α-Amilase ( EC 3.2.1.1)

1. α-Amilase(EC 3.2.1.1) Oleh Rosmaya Dewi 20511309 Nurul Widya 20511312 INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2012

2. Agenda Presentasi • Struktur dan Tatanama α-Amilase • Kegunaan α-Amilase • Mekanisme Katalisis α -Amilase • Isolasi α-Amilase • Modifikasi α-Amilase

3. Struktur α–Amilase Domain A memiliki struktur tong (β/α)8 yang terdiri dari delapan untai β yang paralel dikelilingi oleh delapan heliks α terletak di antara β3 dan α3. Pada domain ini terdapat ion Ca2+. yang berperan untuk mengikat substrat merupakan β-sheet anti paralel yang memiliki peran sebagai pelindung residu hidrofobik pada domain A.

4. Tata nama α–Amilase endoenzim yang mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan α-1,4 gliosidik pada pati dan glikogen dengan produk akhir berupa dekstrin dan oligosakarida (van der Maarel et al., 2002) α-Amilase (EC 3.2.1.1) Digit keempat: nomor urut 1 digit pertama kelas hidrolase Digit ketiga: enzim yang menghidrolisis senyawa O- dan S-glikosil digit kedua ikatan yang dihidrolisis adalah ikatan glikosidik (glikosilase).

5. α-Amilase α-Amilase (EC 3.2.1.1) merupakan enzim yang mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan α-1,4 gliosidikpada pati dan glikogen dengan produk akhir berupa dekstrin dan oligosakarida (van der Maarel et al., 2002). α-Amilase merupakan enzim amilolitik yang berfungsi untuk mempercepat laju reaksi degradasi bagian linear pati

6. Kegunaan α-Amilase

7. Mekanisme Katalitik α-Amilase Mekanisme katalitik α-amilase disebut dengan α-retaining double displacement Mekanisme ini melibatkan dua residu katalitik pada sisi aktif; residu asam glutamat sebagai asam/basa katalis dan residu asam aspartat sebagai nukleofil

8. 5 Tahap Katalitik α -Amilase

9. 5 Tahap Katalitik α –Amilase (con’t) .

10. Isolasi gen α-Amilase B. aquimaris MKSC 6.2 • Isolasi gen α-Amilase B. aquimaris MKSC 6.2 dengan : • Teknik Degenerate PCRdan Inverse PCR • Tahap isolasi secara umum : • 1. Preparasi Enzim • 2. Pengujian Enzim

11. Teknik Isolasi gen α-Amilase B. aquimaris MKSC 6.2 Degenerate PCR mempunyai banyak kesamaan dengan PCR biasa. Perbedaan utamanya adalah primer spesifik pada PCR biasa diganti dengan primer mix. Banyak gen dalam satu famili mempunyai struktur yang mirip. Dengan menderetkan sekuens nukleotida dari sejumlah nukleotida yang berhubungan akan dapat ditemukan bagian nukleotida yang konserf (conserve). Berdasarkan informasi tersebut dapat ditemukan motif nukleotida yang konserf yang dapat digunakan sebagai titik awal pembuatan primer degenerate PCR (Koelle, 1996) Inverse PCR umumnya digunakan untuk mengidentifikasi urutan mengapit sekitar sisipan genom yang melibatkan serangkaian digestions DNA dan ligasi diri, sehingga urutan dikenal di kedua ujung urutan diketahui

12. Modifikasi α-amilase pada industri pengolahan pati Hidrolisis pati : gelatinisasi suhu ↑, biaya ↑ -Amilase pendegradasi pati mentah: biaya ↓, menyederhanakan proses konversi pati (puspitasari, 2011)

13. Referensi • Pandey, A., Nigam, P., Soccol, C. R., Soccol, V. T.,Sing, D., dan Mohan, R., (2000), Advances in Microbial Amylases. Biotechnology and Applied Biochemistry. 31,135–152 • Puspasari, F., Nurachman, Z., Noer Saefuddin, A., Natalia, D. (2011). Characteristic of raw starch degrading α-amylase from Bacilllus aquimaris MKSC 6.2 associated with soft coral Sinularia sp., Starch-Starke.63.1-2 • Van der Maarel,M.J.E.C., van der Veen,B., Uitdehaag, J.C. M.,leemhuis,H., Dijkhuizen, L. (2002). Properties and application of starch converting enzymes of the amylase family, Journal of Biotechnol. 94. 137-155