Структурные единицы белков

2. Структурные единицы белков Основные понятия

3. Структурные мотивы Топология Архитектура

4. Структурный мотив это набор сходно расположенных в пространстве элементов вторичной структуры, обнаруживаемый в пространственных структурах многих, не обязательно гомологичных, белков. Некоторым структурным мотивам приписывается определенная функциональная или структурная роль в белке.

5. Часто встречающиеся структурные мотивы • Смешанные альфа-бета • - бета-альфа-бета • Альфа-спиральные • - шпилька альфа-спиралей • - спираль-поворот-спираль • - лейциновая молния • - 3х-спиральный узел • - пучок параллельных спиралей Бета-структурные • бета-шпилька • греческий ключ • рулет • меандр • интерлок

6. Бета-шпилька (beta hairpin) Вопрос. Различаются ли правая и левая шпильки?

7. Греческий ключ Меандр Один бета-лист Один или два бета-листа Меандр – река в Малой Азии Греческий ключ - узор

8. Два греческих ключа в структуре

9. Green Fluorescent Protein from Aequorea victoria Какие элементы супервторичной структуры можно найти? Рулет (jellyroll) Рулет

11. Интерлок (interlock, зацепление)

12. Strand 1 Strand 2 Strand 3 Strand 4 Strand 3 Strand 2 Strand 1 Sheet A Strand 4 Sheet B Интерлок (2) Strands 2 and 4 are antiparallel neighbors in a sheet (1) Strands 1 and 3 are antiparallel neighbors in a sheet (3) No strands of either sheet A or sheet B are contained in links connecting Strands 1 and 2 and Strands 3 and 4 resp. Вопрос.Различаются ли правый и левый интерлоки?

13. Смешанные Бета-альфа-бета Правосторонний Левосторонний (редкий)

14. Альфа-спиральные Контакты альфа-спиралей разнообразны (нет универсальных взаимодействий типа водородных связей между тяжами) Поэтому спиральные элементы супервторичной структуры и структурные мотивы плохо определены. Шпилька из альфа-спиралей Вопрос.Что значит “плохо определены”?

15. Мотив спираль-поворот-спираль (helix-turn-helix, HTH) Трехспиральный узед

16. HTH мотив вписан в глобулу, обычно образованную тремя или четырьмя спиралями Трехспиральный узел: гомеодомены Mata1-Matalpha2 Четырехспиральный узел: лямбда-реппрессор из фага лямбда

17. Четырехспиральный узел2cro

18. Структурный мотив “лейциновая молния” Встречается и в фибриллярных, и в глобулярных белках, чаще всего – факторах транскрипции. В факторах транскрипции играет две роли одновременно: (1) димеризация; (2) узнавание определенной последовательности ДНК и связывание фактора с ней (“специфическое узнавание ДНК”)

19. Как лейциновая молния (Leucine zipper) проявляется в структуре? Лейциновая молния PDB код 1ci6 Показаны каждый 7й остаток цепей A и B; Leu - зеленые (A) и темнозеленые (B)

20. Спирализованная спираль проявляется в последовательностипериодичностью.Например, иногда - лейциновой молнией Белок SCP1 из синаптонемного комплекса – тоже coiled coil

21. 5’ 3’ Сахарофосфатный остов ‘обратной’ цепи Большая бороздка Вот что нужно узнавать! Малая бороздка Большая бороздка Сахарофосфатный остов ‘прямой’ цепи 3’ 5’

22. Вот как расположены домены ‘лейциновая молния’ при связывании ДНК 1NWQ: транскрипционный фактор CCAAT/enhancer-binding protein (C/EBPs) крысы

23. Мотивы в “периодических” структурах • Спирализованная спираль (Coiled coil) (миозин, альфа-кератин) • Тройная спираль(коллаген) • Бета-спираль (beta-helix, beta-prism) (фиброин паутины)

24. Миозин – фибриллярный белок

25. Тропомиозин из сердечной мышцы кролика (это не миозин, но тоже двойная спирализованная спираль - coiled coil) PDB 2TMA. РСА, разрешение 15 ангстрем Две параллельные альфа-спирали

26. Упражнение. Сколько остатков в полипептидной цепи, составляющей спирализованный хвост миозина (длина его 150нм)? Различные филаменты могут быть видны и измерены в электронном микроскопе. Поэтому знание последовательности белка и ее длины может помочь в идентификации его функции. Пример: SCP1 (Ю.Ф. Богданов с соавт.2003). Предложенная модель: Последовательность SCP1 состоит 976aa

27. Белки colied coil 1QU7: E.colicytoplasmic domain of a serine chemotaxis receptor.2.6Å Четыре антипараллельных спирали 1M1J: native chicken fibrinogenтри параллельных спирали. 2.7Å

28. Тропоколлаген – тройная спираль 1BKV: синтетический коллагеноподобный белок с природной последовательностью PRO-HYP- GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-ILE-THR-GLY-ALA-ARG-GLY-LEU-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP- ========= G-X-X

29. Тройная спираль удерживается регулярными водородными связями остовных атомов i-я тройка Цепь A i-я тройка: Gly-Pro-Hyp (i+1)-я: Gly-Pro-Hyp Цепь B (i+1)-я Цепь C

30. ПРАВИЛО: Цепь B Цепь A Цепь C Gly.N из (i+1)-й тройки цепиобразует водородную связь с Pro.O из i-й тройки следующей по стрелке цепи

31. Модель коллагена (5 цепей тропоколлагена) Соседние тропоколлагены связаны водородными связями гидроксильных групп гидроксипролина с остовными кислородами

32. Фиброин паутины – 2-бета-спираль (beta helix or solenoid)

33. 3-бета-спираль. Содержит повторяющийся (несовершенный) гексапептид [LIV]-[GAED]-X2-[STAV]-X Такую структуру имеют т.н. “гексапептид ацилтрансферазы”

34. Бета-призма I VITELLINE from HEN (1vmo) Бета-призма II LECTIN FROM SNOWDROP (1jpc)

35. Тройная спираль. Фибритин аденовируса, сцепленный с похожим белком бактериофага T4 (1v1h)