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MobilomeFINDER:

MobilomeFINDER:. web-based tools for discovery of bacterial genomic islands. Reported by Wang Shen Yu. 报告内容：. 简介 关于 MobilomeFINDER 安装与使用 总结. 1. 简介 :. Mobilome （移动基因组）：. 基因的水平转移导致外源 DNA 片段整合进入种属特异性的同线基因主干网，通常是 tRNA 和 tmRNA 基因位点。这种“可选择”的基因组系统.

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Presentation Transcript

  1. MobilomeFINDER: web-based tools for discovery of bacterial genomic islands Reported by Wang Shen Yu

  2. 报告内容： • 简介 • 关于MobilomeFINDER • 安装与使用 • 总结

  3. 1.简介: Mobilome（移动基因组）： 基因的水平转移导致外源DNA片段整合进入种属特异性的同线基因主干网，通常是tRNA和tmRNA基因位点。这种“可选择”的基因组系统 它在相同的细菌种属的成员之间可以有很大的差别，包括游离的质粒，转座子，整合子，原噬菌体，和日益增长的毒力岛（PAIs）和基因组岛（GIs）

  4. Genetic Island（基因组岛）： Formerly mobile genetic elements that have been integrated into an organism's genome. They encode a variety of different functions that depend largely on the environment of the organism, and can be involved in symbiosis or pathogenesis. Often, they confer on an organism fitness to occupy a particular ecological niche.

  5. 2.关于MobilomeFINDER: Mobilome的高通量的前景的主要障碍是一直缺乏细菌基因序列的信息 Mobilomefinder（http://mml.sjtu.edu.cn/mobilomefinder）是一个互动的在线工具，有利于细菌基因组岛或“流动基因组”（mobilome）的发现; 它集成了ArrayOme和tRNAcc软件包 这个方法结合了新提议的“MAmP”，“tRNAcc”和“tRIP”比较基因组学为基础的方法，通过获得实验性的基因岛的步骤便于岛的探测和/或以酵母为基础的同源重组系统

  6. MAmP（基因芯片辅助查找mobliome）是依据比较基因组杂交（CGH）ArrayOme和脉冲场凝胶电泳（PFGE）基因组大小估量是用来筛选和鉴定大量的分离的特别富有mobilome DNA序列的菌株

  7. tRNAcc（tRNA基因内容和背景分析），辅助于in silico PCR的方法,是用来识别假定的GIs，使其更接近与完整的基因组

  8. ArrayOme网络界面：鉴定菌株是否富含新颖的流动基因组DNA的工具ArrayOme网络界面：鉴定菌株是否富含新颖的流动基因组DNA的工具 （1）基因芯片衍生的CGH数据集（图A） （2）一种芯片特异的索引文件，里含的芯片探针被映射到CDS，无论是大型的或是微小的参考模板（图B） （3）主要的DNA模板（幽门螺旋杆菌26695基因组）的档案为所有由使用特异的芯片探测的CDS提供了位置和大小的信息（图C） （4）微小模板（幽门螺旋杆菌J99基因组）文件（图D）

  9. MobilomeFINDER网络工具通过比较分析用于基因组岛的鉴定MobilomeFINDER网络工具通过比较分析用于基因组岛的鉴定 通过IdentifyIsland，输入页面允许上传基因序列数据和详细的tRNA位点来审查（图A）

  10. 通过DNAnalyser结果页面显示功能表和表示基因岛的图形（图G~H）

  11. 3.安装与使用: MobilomeFINDER运行于Linux平台，并已综合和完善了ArrayOme和我们之前报道的tRNAcc的独立包 每个运行都指派一个工作ID，输出文件存放在该服务器上7天，允许用户在任何的特定时间检查结果。 如果用户供应其e-mail地址，结果将通过电子右键发送后自动完成这项工作。

  12. 到目前为止，网络服务器已被用来执行比较几个物种的细菌的基因组分析，到目前为止，网络服务器已被用来执行比较几个物种的细菌的基因组分析， 包括有九种大肠埃希氏菌基因组，四种沙门氏杆菌基因组，两种克雷伯氏肺炎链球菌基因组,两种绿脓杆菌基因组和两种猪链球菌的基因组； 由此产生的数据显示在http://mml.sjtu.edu.cn/MobilomeFINDER/database.htm.

  13. 4.总结: MobilomeFINDER网络服务器已经开发成为方便的高通量的实验的和in silico的发现细菌GIs，通过结合MAmP，tRNAcc，tRIP和其他相关的方法。 即使和目前的高通量的基因组测序设施，它不可用于测序数以百计的菌株 可以优先有助于菌株全基因组的表征，从而最大限度地遗传回报每个基因组测序

  14. Thanks! Questions are appreciated!

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