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网络生物活性小分子 数据库的利用

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网络生物活性小分子 数据库的利用 - PowerPoint PPT Presentation


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网络生物活性小分子 数据库的利用. 学科馆员:郑颖. 主要内容. 概 述 有机小分子活性数据库 Pubchem 小分子生物活性数据库 ChemBank 天然产物数据库 NAPRALERT 总 结. 一、概述. 随着计算机网络技术的发展和普及, Internet 已经成为了当今世界资源最为丰富的信息库和文献资料库,是科研人员获取科研信息最方便、最快速的渠道。集成了化学合成、提取、工业技术、产品开发、销售等各类信息资源。. 网络资源利用培训. 一、概述. 生物活性数据库是药物筛选设计的重要工具. 小分子药物的研究成为热点.

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主要内容
  • 概 述
  • 有机小分子活性数据库Pubchem
  • 小分子生物活性数据库ChemBank
  • 天然产物数据库 NAPRALERT
  • 总 结

采用视图页脚填写课件名称

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一、概述
  • 随着计算机网络技术的发展和普及,Internet已经成为了当今世界资源最为丰富的信息库和文献资料库,是科研人员获取科研信息最方便、最快速的渠道。集成了化学合成、提取、工业技术、产品开发、销售等各类信息资源。

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网络资源利用培训

一、概述

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小分子药物的研究成为热点

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pubchem
二、有机小分子活性数据库Pubchem
  • Pubchem 背景
  • Pubchem 特点
  • Pubchem 使用

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2 1 pubchem
2.1 Pubchem 背景
  • 美国“分子库计划”(The Molecular Libraries Initiative,MLI)
  • 国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI)

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2 2 pubchem
2.2 Pubchem 特点
  • 有机化合物信息

PubChem拥有65万个化合物的结构和生物学阵列等信息。

  • 活性信息

向生物医学研究者们提供范围广泛的化学物质的生物活性信息。

  • 全文信息链接

并与NIH免费的公共生物医学文献数据库(PubMed)连接。

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2 3 pubchem
2.3 Pubchem 使用
  • 子集库
  • 两种快速检索方式
  • 检索结果样例

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子集库
  • 生物检测 (BioAssay):用从生物检测描述中得来的术语来检索生物检测记录,例如“cancer cell line”。它提供与活性化合物和生物检测结果的链接。
  • 有机化合物(Compound):用化学结构作为查询式来搜索PubChem的化合物数据。可按SMILES,MOL files或其他格式来绘制和说明化合物的结构。
  • 物质(substance): 包括了化学结构、异名、登记号、描述、相关URL、与PubMed的交叉数据链接、蛋白质三维结构和生物筛选结果等。数据库提供从PubChem的化学结构记录到其他Entrez数据的链接。

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子集库

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两种快速检索方式

化合物结构快速检索

生物活性快速检索

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检索结果样例

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chembank
三、小分子生物活性数据库ChemBank
  • ChemBank 背景
  • ChemBank 特点
  • 两个实验数据子库
  • ChemBank 使用

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3 1 chembank
3.1 ChemBank 背景

由美国国立癌症研究所的化学遗传学ChemBank计划支持,由哈佛大学医学院化学和细胞生物学研究所的信息小组研制开发,它也是博大研究所生物化学计划(Broad Institute Chemical Biology Program,BCB)的重要组成部分,内容包括了合成化学、分析化学、化学工程、高通量筛选、高通量数据分析的多个方面。

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3 2 chembank
3.2 ChemBank 特点
  • ChemBank致力于储存原始筛选数据、从统计假设检验的角度严格定义筛选实验以及通过基于元数据的方式将包括搜集相关试验在内的各个项目加以组织、整合,这些特点使其成为众多小分子数据库中特殊的一员。此外,ChemBank还在不断丰富从细胞生物学到其他各种利用小分子的生物试验系统的实验数据。
  • ChemBank 的检验数据库和分析环境,并于2003年进入因特网

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3.3 两个实验数据子库
  • 小分子生物活性资料库 500000个已知生物活性化合物的化学结构和生物学活性数据。它是ChemBank结构数据库中的化合物的子集。
  • 生物检测数据 包含可用于收集、分析和下载的来自于高通量化学筛选的公开检测数据。可通过化合物名称及筛选测定方法两条途径进行查询检索。

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3 4 chembank
3.4 ChemBank 使用

多种检索途径:化合物结构及活性、下层结构、相似结构 以及生物活性的实验数据和筛选方法都可作为检索主题

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检索结果样例

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napralert
四、天然产物数据库 NAPRALERT
  • NAPRALERT背景
  • NAPRALERT 特点
  • NAPRALERT检索方式
  • 检索结果样例

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4 1 napralert
4.1 NAPRALERT背景
  • Natural Products Alert(NAPRALERT)由芝加哥伊利诺大学药学院的药学合作研究计划(Collaborative Research in the Pharmaceutical Sciences)开发,属于STN网上科学技术信息服务系统中的一部分。
  • 是世界最大的植物、微生物和动物(主要是海洋动物)提取物的民族医学、传统应用、化学和药理学文献关系数据库。
  • NAPRALERT还存有相当多的来自于天然资源的已知结构次生代谢产物的化学和药理学(包括人类研究)数据。

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4 2 napralert
4.2 NAPRALERT 特点
  • NAPRALERT现在拥有来源于从1975年到现在的超过20万篇科学研究论文的精华信息。这些文章共涉及15.1万个纯化学物种,5.2万个植物物种、海洋物种、微生物物种和动物物种,和150万条将这些上述文献与生物活性联系起来的记录。每月更新一次。
  • NAPRALERT有欧洲(in Europe)、日本(in Japan)、北美及其他地方(in North America and elsewhere)3个网站入口,分别提供英语、日语、德语、法语和西班牙语的多个检索介面。其资料来源包括了文摘、书籍、政府报告、期刊、时事通讯和专利等几大类。

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4 3 napralert
4.3 NAPRALERT检索方式

检索和收录方式与化学文摘数据库(CA)相似。通过在线帮助、STNGuide 及CAS的分类号3种方式辅助检索。

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检索结果样例

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五、总结
  • Pubchem 有机小分化合物的结构与活性数据来源于文献,权威而且有全文链接
  • ChemBank数据直接来源于实验研究,实用价值大,可直接下载实验文档材料
  • NAPRALERT 数据量大,涉及的信息来源多样,可满足不同研究方向的需求

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课件类别: 数据库

制 作 人:郑颖

联络方式:zhengy@clas.ac.cn

制作日期:2013-04-16

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谢 谢 !

请批评指正!