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タンパク質ドメイン検索

タンパク質ドメイン検索. タンパク質ドメイン. タンパク質の特定の機能、構造に対応する短い類似アミノ酸配列領域（ 30 アミノ酸 ~ ） ある特殊な機能を果たす部位（例：酵素活性部位） 他の物質と相互作用する部位（例：タンパク質相互作用部位） 進化的に保存された領域 モチーフ ドメイン同様に活性部位などの重要な特徴を表すような、よく保存されたアミノ酸のパターン ドメインより小さい構成単位とされているが（ 3~10 アミノ酸）、ドメインと特に明確な使い分けがされているわけではない. タンパク質 ドメイン解析.

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タンパク質ドメイン検索

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Presentation Transcript

  1. タンパク質ドメイン検索

  2. タンパク質ドメイン • タンパク質の特定の機能、構造に対応する短い類似アミノ酸配列領域（30アミノ酸~） • ある特殊な機能を果たす部位（例：酵素活性部位） • 他の物質と相互作用する部位（例：タンパク質相互作用部位） • 進化的に保存された領域 • モチーフ • ドメイン同様に活性部位などの重要な特徴を表すような、よく保存されたアミノ酸のパターン • ドメインより小さい構成単位とされているが（3~10アミノ酸）、ドメインと特に明確な使い分けがされているわけではない

  3. タンパク質ドメイン解析 • 配列相同性検索（BLAST, FAST）では全長にわたって高い相同性をもつ遺伝子が得られない • 得られてもその遺伝子も機能未知である • タンパク質を一つの固まりとしてではなく、異なる機能をもった保存領域の組み合わせとして捉える ? 相同性 相同性 機能未知アミノ酸配列 機能未知アミノ酸配列

  4. 代表的なタンパク質ドメインデータベース

  5. InterPro/InterProScan 代表的なタンパク質ドメインデータベース11個（2013年6月現在）を統合したデータベース、及びその解析ツール http://www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/ • CATH-Gene3D, HAMAP, PANTHER, PIRSF, PRINTS, PROSITE, Pfam, ProDom, SMART, SUPERFAMILY, TIGRFAMs • 各データベースのプログラムの解析手法をそれぞれ採用し、結果を返す • 核酸配列も6個の読み枠でアミノ酸配列に変換し解析

  6. InteProScan：入力配列のフォーマット MALLAEHLLKPLPADKQIETGPFLEAVSHLPPFFDCLGSPVFTPIKADISGNITKIKAVYDTNPAKFRTLQNILEVEKEMYGAEWPKVGATLALMWLKRGLRFIQVFLQSICDGERDENHPNLIRVNATKAYEMALKKYHGWIVQKIFQAALYAAPYKSDFLKALSKGQNVTEEECLEKIRLFLVNYTATIDVIYEMYTQMNAELNYKV ※核酸配列も可

  7. InteProScan：データの入力・実行 アミノ酸配列入力 アミノ酸配列ファイルアップロード 実行

  8. InteProScan：解析結果2 解析結果 InteProデータベースへリンク

  9. InteProScan：解析結果2

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