genbank entrez n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能 PowerPoint Presentation
Download Presentation
GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 118

GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能 - PowerPoint PPT Presentation


  • 163 Views
  • Uploaded on

GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能. 重庆医科大学图书馆 李 轶. 简介. GenBank 数据库是由美国国立生物技术信息中心( NCBI )维护的一级核酸序列数据库。. GenBank 数据库的数据来源有三种: 1 、直接来源于测序工作者提交的序列; 2 、与其它数据机构协作交换的数据; 3 、美国专利局提供的专利数据。. NCBI 网站网址: http://www.ncbi.nlm.nih.gov. GenBank 和 PubMed( 序列数据 ) 检索的比较 :. 1 、 GenBank 的检索结果是序列及其注释信息;

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'GenBank 数据库检索及其应用 ——Entrez 检索功能' - robert


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
slide2

简介

GenBank数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)维护的一级核酸序列数据库。

GenBank数据库的数据来源有三种:

1、直接来源于测序工作者提交的序列;

2、与其它数据机构协作交换的数据;

3、美国专利局提供的专利数据。

slide3

NCBI网站网址:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov

genbank pubmed
GenBank和PubMed(序列数据)检索的比较:

1、GenBank的检索结果是序列及其注释信息;

PubMed的检索结果是与序列数据相关的文献信息。

2、GenBank数据更新早于PubMed,GenBank数据库的检全率高于PubMed。

3、 GenBank可对序列数据进行限制检索,而PubMed只能对文献、杂志、作者等进行限制检索,因而GenBank数据库的检准率也高于PubMed。

slide5

简介

检索界面

slide6

基本检索界面:

基本检索输入框

slide7

基本检索界面:

执行检索按钮

ras[GENE]

基本检索输入框

slide9

跨库检索界面:

执行检索按钮

ras[GENE]

slide14

GenBank数据库界面:

点击进入核苷酸序列数据库检索界面

slide15

核苷酸序列数据库检索界面:

特征栏提供

辅助检索功能

slide17

简介

检索界面

基本检索功能

(一)名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

(二)特殊标志符检索

(三)序列长度检索

(四)分子重量检索

(五)范围检索

slide18

简介

检索界面

基本检索功能

(一)名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

slide19
检索限定词:

1、基因名称的检索限定词:[GENE]

2、生物体名称的检索限定词:[ORGN]

3、作者姓名的检索限定词:[AUTH]

slide21

简介

检索界面

基本检索功能

(一)名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

(二)特殊标志符检索

slide22
特殊标志符的格式(核酸序列):
  • 1、序列辨认号(GI):一串阿拉伯数字
  • e.g.:6995995
  • 2、GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号:
  • (1)1个字母+5个阿拉伯数字
  • e.g.:U12345
  • (2)2个字母+6个阿拉伯数字
  • e.g.:AY123456,Af123456
slide23

特殊标志符的格式(核酸序列):

3、RefSeq(Reference Sequence)序列接受号:

(1)mRNA 记录(NM_*):

e.g.:NM_000492

(2)基因组DNA重叠群(NT_*):

e.g.:NT_000347

(3)完整的基因组或染色体(NC_*):

e.g.:NC_000907

(4)基因组的局部区域(NG_*):

e.g.:NG_000019

(5)从人类基因组序列注释、加工得到的序列模型记录(XM,XP,or XR_*):

e.g.:XM_000483

slide24

特殊标志符的格式(核酸序列):

4 、PDB序列接受号:1个阿拉伯数字+3个字母

e.g.:1TUP

序列接受号的检索限定词为[ ACCN]or[ACCESSION]

slide27

简介

检索界面

基本检索功能

(一)名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

(二)特殊标志符检索

(三)序列长度检索

slide30

简介

检索界面

基本检索功能

(一)名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

(二)特殊标志符检索

(三)序列长度检索

(四)分子重量检索

slide33

简介

检索界面

基本检索功能

(一)名称、作者姓名、截词检索、布尔逻辑运算

(二)特殊标志符检索

(三)序列长度检索

(四)分子重量检索

(五)范围检索

slide34
范围检索:中间用冒号连接
  • 1、序列接受号范围检索:
  • AF114696:AF114714[ACCN]
  • 2、序列长度范围检索:
  • 3000:4000[SLEN]
  • 3、分子重量范围检索:
  • 2002:2009[MOLWT]
  • 4、日期范围检索:
  • 2005/01:2006/09/26[MDAT]or[PDAT]
slide35

简介

检索界面

基本检索功能

特征栏辅助检索

限制检索(Limits)

预检索/索引检索(Preview/Index)

检索史管理(History)

剪贴板管理(Clipboard)

详细匹配过程(Details)

slide36

详细匹配过程

预检索/索引检索

检索史管理

限制检索

剪贴板管理

slide37

简介

检索界面

基本检索功能

特征栏辅助检索

限制检索(Limits)

slide40
核苷酸序列数据库分为三个子数据库:
  • EST :表达序列标记数据库
  • GSS :基因组测序序列数据库
  • CoreNucleotide :包含所有未被以上两个子数据库收录的核苷酸序列
slide47

限制检索(Limits):

限制检索范围

slide48

ras

限制检索范围

slide62

简介

检索入口

基本检索功能

特征栏辅助检索

限制检索(Limits)

预检索/索引检索(Preview/Index)

slide64

预检索/索引检索界面:

索引检索按钮

hepatitis b

索引检索输入框

slide77

简介

检索界面

基本检索功能

特征栏辅助检索

限制检索(Limits)

预检索/索引检索(Preview/Index)

检索史管理(History)

剪贴板管理(Clipboard)

详细匹配过程(Details)

slide87

简介

检索入口

基本检索功能

特征栏辅助检索

检索结果的显示

slide113

图解显示:

多态性碱基