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evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas

H R O

| | |

H-N-C-C-OH

| | |

H H H

N

Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Qué es una proteína?

H R O H R O

| | | | | |

H-N-C-C-N-C-C-…

| | | | |

H H H

=

evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas1
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Qué es una proteína? Representaciones tradicionales

7TAA PDB

evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas2
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Axioma: No existen dos seres vivos idénticos

-Consecuencia: La estructura molecular de los seres vivos es distinta

entre individuos.

  • Como demostrarlo?
  • Modelo de estudio: Estructura de proteínas (~83,000 estructuras,
  • 2,800 plegamientos)
evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas3
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Observación: No existen 2 proteínas que realicen la misma función en un organismo, si éstas no son idénticas.
  • Mapeo de los aminoácidos críticos para la función de las proteínas a partir
  • de la estructura 3D.
  • Evaluación de distintas formas de construcción de redes a partir de la estructura
  • 3D de las proteínas de gráficas y diversas medidas de centralidad
  • Closeness centrality (BMC Bioinformatics 2005, 6:213)
  • y Betweeness (trabajo en preparación)
evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas4
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Closeness Centrality: todo en uno.
evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas5
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Betweeness: todos pero en partes.
evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas6
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Betweeness: Confórmeros funcionales
evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas7
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Predicción de la estructura de proteínas

Red

AA críticos

evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas8
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Predicción de la estructura de proteínas (NIM)

-Correlacionar los residuos conservados con los centrales observados en modelos

-CASP6: Los modelos generados estuvieron a 2.0 A de la estructura experimental

ASDFRGWENMVCLKPY

A F M Y

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Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Predicción de la estructura de las proteínas: UniGraph
  • Conjetura: Las redes derivadas de la estructura de las proteínas poseen
  • conjuntos únicos de aa centrales.

- Aproximaciones: NIM, UniGraph.

evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas10
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
evaluaci n funcional de redes biol gicas para la predicci n de la estructura de las prote nas11
Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
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Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
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Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • Propiedades topológicas de las gráficas derivadas de la estructura 3D de las proteínas
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Evaluación Funcional de Redes Biológicas para laPredicción de la Estructura de las Proteínas
  • UniGraph

- Evaluación en CASP7 (Mayo-Agosto 2006)

- Generación de grafos tipo estructura 3D de proteínas

  • Planteamiento de ecuaciones diferenciales para la combinatoria de
  • plegamientos observados.