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生態資訊管理研究現況報告

生態資訊管理研究現況報告. 陸聲山. 林業試驗所生態資訊研究小組. data. Ecoinformatics. Ecology. Information Management. Information Technology. IT. Scientist IM. IM IT. Scientist IM & IT. (Barbara Benson et al ., 2004). undocumented data. documented data. metadata content standard.

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生態資訊管理研究現況報告

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Presentation Transcript

  1. 生態資訊管理研究現況報告 陸聲山 林業試驗所生態資訊研究小組

  2. data Ecoinformatics Ecology Information Management Information Technology

  3. IT Scientist IM IM IT Scientist IM & IT

  4. (Barbara Benson et al., 2004)

  5. undocumented data documented data metadata content standard machine readable metadata standards data not securely archived data securely archived data not readily shared data access polices and data sharing data access through personal contact on-line data access web-enabled access tools data difficult to integrate with other data focus on linkages among data sets in database design no resources provided for data management data management integrated into research process Paradigm shift in information management (Barbara Benson et al., 2004)

  6. Metadata Metadata與XML導向之生態資料管理系統 “higher level information that describe the content, quality, structure, and accessibility of a specific data set.” (Michener et al. 1997)

  7. 林試所的嘗試 促進與發展國際長期生態研究 • 研習以格網技術建立國家長期生態監測系統之研究 (林朝欽、陸聲山、 鄭美如 Feb 2004) • 研習貝氏統計估算生態推論與預報中之不確定性與變異 (林宜靜 June 2004) • 研習自動無線傳輸整合國內各生態觀測系統 (賴彥任 Nov 2004 ) • 研習生態資訊管理系統網之建立與推廣 (林朝欽 Nov 2004 ) • 研習生態資訊學以促進與建立台灣資訊系統研究網 (陸聲山 Sep-Dec 2004) • 研習生態資訊學以促進與建立台灣資訊系統研究網 (鄭美如 Feb-May 2005)

  8. 推動農業長期生態研究

  9. 生態資訊管理與推廣教育及訓練 • 2004年8月30-31日『生態資訊管理(Eco-Information Management, EIM)』 訓練課程 宜蘭大學自然資源系 • 2004年12月23日『生態與生物多樣性資料管理』研習會 中央研究院 • 2004年12月27-30日『生態與生物多樣性資料管理』研習會 宜蘭福山 研究中心 • 2005年2月15-16日『TERN’s PI 資料管理』研習會 宜蘭福山研究中心 • 2005年4月25日『 Morpho進階使用』研習會 林業試驗所台北總所

  10. Metadata與XML導向之生態資料管理系統（架構與運用）Metadata與XML導向之生態資料管理系統（架構與運用） • 資料目錄與建置標準介紹及可交換格式語言 • EML(Ecological Metadata Language) 簡介與應用 • 介紹依生態學科而發展出的Metadata標準與規格 • Metacat 簡介與展示 • 介紹跨平臺Server端的EML資料庫系統，提供資料查詢、儲存之網路介面 • Morpho 簡介與展示 • 介紹跨平臺Client端的資料管理應用工具，可以產生、獲取和操作EML metadata 及資料，並可連線查詢、觀看和檢索公開的生態學資料 • Morpho與Metacat安裝示範與協助架設 • Morpho 使用及練習 • 研究人員可以妥善管理自己的資料 • 利於日後和其他研究資料整合

  11. 2005 1990 1995 2000 ‘01 ‘96 ‘91 ‘97 ‘92 ‘02 ‘98 ‘93 ‘03 ‘99 ‘04 ‘94 Abridged History of EML Second EML workshop KNB Tools Workshop Michener et al. paper First EML workshop FGDC CSDGM 2.0 FGDC CSDGM RS EML ASU meeting XML 1.0 released NCEAS formed FGDC CSDGM BDP approved FGDC created NBII created FLED report ISO 19115 GML 3.0 EML 1.4.x EML 1.0.0 EML 1.3.0 EML 2.0.0 EML 2.0.1 Early ecological metadata work in LTER and elsewhere EML 2.0.0rc1-3 EML 2.0.0 beta1-9

  12. EML Development & Distribution • Open Source project, welcomes contributions • Developed by members of the community eml-dev@ecoinformatics.org • Currently at Release 2.0.1 • Releases of EML are downloadable: http://knb.ecoinformatics.org/ software/eml • Development version available at: http://cvs.ecoinformatics.org/cvs/ cvsweb.cgi/eml

  13. through the help of KNB

  14. EML (Ecological Metadata Language)生態後設資料語言的發展目標 • 資料與後設資料文件化有遵循的標準 • 人與電腦皆可讀懂的語言 • 確保資料的長久保存 • 促進資料發現與取得 • 促進資料的分享與整合 • 擴大生態學資料的長期利用性

  15. dataTable spatialReference project resource dataset literature software protocol party coverage access spatialRaster attribute methods view storedProcedure physical text constraint entity spatialVector eml other spatialRefDict unitDictionary EML的模組組成與結構 • 模組的組成是以嚴謹方式組織而成的邏輯單位 • 以一定結構的方式描述這些不同類型的生態學資源 • eml模組(eml module)就像一個包裝貨櫃(wrapper container) additionalMetadata

  16. Completeness Level Description and Major Elements Added Minimum content for adequate data set discovery in a general cataloging system or repository (functionally equivalent to LTER DTOC): eml,resource,party 1: Identification Level 1 content, plus coverage information to support targeted searches, adding elements:coverage 2: Discovery Level 2 content, plus data set details to enable end-user evaluation of the methodology and data entities, adding elements: resource,project,methods,entity,attribute 3: Evaluation Level 3 content plus data access details to support automated data retrieval, adding elements: access,physical 4: Access Level 4 content plus complete attribute and quality control details to support computer-assisted data integration and re-sampling, adding elements: attribute,methods,constraint 5: Integration Level 5 content plus semantic information (currently under development by SEEK, and may require extension to the EML schema) 6: Semantic Use EML的實施與各級標準

  17. Morpho 是一套為生態學家所開發出來的資料管理工具

  18. Morpho • 為KNB計畫中的一部份，負責Client端 • 跨平台的應用程式：Windows, Linux, Mac • 使用Java開發而成，為公開、免費軟體 • 讓使用者可以定義或組織後設資料與資料 • 使用者可儲存資訊於本機位置或網路伺服器 • 可視為一種XML的編輯器，符合EML標準

  19. Morpho基本操作功能 • 產生和編輯Metadata • 搜尋和查詢Metadata 彙集 • 觀看資料與資料彙集 • 校對和編輯資料 • 提供存取控制 • 透過Metacat進行資料分享

  20. 生態資料庫整合平台與資料分析模組建置研究 Metadata-driven analysis cycle

  21. Kepler: scientific workflows

  22. Data Analysis: Biodiversity Indices

  23. FCE-LTER Excel_EML template KNB: Use Morpho to enter metadata options for implementing EML NTL-LTER RDBMS in Oracle XML editor to create EML documents other tools develop by other LTER sites Metacat database

  24. Morpho ?? Web Browser 目前使用架構 others

  25. 客制化 協助架設Metacat 中文化

  26. 目標: 達成Grid與Web Services之實際應用 遠端監測與資料蒐集 Sensor Net Access Grid Data Grid Computation Grid 線上監控與分析研究

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