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FAAz. Fragment Assembly Analyzer. Erico Teixeira e Francisco do Nascimento. Maio, 2003. Seqüenciamento. Leitura do DNA de um organismo Atividade realizada nos laboratórios biológicos Restrições das máquinas: Não suportam leitura longa (em média 600 bases) Fragmentos aleatórios.

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Presentation Transcript

  1. FAAz Fragment AssemblyAnalyzer Erico Teixeira e Francisco do Nascimento Maio, 2003

  2. Seqüenciamento • Leitura do DNA de um organismo • Atividade realizada nos laboratórios biológicos • Restrições das máquinas: • Não suportam leitura longa (em média 600 bases) • Fragmentos aleatórios

  3. CTTGCAAGAC ACAGCTGTTC TTCTCA TCTTGCG ACAGACCC TCACCTTGC TGCGCAACC CCAGACA A difícil arte de montar TTCTCA TCACCTTGC CTTGCAAGAC ACAGACCC CCAGACA ACAGCTGTTC TCTTGCG TGCGCAACC TTCTCACCTTGCAAGACAGACCCAGACAGCTGTTCTTGCGCAACC

  4. TTCTCACCTT CCTTGCAATT CTTGCAATTG ATTGCAATTGC ATTGCAACGC CAACGCAACC TTCTCACCTTGCAATTGCAATTGCAACGCAACC Repetições – uma armadilha TTCTCACCTTGCAATTGCAATTGCAATTGCAATTGCAACGCAACC TTCTCACCTTGCAATTGCAATTGCAATTGCAATTGCAACGCAACC

  5. Montadores • Vocabulário necessário • Fragmento = pequenas seqüências bases para serem alinhadas • Qualidade = cada base tem associado um inteiro correspondendo a confiabilidade • Contig = conjunto de fragmentos que têm trechos similares, de modo que possam ser alinhados • Consenso = a superseqüência gerada pelos elementos do contig • Montadores de estudo • PHRAP – Phragment Assembly Program • CAP3 – Contig Assembly Program

  6. Procedimento comum de um montador • Alinhar dois fragmentos quaisquer • Se a similaridade entre eles for boa, eles fazem parte de um mesmo contig e será gerado um consenso deste contig • Se não, formarão dois contigs diferentes • Alinhar um novo fragmento com os consensos de cada contig e com o que tiver maior similaridade, ele será agrupado • E assim por diante

  7. MONTADOR Um montador

  8. FAAz – Fragment Assembly Analyzer • Objetivos • Auxiliar na detecção de possíveis erros de montagens • Fornecer indicativos de erro através de uma interface amigável • Comparar diferentes montadores de fragmentos

  9. PHRAP Contig X CAP3 Contig Y Procedimentos do FAAz • Comparar os consensos gerados por cada montador(PHRAPe CAP3)

  10. Procedimentos do FAAz • Após a identificação das regiões fazer uma análise quantitativa delas • Fragmentos que as compõem • Número de fragmentos por posição • Tamanho • Localização no consenso • Média de cobertura e as sub-regiões que estão acima desta média

  11. Saídas • Regiões similares encontradas nos contigs gerados por cada montador

  12. Overlaps

  13. Saídas • Representação gráfica das sobreposições das regiões

  14. Seleção

  15. Zoom

  16. FAAz Fragment AssemblyAnalyzer Erico Teixeira e Francisco do Nascimento Maio, 2003

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