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6-La Métagénomique 6.1-Principe

6-La Métagénomique 6.1-Principe. Echantillon prélevé à partir d’un environnement complexe. Filtration. Lyse et extraction d’ADN. Clonage et construction de banques. Séquençage des clones. Assemblages des séquences en contigs et scaffold. 6-La Métagénomique 6.2: Intérêt.

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6-La Métagénomique 6.1-Principe

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Presentation Transcript

  1. 6-La Métagénomique 6.1-Principe Echantillon prélevé à partir d’un environnement complexe Filtration Lyse et extraction d’ADN Clonage et construction de banques Séquençage des clones Assemblages des séquences en contigs et scaffold

  2. 6-La Métagénomique 6.2: Intérêt Explorer une myriade d’environnements Exotiques ou familiers: Océans Cheminéeshydrothermales ; Bassinminieracide; permafrost, Désert; Tube digestif des ruminants, des humains…. Conséquences: Evaluer la biodiversité, comprendre les relations symbiotiques, découvrir des nouveaux enzymes, antibiotiques

  3. 6-La Métagénomique 6.3: La métagénomique des Océans Global OceanSampling (GOS) Expedition (J. Craig Venter) 41 surface water samples collected from the North Atlantic to the South Pacific Oceans yielded 7.7 million new sequence reads encoding 6.12 million genes, including many new genes of ecological importance.

  4. 6-La Métagénomique 6.4-La métagénomique de notre corps 6.4.4-Les microbes et nous • 1014 microbes!!! Essentiellementdansl’intestin • Colonisation de l’intestin en 4 phases: • Phase 1: l’intestin • Phase 2: Acquisition initialelors de l’accouchement par le vagin, les selles et la peau • Phase 3: Allaitement • Le laitmaternel: Bifidobacterium (plus de 90% de la flore) • Laitindustriel: plus de Bacteroides et de Clostridium • Phase 4: Les sellescommençent à devenirdures = floreadulte Ley, Peterson, Gordon. Cell 2006 ;124:837 Ley, et al. PNAS. 2005, 102: 11070 Edwards, et al. Br J Nutr. 2002

  5. 6-La Métagénomique 6.4-La métagénomique de notre corps 6.4.4-Les microbes et nous 6.4.5- « HumanMicrobiome Project » et «  METAgenomics of the Human Intestinal Tract »

  6. L’identité de nos habitants: DiBiase, et al. Mayo Clin Proc 2008;83:460-469

  7. Les réactions métaboliques réalisées par la flore intestinale microbienne: Metabolic reactions Goldin BR in Gastrointestinal Microbiology 138-154, 2006

  8. 6-La Métagénomique 6.4.6-Un transfert horizontal entre un sushi et un japonais!!! MirjamCzjzek – CNRS Two species of Porphyra (P. leucosticta– the larges, brown leaf; P. linearis– smaller, reddish fragments), collected at low tide from beaches near to Roscoff in Brittany. Tristan Barbeyron – CNRS Colonies of the marine flavobacteriaZobelliagalactanivorans, applied to agar medium in a Petridish.

  9. 7-Conclusion

  10. Les questions que vous pourriez avoir à l’évaluation: -Quels sont les différents domaines du vivant? -Pourquoi les critères morphologiques, biochimiques et physiologiques ne permettent pas d’obtenir une classification des espèces satisfaisante? -Qu’est ce qu’une classification phylogénétique? -Les archées sont-elles nos ancêtres? -Qu’est ce qui caractérise les embranchements Thermotogaet Aquifex? -Qu’est ce qui caractérise l’embranchement Planctomyces? -Qu’est ce qui caractérise l’embranchement Cyanobactérie? -Dans quel embranchement et classe est classé Escherichia coli? -Que signifie Gram+? -Qu’est ce qu’un transfert de gène horizontal? -Une bactérie peut elle acquérir une résistance à un antibiotique par mutation génétique? -Expliquer ce qu’est la transduction? -A-t-on identifié toutes les espèces bactériennes existantes? Pourquoi? -Qu’est ce que la métagénomique? -Donnez un exemple de transfert latéral bénéfique pour son hôte -Quelle est la composition de la flore intestinale humaine? -La flore intestinale est elle bénéfique pour l’homme? -Qu’est ce qu’un gène homologue? -Qu’est ce qu’un microorganisme photohétérotrophe? -Tous les individus ont-ils la même flore intestinale? -Citez les chronomètres moléculaires que vous connaissez.

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