蛋白質相關介紹

蛋白質相關介紹

大綱 • 蛋白質交互作用與複合體 • 各種編號 • 資料庫介紹 • 工具介紹

蛋白質交互作用與複合體 • 蛋白質會彼此結合在一起而形成蛋白質複合體(protein complex)以執行特殊功能。 • 蛋白質的結合稱作蛋白質與蛋白質交互作用(protein-protein interactions;PPI)。 • 許多學者研究蛋白質複合體是從圖論的觀點出發，主要是相互作用網路中密度高之區域極可能是蛋白質複合體。 • 目前尚未有其他先進探討蛋白質複合體中內部的關連性，故本文對真實的複合體做了密度和連通度的驗證。

蛋白質間交互作用相關研究 • 蛋白質是細胞中功能執行的最終產物，因此蛋白質體學其著重的議題是在討論蛋白質在細胞中所扮演的生理功能。由於蛋白質的功能發揮往往是經過數個蛋白質之間交互作用而達成，所以建立蛋白質間交互作用(protein-protein interaction)和蛋白質間交互作用網路(protein-protein interaction network)是目前研究蛋白質體學的起始課題

蛋白質編號

資料庫 • 目前常用資料庫有: • BOND (protein GI) • MIPS (Uniprot) and (Gene ID or Entrez ID) • NCBI • Biogrid (Gene ID or Entrez ID) • DIP • Gene Ontology (GO) • GNS • BLAST • NCBI - Batch

BOND • BOND為一個提供蛋白質複合體與複合體中蛋白質的GO生物功能的資料庫 • 目前人類的蛋白質複合體數量為653個 • 提供資料格式如下表，左表為Go Annotator資料，右表為DB Cross Reference資料 BOND的編號一個蛋白值擁有多個功能所擁有的GO功能

BOND(使用方法) • 網址:http://bond.unleashedinformatics.com/Action?pg=1001

BOND(主頁面)

BOND(搜尋結果)

BOND(儲存)

Mips • 網址: http://mips.helmholtz-muenchen.de/genre/proj/corum/

Mips(資料格式) 依照分號切割欄位

Mips欄位(EX) • Mips編號;複合體名稱;;物種;uniport ID(子單元);Gene ID(子單元) • 1;BCL6-HDAC4 complex;;Human;P41182 P56524;604 9759;

DIP • DIP 為一個提供蛋白質相互作用的資料庫 • 提供資料格式如下表：

頁面網址:http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi

NCBI • 完整名稱為美國國家生物資訊中心，是一個完整的生物料庫，除了許多的生物資料和工具之外，也提供論文下載。 • 網址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

NCBI

BioGrid • BioGrid 是一個公開的蛋白質與蛋白質相互作用資料庫 • BioGrid的資料量是DIP的數倍之多 • 提供資料格式如下表： • 網址:http://thebiogrid.org/download.php 主要使用的兩個欄位，每行代表兩者有交互作用物種:9606為人類

BioGrid

Gene Ontology • 基本上GO 主要由三個分支組成 • Molecular Function • Biological Process • Cellular Component

Gene Ontology

在GOformat 底下四個資料夾 function 、process、comnpent、defs 按右鍵另存新檔下載

找到Homo sapiens GO Annotations 按右鍵另存新檔下載

工具 • GNS:編號轉換 • NCBI:編號轉換，蛋白質序列下載 • Blast:序列比對

GNS • http://bioagent.iis.sinica.edu.tw/GeneAlias/#

How to Use • A. Search Methods • (1) FullText︰ • 目標︰訊息包含關鍵字的基因。 • 檢索字段︰全部基因訊息專欄 • 預訂透過︰ MySQL FullText • 使用情況︰ • 1. 使用者想要知道某種話或者片語用於描述基因多重要。 • 2. 使用者不知道哪種訊息話或者片語並且想要看看是否這與任何基因有關。

(2) Exact Match︰ • 目標︰搜尋選擇的專欄誰的完全適合那些使用者所輸入的關鍵字。 • 檢索字段︰選擇專欄 • 預訂透過︰基因符號 • 使用情況︰ • 1. 使用者想要查特殊的基因訊息。 (例如︰使用基因象徵尋找基因Id)

(3) Blurred Match︰ • 目標︰在被選擇的專欄中搜尋使用者輸入的關鍵字。 • 檢索字段︰選擇專欄 • 預訂透過︰基因符號 • 使用情況︰ • 1. 使用者想要用模糊搜尋來尋找某些關鍵字。

B. Search Hints • (1) 逐筆搜尋︰ • 1. 使用逗號 “,” 同時做多搜尋。 (例如︰A2M，AACS) • (2) 批量搜尋︰ • 1. 上載檔案形式︰正文檔案。 • 2. 關鍵字限制︰ 20000個關鍵字。

SelectBatchSearch

BatchSearch

Selected: Uniprot/Swissprot 可製作.txt檔來上傳，格式可自行分辨，或是指定選擇想轉制的格式

UploadTextDataFile

Results

NCBI-batch • Select the database : Gene • Upload the text file • Press the ‘retrieve’ button • http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez?db=Nucleotide

Protein-轉換and序列下載 Database選擇Protein

錯誤表 建議最好記下來

下載蛋白質序列 對應的編號下載選擇FASTA

Blast(安裝流程) • 1.到C槽建立一個資料夾 C:\ncbi-blastn\ • 2.把軟體放進此資料夾(blast-2.2.13-ia32-win32) • 3.開記事本鍵入[NCBI] Data="C:\ncbi-blast\data" • 4.並以ncbi.ini型式存入c:\WINDOWS裡

Blast(安裝流程) • 5.點擊軟體(blast-2.2.13-ia32-win32.exe)執行安裝 • 6.設定參數控制台系統進階環境變數系統變數下選擇Path編輯在變數值內加入;c:\ncbi-blast即可開始使用NCBI Blastn

Blast使用方式 • 以146490為範例，利用NCBI Blast軟體的blastp指令對所抓取的複合體序列進行序列比對。

Blast(批次處理) • 一筆一筆輸入太沒效率了，所以建立bat檔來做處理。 • 執行時只需將fasta檔放入相同的資料夾即可變更區域

Blast(批次處理) • 執行順序:Format->Score->1-6 • 每個bat檔皆須修改

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