1 / 16

UNIVERSITETI I PRISHTINËS FAKULTETI I SHKENCAVE MATEMATIKE-NATYRORE

www.granitbajrami.weeby.com. UNIVERSITETI I PRISHTINËS FAKULTETI I SHKENCAVE MATEMATIKE-NATYRORE. PUNIM SEMINARIK. Lënda: Grafika Komjuterike. Tema: Grafika Molekulare. Studentët: ISMAIL JAKUPI GENC HAXHIU LIRIM BYTYQI. Mentori: ARTAN BERISHA. Prishtinë, Maj 2008.

milt
Download Presentation

UNIVERSITETI I PRISHTINËS FAKULTETI I SHKENCAVE MATEMATIKE-NATYRORE

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. www.granitbajrami.weeby.com UNIVERSITETI I PRISHTINËS FAKULTETI I SHKENCAVE MATEMATIKE-NATYRORE PUNIM SEMINARIK Lënda: Grafika Komjuterike Tema: Grafika Molekulare Studentët: ISMAIL JAKUPI GENC HAXHIU LIRIM BYTYQI Mentori: ARTAN BERISHA Prishtinë, Maj 2008

  2. Hyrje • Grafika kompjuterike është një disiplinë e cila filloi të zhvillohet nga hulumtimet akademike por më vonë u avancua për qëllime ushtarake para se te përdorej për qëllime komerciale. • Në fillim aplikacionet e grafikës kompjuterike ishin shumë të thjeshta dhe shërbenin për vizualizimin e problemeve matematike. • Më vonë hulumtimet rezultuan në suksese të shumta duke shkaktuar një revolucion në industri të ndryshme. • Revolucion shumë të madh pësoi edhe fotografia, e cila deri ne atë kohe ishte e padallueshme. • Grafika kompjuterike ndërroi njëherë e përgjithmonë mënyrën e shfaqjes dhe printimit të informacionit. • Grafika kompjuterike gjithashtu ndryshoi edhe perceptimin që ekzistonte për kompjuterin si një kuriozitet laboratorik në një instrument që ndryshoi jetën e njeriut.

  3. Ç’është Grafika komjuterike • Termi grafik kompjuterike i referohet gjenerimit, manipulimit, procesimit dhe shfaqjes së të dhënave nga kompjuteri. • Grafika kompjuterike zakonisht prodhon imazhe të cilat nuk ekzistonin më parë. • Ekzistojnë dy metoda që grafika i përdor për gjenerimin e figurave: • Gjenerimi i figurave duke përdorur vijat (vektorët) drejtpërdrejt në sipërfaqe. • Gjenerimi i figurave duke vendosur ngjyrat në pikselët individual të figurës. 

  4. Elementet e grafikës komjuterike • Modelimi: Krijon dhe pasqyron gjeometrin e objekteve tri-dimensionale. • Perspektiva: Gjeneron imazhet dy-dimensionale të objekteve nga bota reale apo imagjinare. • Animacioni: Shfaq mënyrat se si objektet ndryshojnë gjatë kohës.

  5. Grafika Molekulare • Grafika molekulare mundë të definohet si një disiplinë e cila merret me studimin e molekulës dhe veçorive të saj nëpërmjet pamjeve grafike. • Si detyrë kryesore e grafikës molekulare është paraqitja dhe vizualizimi sa më shkencor i molekulave në mediume të ndryshme. • Paraqitja në formë 3-dimensionale e lehtëson shumë studimin e molekulës

  6. Grafika Molekulare • Fillet e para të grafikës molekulare fillojnë te shfaqen ndërmjet viteve 60-70. • Caroll Johnson-ORTEP (Oak Ridge Thermal-Ellipsoid Plot) program i cili shfaqi vizatimet stereoskopike të strukturave molekulare • David dhe Jane Richardson për herë të parë në kompjuter, shfaqin në formë të plotë strukturën e proteinës • Në vitin 1977 publikohet atlasi i parë telegrafik i strukturave molekulare

  7. Grafika Molekulare …vazhdim • Në fund të viteve 70’ Thomas Porter ndërtoi algoritmin kompjuterik për ngjyrosjen dhe hijezimin hapësirave ndërmolekulare. • Viti 1980’ TAMS-Teaching Aids For Macromolecular Structure përdor stereografin për të shfaqur imazhe të vendosura në pllaka tradicionale • Viti 1993’- KINEMAGE(Kinetik Image), një kompjuter grafik që kishte të implementuar programin e parë të plotë për vizualizimin e molekulave

  8. Grafika Molekulare PIPELENINGU Struktura Molekulare 3-dimensionale Pamja 3-dimensionale Imazhet (animacionet, stereo pamjet...) MODELIMI PERSPEKTIVA • Ekzistojnë disa lloje modelesh tri-dimensionale të strukturave molekulare • Topa të ngjitur • Modeli “licorice” • Hapësira të mbushura • Poashtu ekzistojnë edhe disa tipe të tjera modele të molekulave me sipërfaqe të ndryshme

  9. Grafika Molekulare Struktura Molekulare 3-dimensionale Pamja 3-dimensionale Imazhet (animacionet, stereo pamjet...) MODELIMI PERSPEKTIVA • Hapi i ardhshëm është perspektiva, ku këtu fiksohen disa probleme të veçanta • Palexueshmëria: • Pamje të panjohura, struktura tri-dimensionale të vështira • Vështirësia e të kuptuarit të formave tri-dimensionale • Efikasiteti • Kompleksiteti gjeometrik

  10. Metoda të avancuara të pasqyrimit • Me gjithë vështërsit që ekzistonin për të pasqyruar perspektivën e molekulës, më vonë u zbuluan disa metoda shumë efikase për zgjidhjen e problemeve të ndryshme . • Këto metoda posedonin karakteristika të veçanta për natyrën e pamjeve tri-dimensionale. • Si në grafikën kompjuterike në përgjithësi ashtu edhe në grafikën molekulare në veçanti “bacground”-i matematik ka rëndësi shumë të madhe. • Pra për virtualizimin e molekulës një metodë shumë e avancuar është përdorimi i sferës dhe cilindrit.

  11. A B C D Metoda të avancuara të pasqyrimit • Sfera është konstruktuar nën sipërfaqen e një oktaedri pastaj ai është shpalosur E F Projektimi X,Y,Z Shpalosja A B C D G H • Ndërsa cilindri është konstruktuar nën sipërfaqen e një paralelopipedi e pastaj është shpalosur Projektimi X,Y,Z Shpalosja

  12. Metoda të avancuara të pasqyrimit • Hapi i ardhshëm dhe shumë i rëndësishëm është ngjyrosja e sipërfaqeve molekulare. E F A B C D G H A B C D

  13. Implementimi i grafikës molekulare në softuer • Në grafikën molekulare bashkëkohore ekziston një numër i madh i softuerëve të cilët kanë disa veçori të përbashkëta: • Fajllat hyrës: shumica prej tyre pranojnë .pdb fajllat. • Shfaqja: struktura rrotulluese, zmadhimi, zvogëlimi. • Ngjyra e strukturës • Lëvizja: lëvizja e madhësisë se caktuar.

  14. Implementimi i grafikës molekulare në softuer • BioEditor: Është një softuer i cili mbledh të gjitha informacionet për molekulën në një pamje në ekran. • Chimera: Softuer shumë i gjerë i cili ka të implementuar teknologjinë interaktive. • King: Softuer i cili shfaq fajllat Kinemage i cili funksionon me JavaApplet që përkrah qasjen e lehtë në web browser.

  15. Implementimi i grafikës molekulare në softuer • QMol: Program i cili pranon GL fajlla dhe shërben për pasqyrimin e sipërfaqeve, ku shfrytëzuesi mund të definon ngjyrat dhe të rregullon tejdukshmërinë. • RasMol: Program i cili shfaq pamjen e molekulave , është shumë i lehtë për përdorim. • Swiss PDB- Wiewer: Program i prezentuar nga instituti zviceran i bioinformatikës që përpos pamjes që shfaq ndërton edhe modele të ndryshme me vegla shumë komplekse.

  16. Implementimi i grafikës molekulare në softuer • JMolEditor: Program i ndërtuar nga Java Library. • Posedon metoda të shumta për vizualizimin dhe editimin e molekulave të ndryshme: • Importimin e fajllave me ekstension pdb. • Zmadhimin dhe zvogëlimin e molekulave sipas dëshirës. • Zgjedhja e ngjyrave të atomeve. • Shfaqja e emrit, simbolit mbi atomin përkatës. • Modifikimi i formave të molekulës. • Pamja e molekulës nga kënde të ndryshme. • Shfaqja e distancës dhe këndit ndërmjet atomeve të molekulës.

More Related