200 likes | 623 Views
טעם של כימיה פרק ד' 1 – חלבונים – חלק 2 מחומצות אמיניות לחלבון. דנה יצקוביץ. המצגת מבוססת על מצגות מהטכניון מהמבנית ביוכימיה וכן מגב' ענבל גבע-דותן. חומצות אמיניות. 20 סוגים שונים קבוצות הצד הן שונות. . תגובה בין שתי חומצות אמיניות :. הקשר הפפטידי (אמידי). קצה אמיני N - terminus.
E N D
טעם של כימיה פרק ד' 1 – חלבונים – חלק 2מחומצות אמיניות לחלבון דנה יצקוביץ המצגת מבוססת על מצגות מהטכניון מהמבנית ביוכימיה וכן מגב' ענבל גבע-דותן.
חומצות אמיניות • 20 סוגים שונים • קבוצות הצד הן שונות
הקשר הפפטידי (אמידי) קצה אמיני N - terminus קצה קרבוקסילי C - terminus קשר פפטידי
הקשר הפפטידי: יחידה מישורית קשיחה הקשר הפפטידי הוא כמעט מישורי כלומר האטומים C,O,N,H וה-Cשל החומצה האמינית הבאה נמצאים כמעט באותו מישור. קשר פפטידי דבר זה יוצר מישורים קשיחים יחסית בשרשרת הפפטידית:
המבנה הראשוני: שרשרת פוליפפטידית Ala-Cys-Gly-His-Val-Glu-Lys-Met-Cys-Gly-Val-Pro-Asn-Asp-Val-His-… האטומים סביב הקשרים N - C ו - C - C סובבים חופשי הקשר C - N קשיח
H H H O H H H O H N – C – C – N – C – C – N – C – C – N – C – C – N – C – C - H R1 0 R2 H R3 O R4 H R5 O המבנה השניוני • סידור מרחבי של קטעים בשרשרת החומצות האמיניות והוא מוחזק ע"י קשרי מימן. • מי יכול ליצור קשרי מימן ?
d+ d- המבנה השניוניקשרי מימן – תוך שרשרתים • בסלילי αקשרי המימן נוצרים בין מימן הקשור לחנקן של הקשר הפפטידי וקבוצת קרבוניל של החומצה אמיניתהרביעית לאחריו
COOH NH2 מקביל אנטי-מקביל COOH NH2 COOH NH2 COOH NH2 COOH NH2 COOH NH2 המבנה השניוניקשרי מימן – משטחי
מבנה שלישוני • ארגון המרחבי של השרשרת הפולי פפטידית כולה. • המבנה יכול להיות אחד משתי הצורות : • סיבי - מאורגנים במרחב סביב ציר אורך דמיוני. הקוטר שלהם יחסית לאורך זניח. • חלבוני המבנה (שיער, שרירים, גידים, ציפורניים) הם בדרך כלל חלבונים סיביים. • כדורי - מאורגנים ככדור וניתן לתאר אותם על ידי הרדיוס או הקוטר שלהם • חלבוני הפונקציה (כדוריות דם, אנזימים, הורמונים) הם בדרך כלל חלבונים כדוריים.
מבנה שלישוני דוגמאות לחלבונים כדוריים:
מבנה רביעוני • קיים בחלבונים בהם יש כמה שרשראות פוליפפטידיות. • לדוגמה המוגלובין • ארבע שרשרות של החלבון גלובין. • כל אחת מכילה קבוצת הם חלבון גלובין קבוצת הם: תצמיד של ארבעה פירולים ויון ברזל Fe++
דנטורציה • שינוי במבנה החלבון, הפוגם בפעילותו הביולוגית, ומפחית בד”כ את מסיסותו, נקרא דנטורציה. • לבצע דנטורציה ע"י הפעולות • הבאות: • חימום • שינוי pH • הוספת גורמים המנטרלים את מייצבי המבנה המרחבי: • אוריאה, הפותחת קשרי מימן, • מרקפתואתנול, הפותח קשרי S-S .
השפעת הטמפרטורה על המבנה המרחבי של החלבון • חימום או קירור החלבון עלול לשנות את קשרי המשיכה בין החומצות האמינות. כלומר לשנות את המבנה המרחבי של החלבון. לדוגמא: אם המבנה של החלבון המקורי הוא: אז חימום החלבון עלול לגרום לפתיחת השרשרת (דנטורציה) . ובמקרה של קירור לסגירתה (רנטורציה). 4 3 2 5 6 1 7 4 3 7 5 5 6 2 2 3 4 1 6 1 7
תרגול • עמ 101 • שאלות 1, 3, 4, 5 • בגרות 2006 שאלה 8 (עמ 260) • בגרות 2007 שאלה 1ח (עמ 281) • מתכונת 1 – שאלה 1 ה (עמ27) • מתכונת 1 – שאלה 1 ה (עמ27) • מתכונת 4 – שאלה 1 ז (עמ 143) • מתכונת 5 – שאלה 1 ה (עמ 177) • מתכונת 5 – שאלה 6 ה (עמ 177)