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ALGGEN. Grupo de Algorítmica y Genética : Dep. Lenguajes y Sistema Informáticos Universidad Politécnica de Catalunya CEPBA-IBM Research Institute http://www.lsi.upc.es/~alggen. ALGGEN. Diseño de aplicaciones bioinformáticas Docencia: LEPA

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Presentation Transcript

  1. ALGGEN • Grupo de Algorítmica y Genética: • Dep. Lenguajes y Sistema Informáticos • Universidad Politécnica de Catalunya • CEPBA-IBM Research Institute • http://www.lsi.upc.es/~alggen

  2. ALGGEN • Diseño de aplicaciones bioinformáticas • Docencia: LEPA • Investigación: MALGEN, PROMO, MREPATT • Integrantes: • Colaboraciones con investigadores “in lab” • Estudiantes de informática realizando su PFC • Estudiantes de doctorado

  3. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  4. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  5. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  6. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  7. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  8. Image and interface accgc…….cttgc ...tccgg……ccaac... Matching Unicos Maximales

  9. MALGEN: Preview of four genomes Chlamydophila pneumoniae AR39: 1.247420bps Chlamydia pneumoniae: 1.247.805 Chlamidia muridarum: 1.084.689bps Chlamidia trachomatis:1057413bps        

  10. MALGEN: Preview of two genomes Pyrococcus abyssis: 1.790.334 Pyrococcus horikoshu: 1.763.341 bps

  11. MALGEN: Coste • Algoritmo MALGEN: • Se construye el Suffix-tree del más corto, • Se recorre el árbol mientras se van leyendo los otros genomas • Tiempo lineal respecto la suma de las longitudes de los genomas. • Espacio lineal respecto al genoma más corto.

  12. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  13. PROMO: Cromosomas, genes i`promotores DNA: DNA: Promotor Gen (hambre mañana verano) (Tostadas con mantequilla i mermelada) DNA:

  14. PROMO: Predicción de los sitios de union (binding sites) DNA: DNA: Promotor Gen (hambre mañana verano (Tostadas con mantequilla y mermelada) DNA: Se pueden predecir?

  15. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  16. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  17. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  18. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  19. PROMO: Coste • PROMO: • Crea automáticamente las matrices para la especie seleccionada, • Realiza la búsqueda en una o más cadenas de los factores • y de las zonas similares que no llevan un factor asociado. • Tiempo de construcción del autómata de búsqueda es grande • Tiempo de búsqueda es lineal respecto la longitud de las cadenas

  20. ALGGEN: algorithmics and genetics group

  21. MREPATT Busca repeticiones consecutivas de uno o más patrones (y de su complementario) en uno o más genomas. Tiempo de búsqueda es lineal respecto la longitud de los genomas.

  22. ALGGEN Los colaboradores: Mario Huerta: MALGEN (Dr. J. Rozas) Domènec Farré: PROMO (Dra. M. Albà) Romà Roset: MREPATT (Dr. J.A. Subirana) http://www.lsi.upc.es/~alggen: Roman Roset Dr. Xavier Messeguer

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