a genetika s a genetikai epidemiol gia alapfogalmai orvosi cikkek olvas sa s r sa n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI, ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA PowerPoint Presentation
Download Presentation
A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI, ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 39

A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI, ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA - PowerPoint PPT Presentation


  • 50 Views
  • Uploaded on

A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI, ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA. Dr Füst György.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI, ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA' - marcel


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
a genetika s a genetikai epidemiol gia alapfogalmai orvosi cikkek olvas sa s r sa

A GENETIKA ÉS A GENETIKAI EPIDEMIOLÓGIA ALAPFOGALMAI,ORVOSI CIKKEK OLVASÁSA ÉS ÍRÁSA

Dr Füst György

2010 j nius 23 cs t rt k 16 30 2010 j lius 7 cs t rt k 16 30 net sz m t g pes terem

VIZSGA1. Számítógépes feladat, az eredmények beírása a vizsgalapba, eredmény értelmezése2. Feladatlap néhány eldöntendő kérdéssel, ill. egyszerűbb számítással3. Szóbeli vizsga, 1 előadás=1 tétel

2010 június 23, csütörtök, 16.30

2010 július 7 csütörtök 16.30

NET, számítógépes terem

g nek stb
GÉNEK, STB
  • Genom
  • Kromoszóma
  • Gén
  • Allél (génvariáns), homozigóta, heterozigóta
  • Haplotípus
  • Kiterjesztett haplotípus
  • Mendel szabályok, domináns, recesszív öröklődés
az all l gyakoris g kisz m t sa
Az allél-gyakoriság kiszámítása
  • Az egészséges izlandi populációban vizsgáltuk a Hsp-70-2 A>G génpolimorfizmus két alléljének gyakoriságát. AA homozigóta: 50 (54.9%), AG heterozygota: 28 (30.8%), GG homozygota: 13 (14.3%). Mennyi a G allél gyakorisága a vizsgált 91 emberben?. A 91 embernek összesen 182 hsp70-2 allélja van. Ezekből 13x2 + 28 = 26+28 = 54 a G allél. Gyakorisága: 54/182= 0.297 (0.30). Az A allél gyakorisága = 1- 0,297 = 0.703 (0,70).
a hardy weinberg egyens ly
A Hardy-Weinberg egyensúly
  • Egy ideális populációbanminden egyed azonos valószínűséggel párosodhat bármely más egyeddel (pánmixis). Mivel az egyedek párválasztásának modellünkben nincs hatása a következő nemzedék allélgyakoriságára, az allélgyakoriság kizárólag a gamétákban lévő allélek gyakoriságától függ. (A szemléletesség kedvéért elképzelhetünk egy óriási tavat, amelyben nagyon sok hal él. A nőstények és hímek párzáskor a vízbe eresztik ivarsejtjeiket, amelyek eredetüktől függetlenül, véletlenszerűen egyesülnek.)
a hardy weinberg egyens ly folyt
A Hardy-Weinberg egyensúly (folyt.)
  • Vizsgáljuk egyetlen lokusz két alléljának (A és a) gyakoriságát két egymást követő generációban. Az első generációban legyen A allél relatív gyakorisága p(A),a allélé pedig q(a). A két relatív gyakoriság összege 1, tehát p = 1 - q. Egy gaméta vagy az egyik, vagy a másik allélt hordozza, így az A allélt hordozó gaméták gyakorisága p, az a allélt hordozó gaméták gyakorisága q. Milyen arányban lesz jelen A és a allél a következő generáció gamétáiban?
  • AA genotípusú zigóta akkor jön létre, ha két A allélt hordozó gaméta találkozik. Két A allélt hordozó gaméta találkozásának valószínűsége p x p= p2 . Ugyanígy, aa genotípusú zigóták q2 valószínűséggel keletkeznek. Aa genotípusú egyedek kétféleképpen jöhetnek létre: egyrészt úgy, hogy A allélt hordozó hímivarsejt találkozik a allélt hordozó petesejttel, aminek valószínűsége p x q, illetve úgy, hogy a allélt hordozó hímivarsejt találkozik A allélt hordozó petesejttel, aminek valószínűsége q x p. A két valószínűség összege 2pq.
a hardy weinberg egyens ly folyt1
A Hardy-Weinberg egyensúly (folyt.)
  • Az egyes genotípusok létrejöttének valószínűsége és így arányuk a populációban a következőképpen várható:
  • p2AA + 2pqAa + q2aa = 1. (1)
  • azaz
  • (p + q)2 = 1
a hardy weinberg egyens ly folyt2
A Hardy-Weinberg egyensúly (folyt.)
  • Ideális populációban az utódnemzedékben az allélek gyakorisága azonos a szülői nemzedék allélgyakoriságával. Az allélgyakoriságok állandóságának tételét egymástól függetlenül két kutató bizonyította, nevük után az összefüggést Hardy-Weinberg aránynak, vagy Hardy-Weinberg egyensúlynak nevezik.
megfelelnek e az izlandi popul ci ban tal lt all lgyakoris gok a hardy weinberg egyens lynak
Megfelelnek-e az izlandi populációban talált allélgyakoriságok a Hardy-Weinberg egyensúlynak?
  • Az A ill G allél gyakorisága (p, ill q): 0,70, ill. 0,30. Ha a H-W egyensúly fennáll, akkor az AA homozigoták p2, azaz 0,702=0.49 arányban kellene lenniük 0.49x91=44,59, azaz 45 ember kell, hogy AA homozigota legyen. A kapott érték: 50. A heterozígoták várt száma: 2pq, azaz 2x0,7x0,3=0.42x91= 38,22=38. A kapott gyakoriság: 28. A GG homozigótákra vonatkozó várt és kapott gyakoriság: 8 ill. 13. Fennáll-e H-W egyensúly? Számítás khi-négyzet próbával
slide10

Várt Kapott

AA 45, 50,

AG 38, 28,

GG 8, 13,

WEB:http://ihg.gsf.de/cgi-bin/hw/hwa1.pl

Chi-square

Chi-square, df 2.969, 2

P value 0,2266

P value summary ns

One- or two-sided NA

Statistically significant? (alpha<0.05) No

a kapcsolts gi egyens ly linkage disequilibrium ld
A kapcsoltsági egyensúly (linkage disequilibrium, LD)
  • Két (vagy több) lokusz együttes vizsgálatakor az első kérdés az, hogy az egyik lokuszon vett genotípus korrelál-e a másikon vett genotípussal: pl. az A1A1 egyedek között gyakoribb-e a B1B1 genotípus, mint mondjuk az A2A2 egyedek között, vagy az A1 allélt hordozó gaméták gyakrabban hordoznak B1 allélt, mint az A2 gaméták. Ha nincs ilyen korreláció a lokuszok között, akkor azt mondjuk, hogy a lokuszok kapcsoltsági egyensúlyban vannak. Ilyenkor egy gaméta pA valószínűséggel hordoz A1 allélt, és ettől függetlenül pB valószínűséggel rendelkezik B1 alléllel: az A1B1 gaméták gyakorisága tehát pApB. Ha a lokuszok nincsenek kapcsoltsági egyensúlyban, akkor az A1 gaméták gyakrabban (vagy ritkábban) hordoznak B1 allélt, az A1B1 gaméták gyakorisága eltér a pApB szorzattól. A kapcsoltsági egyensúlytól való eltérés mértéke az ún. linkage disequilibrium (D), melyet úgy számítunk ki, hogy az A1B1 gaméták tényleges gyakoriságából levonjuk a pApB szorzatot.
ld folyt
LD (folyt.)
  • Véletlenszerűen párosodó populációkban a linkage disequilibrium a rekombináció révén fokozatosan csökken. Ha pl. egy A1B2 kromoszóma rekombináción megy át, akkor az A1 allél mellé pB valószínűséggel kerül B1 allél a homológ kromoszómáról, így az A1B1 kromoszómák gyakorisága közelít pApB-hez. Ha a két lokusz szorosan kapcsolt, akkor ritkán történik közöttük rekombináció és a linkage disequilibrium sokáig fennmarad. Még különböző kromoszómákon található lokuszok esetén is csak 50% a rekombináns gaméták gyakorisága, ezért független lokuszoknál D minden generációban feleződik.
ld folyt1
LD (folyt.)
  • Kapcsoltsági egyensúlytól való eltérést okozhatja szelekció (ha bizonyos allélkombinációk kedvezőek a szelekció során), genetikai sodródás vagy nem véletlenszerű párosodás. Az is lehetséges azonban, hogy a linkage disequilibriumhoz vezető ok már megszűnt, csak nem volt még elég idő a kapcsoltsági egyensúly beállásához. Tartósan megmaradó linkage disequilibrium a rekombináció akadályozottságára utalhat: pl. kromoszóma-inverziók akadályozzák meg, hogy a rekombináció szétzilálja a koadaptált génkomplexeket ("szupergének"). A kromoszómán fizikailag közel levő lokuszok között gyorsan beálló kapcsoltsági egyensúly arra vall, hogy a két lokusz között nagy rekombinációs gyakoriságot mutató "forró pont" található.
ld a hsp70 2 1267g s a tnf2 all lok k z tt mhc extended haplotypes az izlandi popul ci ban
LD a Hsp70-2 -1267G és a TNF2 allélok között (MHC, extended haplotypes) az izlandi populációban
  • hsp70-2 AA AG GG
  • TNF2 nincs 45 20 9
  • TNF2 van5 8 4
slide16

Chi-square, df 5.534, 2

P value 0,0629

P value summary ns

One- or two-sided NA

Statistically significant? (alpha<0.05) No

gyakorl feladat fenn ll e ld ugyanezen k t all l k z tt a magyar popul ci ban
Gyakorló feladat: fennáll-e LD ugyanezen két allél között a magyar populációban?
  • hsp70-2 AA AG GG
  • TNF2 nincs 40 34 10
  • TNF2 van 8 25 10
  • A khi-négyzet próba P értéke:
  • LD fennáll: igen - nem
gyakorl feladat fenn ll e ld ugyanezen k t all l k z tt a magyar popul ci ban1
Gyakorló feladat: fennáll-e LD ugyanezen két allél között a magyar populációban?
  • hsp70-2 AA AG GG
  • TNF2 nincs 40 34 10
  • TNF2 van 8 25 10
  • A khi-négyzet próba P értéke: p=0.0051
  • LD fennáll: igen - nem
slide21

III. RÉSZ. HOGYAN OLVASSUNK ÉS ÍRJUNK ORVOSI CIKKEKET?

Az olvasás egyik célja egy adott témáról való általános tájékozódás. Erre a legcélszerűbb az összefoglaló tanulmányokat elolvasni, mert az élet rövid és mert, ezeket a tanulmányokat olyanok írják akik nagyon értenek a témához és ezért már az összefoglalt dolgozatokat is kritikusan olvassák.

Azoknak a témák esetében, amely az olvasót közelebbről érintik (egy az orvos által elôször diagnosztizált betegség, új gyógyszer, szűkebb kutatási téma) az olvasó feladata a cikkek kritikai értékelése (ennek hiszek, ennek nem). Ilyenkor arra is törekszünk, hogy a legújabb cikkeket is megismerjük.

slide22

A kritikai szemlélet a cikk minden részére ki kell terjedjen. A cikkírásnál elkövetett leggyakoribb hibák a következők (minél rangosabb egy folyóirat, annál ritkábbak benne a hibák, de azért benne maradhatnak (pl. egy 9-es impakt faktorú folyóiratban azt közölték, hogy egy bizonyos immunológiai marker magas értékei esetében a halálozás valószínűsége nagyobb, mint az alacsony értékek esetében, csak azt “felejtették el” megírni, hogy a vizsgált egyének miben haltak meg)

a cikk f r szei
A cikk fő részei:
  • 1.Strukturált összefoglaló
  • 2.Bevezetés
  • 3.Anyagok és módszerek (vizsgált egyének)
  • 4.Eredmények (alcímekkel!)
  • 5.Megbeszélés, célja?
  • 6.Köszönetnyilvánítás
  • 7.Irodalomjegyzék
  • 8.Táblázatok
  • 9.Ábramagyarázat

10. Ábrák

  • HOGYAN KEZDJÜNK CIKKET ÍRNI???
a h rom legfontosabb kritikai k rd s
A három legfontosabb kritikai kérdés:
  • 1.Jól volt-e a vizsgálat megtervezve, értékelve és végrehajtva?
  • 2.Ha igen, a kapott eredmények fontosak-e tudományos szempontból, adatak-e új információt
  • 3.Ha a különbségek statisztikailag szignifikánsak, szignifikánsak-e tudományos szempontból is. Ha nem, elég beteget (kontrollt) vontak-e be a vizsgálatba?
a t pus hiba
A típusú hiba
  • A cikkben (általában a bevezetés utolsó mondatai tartalmazzák ezt) a szerzők nem írják meg, hogy miért végezték el a vizsgálatot. E mögött gyakran az áll, hogy a szerzők nem is tudták elôre, hogy miért hajtották ezt végre. A kiindulópont ekkor: végezzük el a vizsgálatot, gyűjtsünk minél több adatot (ha lehet olyat, amelyet mások még nem néztek) és nézzük meg, hogy van-e ezek között összefüggés. (HALÁSZ-KIRÁNDULÁS). Van, amikor utólag, a véletlenszerűen kapott adatok ismeretében utólag kreálnak célkitűzéseket a vizsgálatnak.
megjegyz s
Megjegyzés
  • Ha a halászkirándulás végén a halakat megfelelôen szortírozzák és becsületesen bevallják, hogy ilyen kirándulásra indultak, akkor az ilyen típusú vizsgálat is hozhat új eredményt, születhet belôle új hipotézis. A baj csak az, ha ezeket a véletlenszerűen kijött összefüggéseket sem a szerzôk, sem mások nem igyekeznek reprodukálni. Ha neves szerzôk közölnek ilyen eredményeket, akkor sokszor ellenôrzés nélkül ezek az eredmények még tankönyvi adatokká is válhatnak.
b t pus hiba mintakiv laszt s torz t sok i
B típusú hiba: mintakiválasztás. Torzítások I
  • Prevalencia vagy incidencia torzulás: egy adott faktor hatását vizsgálják egy betegségre, a hatást azonban nem a diagnózis felállítása után azonnal, hanem késôbb vizsgálják. Közben azonban a legsúlyosabb esetek meghaltak. Lehetséges, hogy a halálozásban éppen ez a faktor játszott szerepet. Nagy korai letalitású betegségek esetében néhány nap késés is számíthat.
torz t sok ii
Torzítások II
  • A kórházi felvételből adódó torzulás. Ha kórházban kezelt betegek esetében egy rizikófaktor hatását vizsgáljuk, de azokat a betegeket, akiknél a rizikófaktor fennáll, gyakrabban veszik fel kórházba, mint azokat, akiknél ez nem áll fenn.
torz t sok iii
Torzítások III
  • A csoportba sorolásból adódó torzulás. Pl. paradox megfigyelés: a veszélyes munkahelyeken dolgozók egészségi állapota jobb, mint a veszélytelen munkahelyeken dolgozóké. Miért? Az veszélyes munkahelyre csak az egészséges embereket veszik fel, a többi esetében ezt nem veszik figyelembe
torz t sok iv
Torzítások IV
  • Az eljárásra való kiválasztás torzulása. Ez akkor állhat fenn, ha az adott kezelésre a betegek egy csoportját (pl. súlyosabb betegeket) nagyobb gyakorisággal választják ki, mint a kontrollcsoportba. Ez elsősorban akkor fordul elő, ha nem történik randomizálás
ellen rz k rd sek checklist struktur lt sszefoglal
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Strukturált összefoglaló
  • ·a vizsgálat célja fontos-e és érdemes-e tanulmányozni?
  • ·A vizsgálat célja különbség vagy összefüggés meghatározása-e, pontosan tudható-e ez a cikkből?
  • ·Mi a vizsgálat kimenetelének a fő mérési kritériuma (outcome)? Ez folyamatos vagy kategórikus változó-e?
  • ·A vizsgált betegek olyanok-e, akik az olvasó praxisában is előfordulnak?
  • Ha a különbségek statisztikailag szignifikánsak, jelentősek-e klinikailag?
ellen rz k rd sek checklist bevezet s
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Bevezetés
  • ·Ha nincs strukturált összefoglaló, a fenti információk itt kell szerepeljenek +Eddig milyen vizsgálatok történtek a vizsgált témával kapcsolatban és ezeknek mi volt az eredménye? Várható-e, hogy a cikk új információkat ad-e?
ellen rz k rd sek checklist m dszerek
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist) Módszerek
  • ·A vizsgálat tervezése megfelel-e a célnak?
  • ·A vizsgálati periódus elég hosszú-e és nem túl hosszú-e?
  • ·Világosan le vannak-e írva a vizsgálatba beválogatás és a kizárás kritériumai? Ettől függ, hogy a konklúziók általánosíthatók-e
  • ·A mérési módszerek ismertek-e, megfelelő referenciák szerepelnek-e, ha új a módszer, jól, reprodukálhatóan van-e leírva?
  • ·A használt statisztikai módszerek le vannak-e írva és megfelelőek-e
  • ·Le van-e írva, hogy hány beteg volt szükséges a kívánt hatás-mérték (effect size) eléréséhez?
ellen rz k rd sek checklist eredm nyek i
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist)Eredmények I
  • ·A leírt megfigyelések a feltett kérdésekre adott válaszoknak tekinthetők-e?
  • ·Az eredmények prezentálása (átlag, S.D. S.E.M., medián, stb) fel van-e tüntetve és a táblázatból tudjuk-e hogy mi micsoda
  • ·Nincs-e túl sok p érték (minden 20. összehasonlításnál véletlenszerűen is p<0.05)
ellen rz k rd sek checklist eredm nyek ii
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist)Eredmények II
  • Az összehasonlítandó csoportok alapértékei azonosak-e? Ha nem, akkor ezt a szerzők figyelembe vették-e (egyáltalán leírják-e?) és ha igen, hogyan tudták a confounding variables hatását kiküszöbölni?
  • ·Az ábrák és táblázatok egymagukban is érthetőek-e?
  • Ha a cikk egy diagnosztikai eljárásról szól, akkor ennek specificitása és érzékenysége le van-e írva. Ha a szerzők megadják az eljárás prediktív értékét, beszámították-e ebbe a vizsgált betegség prevalenciáját?
ellen rz k rd sek checklist 1 megbesz l s
ELLENŐRZŐ KÉRDÉSEK (checklist)1 Megbeszélés
  • ·A feltett kérdések és leírt megfigyelések megfelelően diszkutálva vannak-e?
  • ·A levont következtetések a kapott eredményeken alapulnak-e? A következtetések nem túl általánosak-e?
  • ·A fontos idevonatkozó irodalom meg van-e említve és a saját eredményeit szerzők ezekkel összevetették-e?
  • ·A vizsgálat limitációit, esetleges hibáit, torzításait megtárgyalják-e a szerzők?
2010 j nius 23 cs t rt k 16 30 2010 j lius 7 cs t rt k 16 30 net sz m t g pes terem1

VIZSGA1. Számítógépes feladat, az eredmények beírása a vizsgalapba, eredmény értelmezése2. Feladatlap néhány eldöntendő kérdéssel, ill. egyszerűbb számítással3. Szóbeli vizsga, 1 előadás=1 tétel

2010 június 23, csütörtök, 16.30

2010 július 7 csütörtök 16.30

NET, számítógépes terem