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AULA 2 – Genoma – Estrutura e Análise

AULA 2 – Genoma – Estrutura e Análise BLUMENTHAL T., EVANS D., LINK C. D., GUFFANTI A., LAWSON D., THIERRY-MIEG J., THIERRY-MIEG D., CHIUK W. L., DUKE K., KIRALY M. & KIM S.K. (2002) A global analysis of Caenorhabditis elegans operons. Nature 417 , 851-854.

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Presentation Transcript

  1. AULA 2 – Genoma – Estrutura e Análise • BLUMENTHAL T., EVANS D., LINK C. D., GUFFANTI A., LAWSON D., THIERRY-MIEG J., THIERRY-MIEG D., CHIUK W. L., DUKE K., KIRALY M. & KIM S.K. (2002) A global analysis of Caenorhabditis elegans operons. Nature 417, 851-854. • DURET L. (2000) tRNA gene number and codon usage in the C. elegans genome are co-adapted for optimal translation of highly expressed genes. TIG 16, 287-289. • REBOUL J. e cols. (2003) C. elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression. Nature Genetics 34, 35-41.

  2. Os cromossomos de C. elegans são multicêntricos C. elegans H. sapiens D. melanogaster Imunofluorescência com anticorpos que reconhecem proteínas centroméricas Henikoff e cols. Science 293, 1098-1102, 2001

  3. Informação genômica e pós-genômica Sternberg, Cell 105, 173-176, 2001

  4. Comparação de genomas Permitem responder diferentes perguntas Hardison, PLoS Biol 1, 156-160, 2003

  5. Comparação entre genes de C. briggsae e C. elegans que codificam proteínas Stein e cols., PLoS Biol. 1, 166-192, 2003

  6. perda e ganho de introns reorganização do genoma blocos de genes cuja ordem é conservada troca silenciosa de bases Mudanças rápidas no genoma e conservação física nos nematóides Blaxter, Nature 426, 395-396, 2003

  7. Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

  8. Uma janela do Intronerator Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

  9. RNAi Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

  10. Perfis de expressão gênica a partir de experimentos de "microarray" Perfil de expressão de mcm-5 Perfil de expressão de mcm-5 ref = RNA extraído de hermafroditas de diferentes estágios misturados Comparação de adultos selvagens (wt) e mutantes sem linhagem germinativa (glp-4) e entre mutantes que só produzem espermatozóides [fem-1(gf)] e só ovócitos [fem-3(lf)] Kim, Nature Rev Genet. 2, 681-689, 2001

  11. Outro exemplo de "microarray" para estudar expressão Reinke, Nature Genet.(suppl) 32, 541-546, 2002

  12. Clonagem "gateway" do ORFeoma Reboul et cols. Nature Genet. 2003

  13. OCE (ORF cloning eficiency) Reboul et cols. Nature Genet. 2003

  14. Operons em C. elegans von Mering & Boork, Nature 417, 797-798, 2002

  15. O primeiro operon identificado em C. elegans Blumenthal & Gleason, Nature Rev. Genet. 4, 110-118, 2003

  16. Tipos de proteínas Classes funcionais Classes funcionais Classes de operons em C. elegans Blumenthal & Gleason, Nature Rev. Genet. 4, 110-118, 2003

  17. Freqüência de aminoácidos e tRNAs isoaceptores Duret, TIG 16, 287-289, 2000

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