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BASES DE MICROBIOLOGIE. Anie RAOULT Biologiste Centre Hospitalier D’HYERES. Septembre 2010. IFSI Toulon Hyères. 1. La qualité du résultat est directement proportionnelle à la qualité du prélèvement. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères. IFSI Toulon Hyères. 2.

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  1. BASES DE MICROBIOLOGIE Anie RAOULT Biologiste Centre Hospitalier D’HYERES Septembre 2010 IFSI Toulon Hyères 1

  2. La qualité du résultat est directement proportionnelle à la qualité du prélèvement Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 2

  3. Un bon prélèvement microbiologique est toujours • Correctement prescrit !! • Correctement identifié • Accompagné de renseignements cliniques • Apporté rapidement au laboratoire Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 3

  4. Identifier les microorganismes • Prélèvements • modes opératoires précis • renseignements indispensables • Examens des prélèvements • directe au microscope • cultures • Tests de sensibilité aux antibiotiques • antibiogramme Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 4

  5. Sensibilité d’un ATB ( 1 ) • BUT = classement en catégorie clinique au nombre de trois • 1/ SENSIBLE • 2/ RESISTANT • 3/ INTERMEDIAIRE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 5

  6. Sensibilité d’un ATB ( 2 ) • 1/ SENSIBLE: Les souches S sont celles pour lesquelles la probabilité de succès thérapeutique est acceptable. On doit s'attendre à un effet thérapeutique dans le cas d'un traitement à dose habituelle par voie générale. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 6

  7. Sensibilité d’un ATB ( 3 ) • 2/ RESISTANT: Les souches R sont celles pour lesquelles il existe une forte probabilité d'échec thérapeutique. On ne peut s'attendre à un effet thérapeutique quel que soit le traitement. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 7

  8. Sensibilité d’un ATB ( 4 ) • 3/ INTERMEDIAIRE: Les souches I sont celles pour lesquelles le succès thérapeutique est imprévisible. Elles forment un ensemble hétérogène pour lequel la seule valeur de la CMI n'est pas prédictive. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 8

  9. Antibiogramme Résistant Sensible Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 9

  10. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 10

  11. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 11

  12. Sensibilité d’un ATB ( 5 ) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 12

  13. Sensibilité d’un ATB ( 6 ) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 13

  14. Sensibilité d’un ATB ( 7 ) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 14

  15. Sensibilité d’un ATB ( 8 ) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 15

  16. GENETIQUE BACTERIENNE ( 1 ) • A partir d’une culture PURE, on peut obtenir un mélange de bactéries : • Variation PHENOTYPIQUE, adaptation aux conditions extérieures • REVERSIBLE, INSTABLE, NON HEREDITAIRE • Variation GENOTYPIQUE = MUTANT • IRREVERSIBLE, STABLE, TRANSMISE à la DESCENDANCE Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 16

  17. GENETIQUE BACTERIENNE ( 2 ) • A partir de bactéries DIFFERENTES de génotype différents, des TRANSFERTS GENETIQUES entre une bactérie DONATRICE et une RECEPTRICE par 3 mécanismes : • Transformation : transfert d’ADN • Transduction : transfert par un bactériophage • Conjugaison : union entre une bactérie mâle et une femelle, transmettre soit : • Fraction de chromosome • Plasmides, éléments génétiques autonomes. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 17

  18. Résistance ( 1 ) • Naturelle • Phénotype « sauvage » ou sensible  • Propre à une espèce bactérienne • Support chromosomique • Définit le spectre d'activité d'un antibiotique Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 18

  19. Résistance ( 2 ) • Acquise • Apparaît dans population sensible • Phénotypes « résistants » • Support chromosomique ou plasmidique • Fréquence variable (date, lieu, type de service) • Justifie antibiogramme systématique Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 19

  20. Résistance ( 3 ) • Mécanismes de résistance • Dégradation enzymatique des antibiotiques • Altération des protéines cibles • Modification de la perméabilité membranaire • "By pass" • Efflux actif Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 20

  21. Résistance ( 4 ) • Support génétique de la résistance • Chromosomique • Mutation (spontanée, rare, transmission verticale) • Extra-chromosomique • Echange de matériel génétique (plasmide,transposon) (fréquente, transmission verticale et horizontale) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 21

  22. Résistance aux Beta-lactaminesPrincipaux mécanismes Septembre 2009 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 22

  23. Résistances aux bêta-lactaminesEvolution des bêta-lactamases Céphalosporinases plasmidiques P. aeruginosa, méropénèmases B. fragilis Bêta-lactamases à spectre étendu K. pneumoniae, P. mirabilis, E. coli Céphasloporinases déréprimées P. aeruginosa, Enterobacter sp., Serratia sp., Citrobacter freundii Pénicillases des BGN N. gonorrhoeae, B. catarrhalis, H. influenzae P. aeruginosa, entérobactéries Céphalosporinase inductible entérobactéries Pénicillinase S. aureus 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 23

  24. Résistance aux aminosidesPrincipaux mécanismes • Inactivation enzymatique +++ • Support plasmidique • S. aureus, entérobactéries • Modification de la perméabilité • Altération du transport • Support chromosomique • Résistance croisée à tous les aminosides • P. aeruginosa, E. coli • Modification de la cible • Chromosomique, rare Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 24

  25. Résistance aux aminosidesEnzymes modificatrices des aminosides • Support plasmidique • 3 classes d'enzymes : • acétyltransférase (AAC) • phosphotransférase (APH) • nucléotidyltransférase (ANT) • Chaque enzyme inactive un sous-groupe d'aminosides • Chaque souche peut produire 1 ou plusieurs enzymes Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 25

  26. Résistance aux quinolonesCaractéristiques : • Chromosomique • Polymorphe • Modification de cible et de perméabilité • Efflux • Endémique • Infections nosocomiales +++ Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 26

  27. S. aureus et bêta-lactamines • Péni-S - Méti-S : • Sensible à toutes les bêta-lactamines • Péni-R - Méti-S : (bêta-lactamases) • Résistant aux pénicillines G, V et A • Sensible aux pénicillines M • Sensible aux inhibiteurs des bêta-lactamases • Péni-R - Méti-R : (bêta-lactamases, PLP2a) • Résistant à toutes les bêta-lactamines • Peu sensible aux inhibiteurs des bêta-lactamases Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 27

  28. Phénotype de K. pneumoniaeet bêta-lactamines • Sauvage (pénicillinase bas niveau) • Résistant aux : • pénicilline G et V • amino- et carboxypénicillines • Pénicillinase haut niveau Résistant aux : • amino- et carboxypénicillines • uréidopénicillines • C1G • inhibiteurs des BL • Bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 28

  29. K. pneumoniae et bêta-lactamasesà spectre étendu (BLSE) • Dérivés par mutation des bêta-lactamases type TEM, SHV • Support plasmidique • Spectre • résistant à toutes les bêta-lactamines • sauf imipénème, céphamycines (céfotétan essentiellement) et inhibiteurs BL • Fréquence • variable en moyenne 10 % souches hospitalières (100 % dans certaines unités) Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 29

  30. FACTEURS favorisant la SELECTION de bactéries résistantes Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 30

  31. Prévention de la sélection des bactéries résistantes • Identifier les situations à risque • Bactéries, antibiotiques, foyer infectieux • Diminution de l’inoculum bactérien • Drainage, choix d’un antibiotique non mutagène ( Oxacilline et S.aureus) • Posologie suffisante • Concentration locale supérieure à la CMI bactérienne • Association d’antibiotiques • Actif sur la population sensible • De pharmacocinétique proche • Pas de résistance croisée entre les ATB associés • A la phase initiale pour réduire rapidement l’inoculum. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 31

  32. RÔLE DU LABORATOIRE MISE EN EVIDENCE DES BMR Septembre 2010 IFSI Toulon Hyères 32

  33. QUELQUES VIRUS Septembre 2010 IFSI Toulon Hyères 33

  34. VIRUS ( 1 ) • Virus à ADN • Adénovirus : gastro-entérites, infec.respiratoires • Cytomégalovirus : CMV • Epstein-Barr virus : EBV • Herpes virus : Herpès et varicelle • Hépatite B • Papillonavirus : verrues Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 34

  35. VIRUS ( 2 ) • Virus à ARN • Myxovirus : grippe, oreillons, rougeole • Rage • VRS : Virus Respiratoire Syncitial • Entérovirus : ECHOvirus et Coxsackie • Arbovirus : fièvre jaune et fièvres hémorragiques • Rotavirus : responsables de diarrhées • Hépatites A et C • Rétrovirus • HIV : virus de l’immunodéficience acquise Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 35

  36. HABITAT des BACTERIES Septembre 2010 IFSI Toulon Hyères 36

  37. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 37

  38. Septembre 2010 Anie RAOULT CH Hyères IFSI Toulon Hyères 38

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