지원하는 맥락 지원하는 포맷 지원하는 관계 한정자 지원하는 속성 지원하는 개념의 상태 지원하는 코딩스킴 지원하는 개념의 형식(명사, 형용사) 지원하는 속성간의 관계 (약어, 철자변형) 지원하는 충실도 기여한 자료, 사람 또는 기관 지원하는 속성한정자

  36. 2.모델: Coding Scheme: Mappings 예제

  37. 2.모델: Coding Scheme: Mappings

  38. 2.모델: Coding Scheme: Mappings

  39. 2.모델: Coding Scheme: Mappings

  40. 2.모델: Coding Scheme: Versions

  41. cd codingSchemes Coding Scheme 용어체계 describable codingScheme Concepts 개념 +relations +concepts 0..1 0..* Relations 관계 describable concepts::concepts relations::relations +concept 1..* +association 1..* versionableAndDescribable describable concepts::codedEntry relations::association Properties 개념의 속성 +property 0..* +sourceConcept 0..* concepts::property relations:: associationInstance +targetConcept 0..* associatableElement relations::associationTarget concepts::presentation concepts::comment concepts::definition 2.모델: Coding Scheme: Concepts

  42. 2.모델: Coding Scheme: Concepts 광우병 조류독감 …. 000289 Mad Cow Disease

  43. cd codingSchemes describable codingScheme +relations +concepts 0..1 0..* describable concepts::concepts relations::relations +concept 1..* +association 1..* versionableAndDescribable describable concepts::codedEntry relations::association +property 0..* +sourceConcept 0..* concepts::property relations:: associationInstance +targetConcept 0..* associatableElement relations::associationTarget concepts::presentation concepts::comment concepts::definition 2.모델: Coded Entry Coding Scheme 용어체계 Relations 관계 광우병 영향을 주는것은 Properties 개념의 속성 인간광우병 ‘광우병’ ‘Mad Cow Disease’ ‘bovine spongiform encephalopathy’ 광우병 광우병이란 …..

  44. 2.모델: Coded Entry

  45. 2.모델: Coded Entry 표현방식 정의 주석 사용방법 개념의 코드 사용여부 추가속성 개념의 상태 속성간 관계

  46. 2.모델: Coded Entry: Presentation 속성의 이름 속성 한정자 속성 ID 언어 속성의 실제 텍스트 예: 광우병 표현형식: txt/plain text, txt/xml 우선(대표) 표현 여부 용어의 개념에 대한 충실도 출처 표현형태: 약어, 축약어 등 사용 맥락 (일반인용, 전문인용)

  47. 2.모델: Coded Entry: Definition 사용 맥락 (일반인용, 전문인용) 속성 한정자 속성의 실제 텍스트 예: 광우병이란…. 우선어 여부 출처

  48. 2.모델: Coded Entry: 예제

  49. 2.모델: Coded Entry:LexGrid Editor

  50. 2.모델: Property

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