Semantische klarstellung der repr sentation von prozeduren in snomed ct
Download
1 / 29

- PowerPoint PPT Presentation


  • 82 Views
  • Uploaded on

Semantische Klarstellung der Repräsentation von Prozeduren in SNOMED CT. Udo Hahn. Stefan Schulz, Susanne Hanser, Rüdiger Klar. Computerlinguistik Universität Jena. Med. Informatik, Universitätsklinikum Freiburg. Kontext: SNOMED CT ( Clinical Terms ).

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about '' - kanan


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
Semantische klarstellung der repr sentation von prozeduren in snomed ct

Semantische Klarstellung der Repräsentation von Prozeduren in SNOMED CT

Udo Hahn

Stefan Schulz, Susanne Hanser, Rüdiger Klar

ComputerlinguistikUniversität Jena

Med. Informatik, Universitätsklinikum Freiburg


Kontext snomed ct clinical terms
Kontext: in SNOMED CT (Clinical Terms)

  • Umfangreiches medizinisches Terminologiesystem

  • Entstanden durch Fusion, Erweiterung und Neustrukturierung von SNOMED RT und Clinical Terms Version 3 (ehem. Read Codes).

  • 364.000 Konzepte, 984.000 Terme, 1,45 Millionen definierter Relationen zwischen Konzepten

  • In USA und Großbritannien durch Regierungslizenzen gefördert

  • Intensive Auseinandersetzung mit SNOMED CT weltweit


Snomed ct notation in oav und beschreibungslogik

  • In Beschreibungslogik (DL) : in cf. Kent Spackman, AMIA 2002Glomeruläre Erkrankung ⊑NierenerkrankungGlomeruläre Erkrankung ⊑  has_finding_site.NiereGlomerulum ⊑  part-of.Niere

Syntax Semantics

Baader et al. Description Logics Handbook

SNOMED CT - Notation in OAV und Beschreibungslogik

  • Object – Attribute – Value (OAV) Triplets

  • Objekte und Werte sind SNOMED - “Konzepte”

  • Attribute sind SNOMED - “Relationen”


Ziel des vortrags
Ziel des Vortrags in

  • Ontologische Untersuchung von Prozessen in SNOMED CT

  • Klärung der Semantik der sog. “relationship group” - Attribute in SNOMED CT

  • Prozesse subsumieren

    • Diagnostische und therapeutische Prozeduren

    • Physiologische und pathologische Prozesse

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch


Hierarchische anordnung von prozessen

? in

?

?

?

Hierarchische Anordnung von Prozessen

Medizinische Prozedur

?

Chirurgischer Eingriff

?

?

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem

Magen, offen chirurgisch

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie


Eltern und kindprozesse

? in

?

?

?

Eltern- und Kindprozesse

Medizinische Prozedur

is-a

Taxonomie von Prozessen:

is-a Relation zwischen Eltern- und

Kindprozessen

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem

Magen, offen chirurgisch

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie


Prozesse und unterprozesse

? in

?

?

?

Prozesse und Unterprozesse

Medizinische Prozedur

is-a

Chirurgischer Eingriff

is-a

is-a

Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

Fremdkörperentfernung aus dem

Magen, offen chirurgisch

Prozesses/

SubProzesses

EndoskopischeExploration

Entfernung einesFremdkörpers

Entfernung einesFremdkörpers

Gastrotomie


Semantische klarstellung der repr sentation von prozeduren in snomed ct

Wie sind Prozesse mit ihren Subprozessen zu relationieren ? in

  • Ein (komplexer) Prozess steht zu seinen Subprozessen in einer taxonomischen Beziehung:

    • Subprozesse do existieren nicht gleichzeitig. Eine Instanz von Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch ist zunächst eine Instanz von Gastrotomie und danach eine Instanz von Fremdkörperentfernung aus dem Magen

  • Subprozesse sind Teile komplexer Prozesse :

    • Ein komplexer Prozess kann prinzipiell abgebrochen werden, bevor er vollendet ist. Daher kann Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch eigentlich erst dann instanziiert werden, wenn alle Subprozesse stattgefunden haben.


  • Theorie 1 ein komplexer prozess wird durch seine subprozesse subsumiert
    Theorie 1: Ein (komplexer) Prozess wird durch seine Subprozesse subsumiert

    Chirurgischer Eingriff

    is-a

    is-a

    is-a

    Gastrotomie

    EndoskopischeExploration

    Entfernung eines Fremdkörpers

    is-a

    is-a

    is-a

    is-a

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch


    Theorie 2 subprozesse stehen zu komplexen prozessen in einer teil ganzes beziehung
    Theorie 2: Subprozesse stehen zu komplexen Prozessen in einer Teil-Ganzes-Beziehung

    Chirurgischer Eingriff

    is-a

    is-a

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

     has-part

     has-part

     has-part

     has-part

    EndoskopischeExploration

    Entfernung einesFremdkörpers

    Gastrotomie


    Oav repr sentation in snomed ct
    OAV - Repräsentation in einer Teil-Ganzes-Beziehung SNOMED CT

    …kompatibel mit Theorie 1


    Theorie 1 ein komplexer prozess wird durch seine subprozesse subsumiert1
    Theorie 1: Ein (komplexer) Prozess wird durch seine Subprozesse subsumiert

    Chirurgischer Eingriff

    is-a

    is-a

    is-a

    Gastrotomie

    EndoskopischeExploration

    Entfernung eines Fremdkörpers

    is-a

    is-a

    is-a

    is-a

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch


    Oav repr sentation in snomed ct1
    OAV - Repräsentation in Subprozesse subsumiertSNOMED CT

    …kompatibel mit Theorie 1


    Bersetzung in beschreibungslogik
    Übersetzung in Beschreibungslogik Subprozesse subsumiert

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

    Gastrotomie AND

    Methode.Entfernung_Aktion AND

    Morphologie.Fremdkörper AND

    Methode.Inzision_Aktion AND

    Lokalisation.Magen_Struktur

    Inzision eines Fremdkörpers und Entfernung des Magens ??


    Relationship groups in snomed ct
    Subprozesse subsumiertRelationship Groups“in SNOMED CT


    Verschachtelung von relationship groups in beschreibungslogik
    Verschachtelung von „ Subprozesse subsumiertRelationship groups“ in Beschreibungslogik

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen offen chirurgisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

    Gastrotomie AND

     RG.(Methode.Entfernung_Aktion AND

    Morphologie.Fremdkörper) AND

     RG.(Methode.Inzision_Aktion AND

    Lokalisation.Magen_Struktur)

    RG1

    RG2

    Verwechslung ausgeschlossen. Welche Theorie ?


    Theorie 2 subprozesse sind teile komplexer prozesse
    Theorie 2: Subprozesse sind Teile komplexer Prozesse Subprozesse subsumiert

    Chirurgischer Eingriff

    is-a

    is-a

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

     has-part

     has-part

     has-part

     has-part

    EndoskopischeExploration

    Entfernung einesFremdkörpers

    Gastrotomie


    Theorie 2 subprozesse sind teile komplexer prozesse1

    Subprozesse subsumiert has-part.(Methode.Entfernung AND

    Morphologie.Fremdkörper)

    Theorie 2: Subprozesse sind Teile komplexer Prozesse

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

     has-part

     has-part

    Entfernung einesFremdkörpers

    Gastrotomie

    Inzision

    Entfernung

     Methode

     Methode

    Magen (Struktur)

    Fremdkörper

     Lokalisation

     Morphologie

     has-part.(Methode.Inzision AND

    Lokalisation.Magen_Struktur)


    Verschachtelung von relationship groups in beschreibungslogik1
    Verschachtelung von „ Subprozesse subsumiertRelationship groups“ in Beschreibungslogik

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

    Gastrotomie AND

     RG.(Methode.Entfernung_Aktion AND

    Morphologie.Fremdkörper) AND

     RG.(Methode.Inzision_Aktion AND

    Lokalisation.Magen_Struktur)

    RG1

    RG2


    Snomed relationship groups werden als has part interpretiert
    SNOMED „relationship groups“ werden als has-part interpretiert

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

    Gastrotomie AND

    has-part.(Methode.Entfernung_Aktion AND

    Morphologie.Fremdkörper) AND

    has-part.(Methode.Inzision_Aktion AND

    Lokalisation.Magen_Struktur)

    RG1

    RG2


    Differenz zwischen x and x aktion in snomed ct

    Theorie 1 interpretiert

    Theorie 2

    Differenz zwischen “X” and “X_Aktion” in SNOMED CT

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, offen chirurgisch

    Fremdkörperentfernung aus dem Verdauungstrakt AND

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen AND

    Gastrotomie AND

     has-part.(Methode.Entfernung_Aktion AND

    Morphologie.Fremdkörper) AND

     has-part.(Methode.Inzision_Aktion AND

    Lokalisation.Magen_Struktur)


    Fazit
    Fazit interpretiert

    • „Relationship groups“ in SNOMED CT entsprechen genau dann (?) der Relation „has-part“, wenn Prozesse involviert sind.

    • Dies sollte in der Dokumentation zu SNOMED deutlich gemacht werden

    • Der semantische Unterschied zwischen ähnlichen Klassen (z.B. Inzision_Aktion vs. Inzision) muss dem Anwender deutlich gemacht werden


    Kompletter artikel
    Kompletter Artikel interpretiert

    S. Schulz, U. Hahn, J. Rogers:

    Semantic Clarification of the Representation

    of Procedures and Diseases in SNOMED CT

    In: Connecting Medical Informatics and Bio-Informatics - Proceedings of MIE2005

    Volume 116 Studies in Health Technology and InformaticsEdited by: R. Engelbrecht, A. Geissbuhler, C. Lovis and G. MihalasIOS Press, August 2005, 1052 pp.,


    Semantic clarification of the representation of procedures and diseases in snomed ct

    Semantic Clarification of the Representation of Procedures and Diseases in SNOMED CT

    Stefan Schulz

    Jeremy Rogers

    Udo Hahn

    Medical Informatics University of Manchester(UK)

    Medical Informatics, Freiburg University Hospital (Germany)

    Jena University, Language & Information Engineering (Germany)


    Theory 1 prozess is instantiated by its subprozesse

    P and Diseases in SNOMED CT1

    P2

    P3

    P4

    P

    Theory 1: Prozess is instantiated by its Subprozesse

    P1

    P2

    P3

    P4

    P1

    P2

    P3

    P4

    P1

    P2

    P3

    P4

    P1

    P2

    P3

    P4

        

    P

    P

    P

    P

    instance-of

    instance-of

    instance-of

    instance-of

    p

    p

    p

    p

    t

    t1

    t2

    t3

    t4

    Acknowledgements: Boris Hennig, unpublished


    Difference between x and x action in snomed ct
    Difference between “X” and and Diseases in SNOMED CT“X-Action” in SNOMED CT

    RemovalOfForeignBodyFromStomachByIncision

    RemovalOfForeignBodyFromDigestiveSystem AND

    RemovalOfForeignBodyFromStomach AND

    IncisionOfStomach AND

     has-part.(Method.RemovalAction AND

    DirectMorphology.ForeignBody) AND

     has-part.(Method.IncisionAction AND

    ProcedureSite.stomachStructure)


    Theory 2 subprozesse are parts of their parent prozesses

    P and Diseases in SNOMED CT1

    P1

    P1

    P1

    P4

    P2

    P3

    P2

    P2

    P3

    P‘‘‘

    P‘‘

    P‘

    P

    Theory 2: Subprozesse are parts of their parent Prozesses

     has-part

    is-a

     has-part

    is-a

     has-part

    is-a

     has-part

    instance-of

    instance-of

    instance-of

    instance-of

    p

    p

    p

    p

    t

    t1

    t2

    t3

    t4


    Parent and child prozesses
    Parent and Child Prozesses and Diseases in SNOMED CT

    Chirurgischer Eingriff

    Taxonomy of Prozesses:

    is-a relation between parent and

    child Prozesses

    Fremdkörperentfernung aus dem

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

    Fremdkörperentfernung aus dem by incision

    Preparationfor Surgery

    Closure

    Preparationfor Endoscopy

    Extraction of Endoscope

    Incision

    Introduction of Endoscope

    Entfernung einesFremdkörpers

    Entfernung einesFremdkörpers

    Exploration

    Exploration

    t

    t


    Prozesses and subprozesses
    Prozesses and SubProzesses and Diseases in SNOMED CT

    Chirurgischer Eingriff

    Fremdkörperentfernung aus dem

    Fremdkörperentfernung aus dem Magen, endoskopisch

    Fremdkörperentfernung aus dem by incision

    Preparationfor Surgery

    Closure

    Preparationfor Endoscopy

    Extraction of Endoscope

    Incision

    Introduction of Endoscope

    Entfernung einesFremdkörpers

    Entfernung einesFremdkörpers

    Partonomy of Prozesses

    Exploration

    Exploration

    t

    t