predicci n de la estructura secundaria del arn rosana matuk alejandra massacane l.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
PowerPoint Presentation
Download Presentation

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 24

- PowerPoint PPT Presentation


  • 336 Views
  • Uploaded on

Predicción de la Estructura Secundaria del ARN Rosana Matuk Alejandra Massacane. Características del ARN. ARN: polímero compuesto por una combinación de cuatro nucleótidos adenina ( A ) citosina ( C ) guanina ( G ) uracilo ( U ). Tipos de ARN.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about '' - niveditha


Download Now An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
predicci n de la estructura secundaria del arn rosana matuk alejandra massacane
Predicción de la Estructura

Secundaria del ARN

Rosana Matuk

Alejandra Massacane

caracter sticas del arn

Características del ARN

ARN: polímero compuesto por una combinación de cuatro nucleótidos

adenina (A)

citosina (C)

guanina (G)

uracilo (U)

tipos de arn

Tipos de ARN

ARNm: contiene los nucleótidos que codifican la secuencia de aminoácidos para la formación de las distintas proteínas.

ARNt: actúa como un “intérprete”, una parte de la molécula lee la secuencia nucleotídica codificada en el ARNm y la otra parte, transfiere el aminoácido apropiado a la cadena polipeptídica en formación durante la síntesis de proteínas.

ARNr: son moléculas asociadas con proteínas que forman una intrincada maquinaria de síntesis llamada ribosoma.

tipos de arn4

Tipo de ARN

# apróx.de clases diferentes en las cél.

Tamaño apróx. en nucleótidos

Distribución

ARNt

80 - 100

75 -90

P , E

ARNr (5S)

1 - 2

120

P , E

ARNr (18S)

1

1900

E

ARNm

miles

variable

P , E

ARNhn

(heterogéneo nuc.)

miles

variable

E

ARNsc

(peq citoplasmático)

decenas

90 - 330

P , E

ARNsn

(pequeño nuclear)

decenas

58 - 220

E

Tipos de ARN
caracter sticas del arn5
Características del ARN
  • Las uniones G-C y A-U forman pares de bases complementarias unidas por puentes de hidrógeno (canónicas de Watson-Crick)
  • + estables G-C (3 puentes H) A-U (2 puentes H)

- estables G-U (1 puente H)

an lisis de la secuencia del arn
Análisis de la secuencia del ARN
  • El análisis de las secuencias de ARN difieren del análisis de las secuencias de ADN.
  • Las estructuras del ARN se pliegan y se aparean para formar estructuras secundarias.
  • En el ARN lo más importante no es necesariamente la secuencia, sino la conservación de la estructura.
introducci n al an lisis de secuencias de arn
Introducción al análisis de secuencias de ARN
  • Los ARNs tienen varios usos, ya sean

estructurales o funcionales:

    • Traducción: ADN Proteína
    • Splicing spliceosoma
    • Localización celular de la señal involucrada en la traslocación de proteínas a través de la membrana plasmática celular.
    • Catálisis celularactividad de enzimática de la peptidil transferasa en ribosomas ARNr
estructura secundaria del arn10
Estructura Secundaria del ARN
  • La estructura secundaria del ARN está compuesta principalmente por regiones de ARN de doble cadena originadas por plegamiento de la molécula lineal sobre si misma.
  • Al combinarse regiones de simple y doble cadena, la energía acumulada en las bases apareadas incrementa la estabilidad energética de la molécula mientras que las bases libres la desestabilizan.
  • La estructura secundaria del ARN es la intermediaria entre la molécula lineal y la estructura tridimensional.
stem loops hairpins
Stem Loops (Hairpins)
  • al menos 4 bases libres para evitar el impedimento estérico con las bases que forman el tallo.
bulge loops encorvado
Bulge Loops (Encorvado)
  • Ocurre cuando las bases de un lado de la estructura no pueden aparearse.
interior loops
Interior Loops
  • ocurren cuando a ambos lados de la estructura, quedan bases libres.
junctions multiloops
Junctions (Multiloops)
  • dos o más regiones de doble cadena convergen para formar una estructura cerrada.
interacciones terciarias
Interacciones Terciarias
  • También pueden existir interacciones terciarias.
  • Se localizan usando análisis de covarianza.
kissing hairpins
Kissing Hairpins
  • Bases desapareadas de dos hairpin loops separados entre sí por pares de bases.
representaci n circular
Representación Circular
  • Los pares de bases de una estructura secundaria se representan por un círculo.
  • A cada par de bases asociadas en la estructura, se las relaciona mediante un arco.
  • Sí cualquier arco se corta, implica la presencia de un pseudoknot.
representaci n circular20
Representación Circular
  • http://www.finchcms.edu/cms/biochem/Walters/rna_folding.html
consideraciones en la predicci n de la estructura secundaria
Consideraciones en la Predicción de la Estructura Secundaria
  • La estructura más probable es aquella similar a la estructura energéticamente más estable.
  • La energía asociada a cualquier posición en la estructura sólo es influenciada por secuencias y estructuras locales.
  • La estructura se forma por plegamiento de la cadena sobre si misma de manera que no se formen nudos.
programas de prediccion de estructura secundaria de rna
Programas de prediccion de estructura secundaria de RNA
  • Programa VIENNA: http://www.tbi.univie.ac.at/~ivo/RNA/
  • Interface Web al programa VIENNA: http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi
  • Programa Zuker: http://www.bioinfo.rpi.edu/~zukerm/rna/
  • RNA World Website: http://www.imb-jena.de/RNA.html
  • Predictor de la Universidad de Moscu: http://www.genebee.msu.su/services/rna2_reduced.html
otros programas
Otros Programas
  • ARN Movies
    • http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnamovies/
    • (Visualización de la estructura secundaria del ARN)
  • ARN LOGOS
    • http://www.cbs.dtu.dk/~gorodkin/appl/slogo.html