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„Gültige Namen“ und ihre Eignung als Fixpunkte in taxonomischen Datenbankprojekten

„Gültige Namen“ und ihre Eignung als Fixpunkte in taxonomischen Datenbankprojekten. „Superspecies“ Euxoa tritici. tritici -> nigrofusca. crypta -> tritici. eruta. Namenswirrwarr. eruta. crypta. tritici. biscajana. nigrofusca. Detail. Probleme. Namen sind nicht eindeutig

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„Gültige Namen“ und ihre Eignung als Fixpunkte in taxonomischen Datenbankprojekten

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Presentation Transcript

  1. „Gültige Namen“ und ihre Eignung als Fixpunkte in taxonomischen Datenbankprojekten

  2. „Superspecies“ Euxoa tritici tritici -> nigrofusca crypta -> tritici eruta

  3. Namenswirrwarr eruta crypta tritici biscajana nigrofusca Detail

  4. Probleme • Namen sind nicht eindeutig • Namen sind nicht konstant • taxonomische Auffassungen ändern sich über die Zeit und unterscheiden sich bei verschiedenen Autoren • Wiederverwendung von Namen für unterschiedliche Konzepte >> Zuordung namensbasierter Daten (Ökologie, Verbreitung ...) schwierig. Beispiel Checklisten

  5. Kommunikation unter Taxonomen siehe http://www.gbif.org

  6. Das Drei-Ebenen-Modell siehe http://www.gbif.org

  7. Grundlegende logische Beziehungen zwischen den beidentaxonomischen Konzepten PT1 und PT2 siehe Moretax auf http://www.bgbm.org/BioDivInf/Projects/MoreTax/standard_liste_de.htm

  8. Fazit •  Namen alleine reichen nicht aus, um ein Taxon eindeutig zu identifizieren •  Namen, Taxa und Evidenzen (Instances) stellen die drei Schichten einer umfassenden Taxonbetrachtung dar • die Verbindung zwischen den Schichten erfolgt durch die Zu-weisung von Namen zu Evidenzen – damit wird ein taxonomisches Konzept umschrieben. Dies geschieht in einer Publikation • Die Wertung der Beziehung verschiedener taxonomischer Konzepte zueinander ist eine taxonomische Sicht • Verteilte Datenbanken werden möglich, da stabile Referenz durch Name + Publikation gegeben

  9. Internetadressen EDIS homepage: http://www.insects-online.de EDIS Web-Prototyp: http://www.s2you.com/edis/ EDIS Supportpage: http://www.vim.de/edis/ Moretax-Projekt: http://www.bgbm.org/BioDivInf/Projects/MoreTax/ Nomencurator: http://www.gbif.org/ytowlecture/

  10. Beispiel für ein gültiges XML-Dokument: <?xml version=“1.0“ encoding=“ISO-8859-1“?> <!DOCTYPE adressen SYSTEM "adressen.dtd"> <adressen> <datensatz> <nachname>Mayer</nachname> <vorname>Susanne</vorname> <ort>Bayreuth</ort> </datensatz> <datensatz> <nachname>Schulze</nachname> <vorname>Hugo</vorname> <ort>Ulm</ort> </datensatz> </adressen>

  11. Beispiel für ein gültiges XML-Dokument: <?xml version=“1.0“ encoding=“ISO-8859-1“?> <!DOCTYPE adressen SYSTEM "adressen.dtd"> <adressen> <datensatz> <nachname>Mayer</nachname> <vorname>Susanne</vorname> <ort>Bayreuth</ort> </datensatz> <datensatz> <nachname>Schulze</nachname> <vorname>Hugo</vorname> <ort>Ulm</ort> </datensatz> </adressen> XML-Deklaration

  12.  sie sind die Grammatik eines XML-Dokumentes  legen fest welche Elemente im XML-Dokument vorkommen dürfen/müssen, in welcher Reihenfolge bestimmte Elemente auftreten müssen und welche Attribute die Elemente besitzen dürfen/müssen  diese Regeln kann ein Programm zur Prüfung eines XML-Dokumentes verwenden und dem Autor Fehler anzeigen

  13. Beispiel für eine DTD: <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> <!ELEMENT adresse (datensatz)+> <!ELEMENT datensatz (nachname, vorname?, ort?)> <!ELEMENT nachname (#PCDATA)> <!ELEMENT vorname (#PCDATA)> <!ELEMENT ort (#PCDATA)>

  14. Beispiel für ein Schema: <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?> <xs:schema xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema"> <xs:element name="adresse"> <xs:complexType> <xs:sequence maxOccurs="unbounded"> <xs:element ref="datensatz"/> </xs:sequence> </xs:complexType> </xs:element> <xs:element name="datensatz"> <xs:complexType> <xs:sequence> <xs:element ref="nachname"/> <xs:element ref="vorname" minOccurs="0"/> <xs:element ref="ort" minOccurs="0"/> </xs:sequence> </xs:complexType> </xs:element> <xs:element name="nachname" type="xs:string"/> <xs:element name="ort" type="xs:string"/> <xs:element name="vorname" type="xs:string"/> </xs:schema>

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