rna and protein 3d structure modeling similarities and differences n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
RNA and protein 3D structure modeling: similarities and differences PowerPoint Presentation
Download Presentation
RNA and protein 3D structure modeling: similarities and differences

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 15

RNA and protein 3D structure modeling: similarities and differences - PowerPoint PPT Presentation


  • 109 Views
  • Uploaded on

RNA and protein 3D structure modeling: similarities and differences. Plan. Wstęp- RNA i białka Podejście Fizyczne Podejście Ewolucyjne Podejście Mieszane Ocena Technik. RNA i białka. Są liniowymi polimerami złożonymi z organicznych zestawów bloków ( rybonukleotydów i aminokwasów )

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'RNA and protein 3D structure modeling: similarities and differences' - loan


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
slide2
Plan
  • Wstęp- RNA i białka
  • Podejście Fizyczne
  • Podejście Ewolucyjne
  • Podejście Mieszane
  • Ocena Technik
rna i bia ka
RNA i białka
  • Są liniowymi polimerami złożonymi z organicznych zestawów bloków (rybonukleotydów i aminokwasów)
  • Każdy fragment można podzielić na cześć charakterystyczną tej makrocząsteczki "backbone" (kręgosłup) i zmienną część "sidechain" (boczny łańcuch)
  • Całość trzyma się dzięki wiązaniom kowalencyjnym
r nice
Różnice
  • Mają inne inicjujące zdarzenia prowadzące do zwijania się
  • Struktura 2-rzedowa białek jest formowana dzięki wiązaniom wodorowym w main-chain, a RNA obejmuje wiązania wodorowe pomiędzy łańcuchami pobocznymi
dlaczego modelowa struktury 3d
Dlaczego modelować struktury 3D?
  • Funkcje RNA i białka zależą od ich budowy
  • Eksperymentalne określenie struktury jest kosztowne i trudne
podej cie fizyczne ab initio
Podejście Fizyczne (ab initio)
  • Bazuje na hipotezie termodynamiki Anfinsena
  • Symuluje proces zwijania się białka
  • Zazwyczaj implementują moleculardynamics (MD) i Monte Carlo (MC)
  • AMBER, CHARMM, GROMOS, Vfold, DMD
problemy ab initio
Problemy ab initio
  • Posiada wiele stopni swobody
  • Duża koszt obliczeń (w terminologii komputerowej)
  • Problem ze zidentyfikowaniem globalnego minimum energetycznego z powodu dużej liczby minimów lokalnych
  • Niektóre elementy (np. entropia) są bardzo trudne do wyliczenia i mogą przy większych cząsteczkach być wnioskowane niedokładnie
  • Reprezentacja współrzędnych
sposoby zwi kszenia wydajno ci
Sposoby zwiększenia wydajności
  • Wewnętrzne układy współrzędnych
  • Gruboziarnistość (białka: UNRES)
podej cie ewolucyjne
Podejście Ewolucyjne
  • Zalety:
    • nie tak złożone obliczeniowo jak ab initio
    • struktury wyższych rzędów są bardziej konserwatywne
  • Wady
    • potrzebuje wzorca
    • potrzebuje dobrego przyrównania
    • przy złym wzorcu i przyrównaniu wynik może zupełnie odbiegać od prawidłowego
  • MODELLER,SWISS-MODEL,RNABuilder,ModeRNA
podej cie hybrydowe de novo
Podejście Hybrydowe (de novo)
  • Zalety:
    • Daje najlepsze rezultaty
  • Wady
    • współdzieli z ab initio
  • ROSETTA, CABS, REFINER, TASSER, FARNA/FARFAR
modelowanie struktur 3d
Modelowanie struktur 3D
  • Na początku było przez ekspertów za pomocą interfejsów graficznych
  • Nowe zautomatyzowane metody musiały być testowane (CASP, Livebench)
  • Pojawia się problem miary i oceny
miary
Miary
  • RSDM -pomiędzy atomami optymalnie nałożonych struktur
    • zalety: można ograniczać sie do rdzeni lub stosować do wszystkich atomów w zależności od potrzeb
    • wady: małe zakłócenia w jednej części struktury dają duży wynik
  • GDT_TSi TM
    • specjalnie do protein
    • uważane prawie za standard
    • mogą być użyte do RNA
miary dla rna
Miary dla RNA
  • "białkowe" miary nie zwracają uwagi na kluczowe i unikalne cechy RNA
  • Deformationindex (DI) i Deformation profile (DP)