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Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati

Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati. Macchine per lavori interattivi e batch. Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq. sp3-1 sp3-2 sp4-1 onyx2ced bw305-1 bw305-2. Power III “ Power IV R14000

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Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati

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Presentation Transcript

  1. Modalità di utilizzo dei server di calcolo del C.E.D. di Frascati Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  2. Macchine per lavori interattivi e batch Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq. sp3-1 sp3-2 sp4-1 onyx2ced bw305-1 bw305-2 Power III “ Power IV R14000 Pentium 4 “ AIX 5.1.3 “ “ IRIX 6.5 Red Hat 9 “ 16 “ 32 8 1 “ 16 GB “ 32 GB 8 GB 1 GB “ 375 MHz “ 1100 MHz 600 MHz 2.4 GHz “ Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  3. Macchine riservate per lavori batch Nome macch. Arc. Sist. Oper. N° cpu RAM Freq. sp4-2 sp4-3 sp4-4 14 x bw305 Power IV “ “ Pentium 4 AIX 5.2.4 “ “ Red Hat 9 32 “ “ 1 32 GB “ “ 1 GB 1500 MHz 1900 Mhz “ 2.4 GHz Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  4. Suddivisione delle Risorse di calcolo sp3 linux sp4 sgi 128 nodi Power IV 8 nodi R14000 32 nodi Power III 16 nodi Pentiun 4 Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  5. Modalità di accesso alle risorse Si può utilizzare il commando ssh o telnet. Oppure il software Citrix (Ica Client) selezionando l’applicazione INFOGRID tra quelle pubblicate dal software (MetaFrame Presentation server). Ex. ssh –l enea sp3-1 telnet sp3-1 (solo dalla rete ENEA) Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  6. Comando per controllare lo stato delle risorse lsload –R nome delle risorsa frascati (report delle macchine di una specifica risorsa) lsload frascati (report delle macchine appartenenti a tutte le risorse di Frascati) Ex. lsload –R linux frascati Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  7. Compilatori e ambienti paralleli Icompilatori disponibili sono: IBM Fortran e C su sp3 e sp4 PGI Fortran su linux MPICH Fortran e C su sp3, sp4, i386_linux e sgi GNU (gcc g77) su linux SILICON GRAPHICS Fortran e C su sgi Gli ambienti paralleli disponibili sono: MPI POE su sp3 e sp4 PVM e MPICH su sp3, sp4, linux e sgi SMP OpenMP su sp3, sp4 e sgi OpenMP + MPI su sp3 e sp4 (parallelo misto) Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  8. Esempi di compilazione Seriale: xlf –o pippo pippo.f IBM Fortran pgf77 –o pippo pippo.f PGI Fortran f77 –o pippo pippo.f SILICON GRAPHICS Fortran Parallelo: mpxlf –o pippo pippo.f IBM Fortran MPI xlf90_r –o pippo –qsmp=omp pippo.f IBM Fortran OpenMP mpicc –o pippo pippo.f MPICH i386_linux Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  9. Run di un job seriale batch Scheduler LSF Comando bsub Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere:  bsub –R* nome della risorsa* * –qnome della coda ** * my_programm dove: * -R può essere sostituito con –m nome della macchina * * nome della risorsa può essere uguale a (“ sp3, sp4, sgi o linux ”) *** nome della coda può essere uguale a (“ small_10m, medium_2h, large ”). Ex. bsub –R sp3 –q medium_2h pippo bsub –m sp4-2 –q large pippo

  10. Run di un job parallelo batch (solo SP3 o SP4) Scheduler LSF + LOADLEVELER Script poe.bsub Richiede il file .rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: poe.sub my_programm nome della risorsa* -inp my_input –out my_out –err my_error –queuenome della coda ** -procs n*** dove: * nome della risorsa può essere uguale a (–sp3 o –sp4) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large). *** n = 2÷32 per sp3 , 2 ÷128 per sp4 Ex. poe.sub pippo–sp3 –inp pippo.inp –out pippo.out –err pippo.err –queue medium_2h –procs 16

  11. Run di un job parallelo PVM batch Scheduler LSF Script mcnp.bsub Richiede il file .rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere: mcnp.sub i=my_programm nome della risorsa* queue nome della coda **tasks n***x1 dove: * nome della risorsa può essere uguale a (sp3,sp4 o sgi ) ** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large) *** n = 2÷32 per sp3 , 2÷128 per sp4, 8 per sgi Ex. mcnp.sub i=pipposp3 queue medium_2h tasks 16*1 Infrastrutture e Servizi per il Calcolo Scientifico

  12. Run di un job parallelo interattivo (I386_linux) MPI Parallel environment MPICH Richiede il file .rhosts Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina linux scrivere: mpirun –np n* -machinefile my_machinefile ** pippo dove: * n= 2÷16 ** my_machinefile è un file che contiene l’elenco delle macchine Ex. mpirun –np 8 –machinefile hostfile pippo

  13. Comandi per controllare lo stato dei jobs sottomessi bjobs lista dei propri jobs in esecuzione o in coda d’attesa bjobs –u all lista di tutti i jobs bkill cancella un job in coda bpeek lista dello standard output Per ottenere ulteriori informazioni sull’utilizzo dei comandi digitare: man nome del comando

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