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Bio-informatique Structurale au Centre de Biochimie Structurale (Montpellier)

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Bio-informatique Structurale au Centre de Biochimie Structurale (Montpellier). http://www.cbs.cnrs.fr. 22 Octobre 2003 . Programmes, serveurs Internet et bases de données du CBS : ViTO (Vincent Catherinot) : Optimisation & visualisation

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Presentation Transcript
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Bio-informatique Structurale

au

Centre de Biochimie Structurale

(Montpellier)

http://www.cbs.cnrs.fr

22 Octobre 2003

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Programmes, serveurs Internet et bases de données du CBS :

ViTO (Vincent Catherinot) : Optimisation & visualisation

LEA-3D (Dominique Douguet) : Conception rationnelle de ligands

RESCUE (Marc-André Delsuc) : Attribution RMN

T.I.T.O. (Gilles Labesse) : Optimisation d’alignements structuraux

E.Q.M. (Laetitia Martin) : Analyse structurale

Bioserv (Dominique Douguet) : modélisation moléculaire

Eval123D (Jean-Chrisophe Gely) : évaluation moléculaire

Knottins (Laurent Chiche) : base de PPRPD

DOMO 2 (Jerome Gracy) : base de domaines protéiques

NMRb (Jean-Luc Pons) : base de spectres RMN

slide3

Bioserv

1D (Genpept, ...)

3D (PDB, MSD)

Reconnaissance de repliement

meta-server

alignements structuraux

T.I.T.O.,ViTO

Sélection,Optimisation

alignement structural

Modélisation

SCWRL, MODELLER

modèles tridimensionnels

Evaluation

PROSA, Verify3D, ERRAT,

ViTO, EvTREE

modèle tridimensionnel

LEA-3D, FlexX, ViTO, Fitter

RESCUE, Fireman

Criblage virtuel, conception

rationnelle de ligands

Validation expérimentale

remplacement moléculaire

From molecular modelling to drug design. Cohen-Gonsaud, Catherinot, Labesse, Douguet. In Prog. Nucleic Acid Res. “Applied Bio-informatics“, Ed. Bujnicki, (2003) Springer-Verlag.

slide4

1cc8 : Identity ~37 %

1qup : Identity ~20 %

1afj : Identity ~22 %

1fxr : Identity ~12 %

edition et visualisation vito
Edition et Visualisation : ViTO.

V. Catherinot & G. Labesse, CBS

SH3

Nef

applications de vito
Applications de ViTO

CggR : Identité 11 %

Effecteur naturel

Declercq et al., en préparation

Ssu72 : Identité 15 % (5ptp)

inhibiteur 10 µM

Ganem et al., EMBO J. (2003)

Cytokine bactérienne : Identité 28 %

Activité enzymatique

Cohen-gonsaud et al., TiBS (2004)

slide7

Criblage in silico

ViTO

FlexX / LEA

  • Criblages effectués (~40000 molécules) :
  • (TMPK, PknA, B & D)
  • 1 ligand micromolaire (TMPK)
  • (7 molécules testées)
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BIOSERV

http://bioserv.cbs.cnrs.fr

Fifth Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction

Asilomar Conference Center December 1 - 5th, 2002

~ 60 protéines à modéliser avec

3 à 50% d’identité de séquence

avec des structures connues

And the winners are ... the meta-servers !

le site knottines http knottin cbs cnrs fr

100

20

80

IV

40

60

Le site KNOTTINES http://knottin.cbs.cnrs.fr
  • Les knottins :
    • Petites, stables, tolérantes aux variations de séquence, (inhibiteurs, toxines, antibactériens, hormones, …)
    • Plate-formes pour la conception d’inhibiteurs
    • Nomenclature et numérotation unique
  • Base de données séquences/structures (PHP/MySQL)
    • Recherches : mots-clés, séquences (BLAST/HMMER), motifs structuraux
    • Affichages : tableaux ordonnés,alignements de séquences
slide10

EvDTree : apprentissage machine des relations séquence-structure

  • Classifications de structures locales par arbre de décision
  • Matrices de substitutions et potentiels statistiques dépendants de la structure 3D

Eval123D : un meta-serveur d’évaluation de structures de protéines

  • Utilisation des méthodes les plus populaires (Verify3D, Eval2D, ProsaII, SFE) et une version préliminaire d’EvDTree
  • Métrique identique permettant la comparaison des différentes méthodes
  • Disponible à l’adresse : http://bioserv.cbs.cnrs.fr/valid.html
slide11

Support d’évaluation des méthodes d'analyse automatique en RMN : La NMRb

J.-L. Pons & M.-A. Delsuc, CBS

Base de spectres RMN :

. Spectres bruts

. 14 laboratoires utilisateurs

. Articulation avec PDB / BMRB

http://nmrb.cbs.cnrs.fr

Rescue

Fireman

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Publications 2001-2003

  • MOMP a divergent porin from Campylobacter jejuni cloning and primary structural characterization. Labesse, Garnotel, Bonnel, Dumas, Pagés & Bolla, B.B.R.C. (2001) 280, 380-7.
  • Thymidylate Kinase of Mycobacterium tuberculosis: A chimera sharing properties common to Eucaryotic and bacterial enzymes. Munier-Lehmann, Chaffotte, Pochet & Labesse. Prot. Science (2001) 10, 1195-205.
  • - Easier threading through Web-based comparisons and cross-validations. Douguet and Labesse. Bioinformatics. (2001) 17, 752-3.
  • - Biochemical characterization of the helper component of Cauliflower mosaic virus. Hébrard, Drucker, Leclerc, Hohn, Uzest, Froissart, Strub, Sanglier, Van Dorsselaer, Padilla, Labesse & Blanc. Virology. (2001) 75, 8538-46.
  • - From sequence to structure to function: a case study. Douguet, Bolla, Munier-Lehmann and Labesse. Enzyme and Microbiology Tech. (2002) 30, 289-294.
  • - Nucleoside Analogs as Inhibitors of Thymidylate Kinases: Possible Therapeutical Applications Pochet, Dugue, Douguet, Labesse & Munier-Lehmann, Chem. Bio. Chem. (2002), 1, 108-10.
  • - Biochemical and structural studies of the Mycobacterium tuberculosis MabA (FabG1) protein involved in the fatty acid elongation system, FAS-II. Marrakchi, Ducasse, Labesse, Margeat, Montrozier, Emorine, Charpentier, Lanéelle & Quémard. Microbiology. (2002) 148, 951-60.
  • - Diacylglyceride kinases, sphingosine kinases and NAD Kinases are related to 6-phosphofructokinases. Labesse, Douguet, Assairi & Gilles. TiBS. (2002) 27, 273-5.
  • - Comparative modelling and immunochemical studies of Escherichia coli UMP kinase. Labesse, Bucurenci, Douguet, Sakamoto, Landais, Gagyi, Gilles & Bârzu. B.B.R.C. (2002) 294, 173-9.
  • - Crystal structure of MabA from Mycobacterium tuberculosis, a reductase involved in long-chain fatty acid biosynthesis. Cohen-Gonsaud, Ducasse, Hoh, Zerbib, Labesse & Quémard. J. Mol. Biol.(2002) 320, 249-61.
  • - Ligand binding in the GB2 subunit of the GABAB heteromeric receptor is not required for receptor activation and allosteric interaction between the subunits. Kniazeff, Galvez, Labesse & Pin. J. Neurosci. (2002) 22, 7352-61.
  • - Structural and Ligand Binding Properties of YajQ and YnaF, two Proteins from Escherichia coli with Unknown Biological Function Saveanu, Miron, Borza, Craescu, Labesse, Gagyi, Popescu, Schaeffer, Namane, Laurent-Winter, Bârzu & Gilles. Protein Sci. (2002) 11, 2551-60.
  • - Ssu72 is a phosphatase essential for transcription termination of snoRNAs and specific mRNAs in yeast. Ganem, Devaux, Torchet, Jacq, Quevillon-Cheruel, Labesse, Facca & Faye. EMBO J. (2003), 22, 1588-98.
  • - Comparative sequence analysis and predictions for the envelope glycoproteins of insect endogenous retroviruses. Misseri, Labesse, Bucheton & Terzian. TiMS (2003). 11, 253-6.
  • - Comparative study of purine and pyrimidine nucleoside analogues acting on the Mycobacterium tuberculosis and human thymidylate kinases Pochet, Dugue, Labesse, Delepierre & Munier-Lehmann, Chem. Bio. Chem. (2003), 4, 742-7.
  • - UMP kinase from the gram-positive bacterium Bacillus subtilis is strongly dependent on GTP for optimal activity Gagyi, Sakamoto, Bucurenci, Labesse, Ionescu, Borza, Assairi, Laurent-Winter, Landais, Gounon, Rousselle, Danchin, Bârzu & Gilles, Eur. J. Biochem.(2003), 270, 3196-204.
  • - Molecular Recognition of Paxillin LD-motifs by the Focal Adhesion Targeting Domain. Hoellerer, Noble, Labesse, Werner, Campbell & Arold.Structure (2003). Sous presse.
  • Superposition of chemical shifts in NMR spectra can be overcome to determine automatically the structure of a proteinAuguin, Catherinot, Malliavin, Pons, Delsuc (2003), Spectroscopy17 559-68.
  • Refined solution structure of a liganded type 2 wheat nonspecific lipid transfer protein,Pons, de Lamotte, Gautier, Delsuc (2003) J Biol Chem278 14249-56
  • Resuscitation promoting factors possess a lysozyme-like domain. Cohen-Gonsaud, Kepp, Davies, Ward, Henderson & Labesse. (2004),TiBS sous presse.
  • The KNOTTIN website and database: A new information system dedicated to the knottin scaffoldGelly, Gracy, Kaas, Le-Nguyen, Heitz, Chiche (2004),Nucleic Acids res. sous press
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Centre de Biochimie Structurale

http://www.cbs.cnrs.fr

V. Catherinot (CDD INSERM) FITTER,ViTO

L. Chiche (DR CNRS) SFE, Knottins

M.-A. Delsuc (DR CNRS)GifA

D. Douguet (CR INSERM)BIOSERV, LEA-3D

J.C. Gelly (Thèse) EVTREE

J. Gracy (IR CNRS) DOMO 2

G. Labesse (CR CNRS) T.I.T.O.

L. Martin (Thèse)E.Q.M.

J.L. Pons (IR CNRS) RESCUE, NMRb