slide1 n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
Структурные единицы белков PowerPoint Presentation
Download Presentation
Структурные единицы белков

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 35

Структурные единицы белков - PowerPoint PPT Presentation


  • 276 Views
  • Uploaded on

Структурные единицы белков. Основные понятия. Структурные мотивы Топология Архитектура. Структурный мотив это набор сходно расположенных в пространстве элементов вторичной структуры, обнаруживаемый в пространственных структурах многих, не обязательно гомологичных, белков.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

Структурные единицы белков


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
slide3
Структурные мотивы

Топология

Архитектура

slide4

Структурный мотив это

набор сходно расположенных в пространстве

элементов вторичной структуры,

обнаруживаемый в пространственных структурах

многих, не обязательно гомологичных, белков.

Некоторым структурным мотивам приписывается

определенная функциональная или структурная

роль в белке.

slide5
Часто встречающиеся структурные мотивы
  • Смешанные альфа-бета
    • - бета-альфа-бета
  • Альфа-спиральные
    • - шпилька альфа-спиралей
    • - спираль-поворот-спираль
    • - лейциновая молния
    • - 3х-спиральный узел
    • - пучок параллельных спиралей

Бета-структурные

  • бета-шпилька
  • греческий ключ
  • рулет
  • меандр
  • интерлок
slide6

Бета-шпилька (beta hairpin)

Вопрос. Различаются ли правая и левая

шпильки?

slide7

Греческий ключ

Меандр

Один бета-лист

Один или два бета-листа

Меандр – река в Малой Азии

Греческий ключ - узор

jellyroll

Green Fluorescent Protein from Aequorea victoria

Какие элементы супервторичной

структуры можно найти?

Рулет (jellyroll)

Рулет

slide12

Strand 1

Strand 2

Strand 3

Strand 4

Strand 3

Strand 2

Strand 1

Sheet A

Strand 4

Sheet B

Интерлок

(2) Strands 2 and 4 are antiparallel

neighbors in a sheet

(1) Strands 1 and 3 are antiparallel neighbors in a sheet

(3) No strands of either sheet A

or sheet B are contained in links connecting Strands 1 and 2 and Strands 3 and 4 resp.

Вопрос.Различаются ли правый и левый интерлоки?

slide13

Смешанные

Бета-альфа-бета

Правосторонний

Левосторонний

(редкий)

slide14

Альфа-спиральные

Контакты альфа-спиралей разнообразны (нет универсальных взаимодействий типа водородных связей между тяжами) Поэтому спиральные элементы супервторичной структуры и структурные мотивы плохо определены.

Шпилька из альфа-спиралей

Вопрос.Что значит “плохо определены”?

slide15

Мотив спираль-поворот-спираль

(helix-turn-helix, HTH)

Трехспиральный узед

slide16
HTH мотив вписан в глобулу, обычно образованную тремя или четырьмя спиралями

Трехспиральный узел: гомеодомены Mata1-Matalpha2

Четырехспиральный узел: лямбда-реппрессор из фага лямбда

slide18

Структурный мотив “лейциновая молния”

Встречается и в фибриллярных, и в глобулярных белках, чаще всего – факторах транскрипции.

В факторах транскрипции играет две роли одновременно:

(1) димеризация; (2) узнавание определенной последовательности ДНК и связывание фактора с ней (“специфическое узнавание ДНК”)

slide19

Как лейциновая молния (Leucine zipper) проявляется в структуре?

Лейциновая молния

PDB код 1ci6

Показаны каждый 7й

остаток цепей A и B;

Leu - зеленые (A) и

темнозеленые (B)

slide20

Спирализованная спираль проявляется в последовательностипериодичностью.Например, иногда - лейциновой молнией

Белок SCP1 из синаптонемного комплекса – тоже coiled coil

slide21

5’

3’

Сахарофосфатный остов ‘обратной’ цепи

Большая бороздка

Вот что нужно узнавать!

Малая бороздка

Большая бороздка

Сахарофосфатный остов ‘прямой’ цепи

3’

5’

slide22

Вот как расположены домены ‘лейциновая молния’ при связывании ДНК

1NWQ: транскрипционный фактор

CCAAT/enhancer-binding protein (C/EBPs) крысы

slide23

Мотивы в “периодических” структурах

  • Спирализованная спираль (Coiled coil) (миозин, альфа-кератин)
  • Тройная спираль(коллаген)
  • Бета-спираль (beta-helix, beta-prism) (фиброин паутины)
slide25

Тропомиозин из сердечной мышцы кролика (это не миозин, но тоже двойная спирализованная спираль - coiled coil)

PDB 2TMA. РСА, разрешение 15 ангстрем

Две параллельные альфа-спирали

slide26

Упражнение. Сколько остатков в полипептидной цепи, составляющей спирализованный хвост миозина (длина его 150нм)?

Различные филаменты могут быть видны и измерены в

электронном микроскопе. Поэтому знание последовательности

белка и ее длины может помочь в идентификации его функции.

Пример: SCP1 (Ю.Ф. Богданов с соавт.2003). Предложенная модель:

Последовательность SCP1 состоит 976aa

slide27

Белки colied coil

1QU7: E.colicytoplasmic domain

of a serine chemotaxis receptor.2.6Å

Четыре антипараллельных спирали

1M1J: native chicken fibrinogenтри параллельных спирали. 2.7Å

slide28

Тропоколлаген – тройная спираль

1BKV: синтетический

коллагеноподобный

белок с природной

последовательностью

PRO-HYP-

GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-ILE-THR-GLY-ALA-ARG-GLY-LEU-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-

=========

G-X-X

slide29

Тройная спираль удерживается регулярными водородными связями остовных атомов

i-я тройка

Цепь A

i-я тройка:

Gly-Pro-Hyp

(i+1)-я:

Gly-Pro-Hyp

Цепь B

(i+1)-я

Цепь C

slide30

ПРАВИЛО:

Цепь B

Цепь A

Цепь C

Gly.N из (i+1)-й тройки цепиобразует водородную связь с Pro.O из i-й тройки следующей по стрелке цепи

slide31

Модель коллагена (5 цепей тропоколлагена)

Соседние

тропоколлагены

связаны водородными

связями

гидроксильных групп

гидроксипролина

с остовными

кислородами

slide33

3-бета-спираль. Содержит повторяющийся (несовершенный) гексапептид [LIV]-[GAED]-X2-[STAV]-X Такую структуру имеют т.н. “гексапептид ацилтрансферазы”

slide34

Бета-призма I

VITELLINE from HEN

(1vmo)

Бета-призма II

LECTIN FROM SNOWDROP

(1jpc)

slide35

Тройная спираль.

Фибритин аденовируса,

сцепленный с похожим

белком бактериофага T4

(1v1h)