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極小集合被覆を列挙する 実用的高速アルゴリズム

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極小集合被覆を列挙する 実用的高速アルゴリズム - PowerPoint PPT Presentation


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極小集合被覆を列挙する 実用的高速アルゴリズム. 宇野 毅明 国立情報学研究所 2002年3月 アルゴリズム研究会. 極小集合被覆とは. ・ E : 台集合     ・ F ⊆ 2 E : 集合族 ・ C ⊆ F が F の 集合被覆 ⇔ ∀ e ∈ E , ∃ S ∈ C , e ∈ S 極小集合被覆 :  他の集合被覆を含まない集合被覆. E = {1,2,3,4,5,6} F = {{1,2,3} , {1,4,5,6}, {1,3,5}, {2,4}, {5,6}}

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Presentation Transcript
slide1

極小集合被覆を列挙する実用的高速アルゴリズム極小集合被覆を列挙する実用的高速アルゴリズム

宇野 毅明

国立情報学研究所

2002年3月 アルゴリズム研究会

slide2
極小集合被覆とは

・ E : 台集合     ・ F⊆2E: 集合族

・ C⊆ Fが Fの集合被覆⇔∀e ∈ E , ∃S∈ C, e ∈ S

極小集合被覆 :  他の集合被覆を含まない集合被覆

E = {1,2,3,4,5,6}

F = {{1,2,3} , {1,4,5,6}, {1,3,5}, {2,4}, {5,6}}

集合被覆:         極小集合被覆:

{1,2,3 } , {1,2,3 }

{1, 3, 5 }, {1, 4,5,6}

{ 2, 4 },

{ 5,6}

slide3
極小集合被覆列挙問題

問題: 与えられた E , F ⊆ 2Eに対して, Fの極小集合被覆を全て出力せよ

・#P-completeである

・ 出力多項式のアルゴリズムがあるかどうか不明

・ 他のいろいろな問題と等価

(hypergraph dualization, minimal hitting set の列挙)

・ いろいろな人がチャレンジしている

・ 現在, 計算量の意味での最速なものは O(出力数log 出力数)

・ 実用上高速なアルゴリズムを作る研究も行われている

( Kavvadias & Stavropoulos ’99)

今回の研究: ↑のアルゴリズムを高速化

slide4
どうやって列挙するか?

・  一般に良く使われる列挙法 : 分割法

 解集合を2分割し, 各々を子問題として再帰的に解く

ただし   ・ 空集合と全体集合, という分割をしないこと

(子問題の解の存在性をチェックできること)

・ 再帰的に子問題が作成できること

簡単に,

「 ある Sを含む極小集合被覆」

「 ある Sを含まない極小集合被覆」

と分割すると, 前者が子問題として

表現できない(あるいは重なる)

無駄な出力の回数を解析   現在の計算量最速アルゴリズム

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他のアプローチ

台集合 E = {e1,…,en} を限定した問題を逐次解く方法

・ 最初 E1 = {e1} として問題を解く

・ 得られた解集合から, E2 = {e1,e2} の解集合を得る

・ 逐次 Eを大きくしていき, 解集合を更新し, En={e1,…,en} の解集合を得る

E1 ={e1} E2={e1,e2} ,…, En-1 ={e1,…,en-1} E ={e1,…,en}

問題点 : メモリを沢山消費

Kavvadias & Stavropoulos はメモリを使わないように改良

slide6
逆探索

Kavvadias & Stavropoulos の方法は, 逆探索として捉えられる

・ (特別なある一つの要素以外の)任意の解に, 親(他の解)を定義

・ただし, 各解が自分自身の真の先祖にならないこと

・ 親子関係から木(列挙木)が得られる

slide7
列挙木を深さ優先探索

・ 解を列挙するには, 列挙木を深さ優先探索すればよい

・ 列挙木全体を記憶しなくても, 現在の解の子供を列挙するアルゴリズムがあれば十分

・ 入力多項式のメモリしかいらない(木の高さが入力多項式なら)

(・ さらに, 子供に順序付けをして, 与えられた子供の次の子供を見つけるアルゴリズムがあると, 木の深さもメモリに影響しない)

slide8
極小集合被覆間の親子関係

E0 ,…, En のすべての極小集合被覆に定義

( Eiの極小集合被覆 Cを ( i ,C ) と表記する)

( E0 の極小集合被覆は( 0, φ) のみとする)

・極小集合被覆 ( i ,C )に対して,

1.C がEi-1の極小集合被覆ならば, ( i-1 ,C ) を親とする

2.そうでないなら, Cから(eiを含む集合) を取り除いたものを C’ として, ( i-1 ,C’ )を親とする

i=6    {1,2 }, {1,2,3 }

      { 3, 5 }, {1, 4,5 }

      { 2, 4, 6}, {1, 3, 5,6}

slide9
親子関係の妥当性

集合被覆 CがEi の極小集合被覆である ⇔Cの各集合 S に対して,Eiの要素で S にしか覆われていないものが存在する

(S のクリティカル要素と呼ぶ)

極小集合被覆 ( i ,C )に対して, C がEi-1の極小集合被覆でない

 Cのある集合 Sのクリティカル要素はeiのみであり, C の他の集合のクリティカル要素は eiではない

 C から S を除くと極小集合被覆になる

{1,2,3 } {1,2,3 }

{ 3, 5 } {1, 4,5 }

{ 2, 4, 6} {1, 3, 5,6}

slide10
親から子供を得るには

・ 親の定義の逆をすればよい

・ 任意の ( i ,C )に対して,

1. もし CがEi+1 の極小集合被覆ならば, ( i +1,C )は子供

⇔ ( CはEi の極小集合被覆なので ( i ,C ) は( i +1,C ) の親)

2.CがEi+1 の極小集合被覆でないときは,

C ∪{ S’ =(ei+1を含む集合)} が Ei+1 の極小集合被覆ならば,

( i +1,C ∪{S’ }) は子供

⇔ ( C ∪{S’ } はEi の極小集合被覆でないので

S’ を取り除いて得られる ( i ,C ) が親)

・ 子供は最大|F| 人. 必ずいるとは限らない  

slide11
計算量は押さえられない

・ 1反復は入力多項式時間. 反復の総数は,

 (全ての Ei 上の, 極小集合被覆数の総和)

・ 出力数多項式時間にはならない

・En 上の解集合に比べて

Ei 上の解集合が極端に大きくなるとは考えにくい

 たぶん, 実際はかなり速い(出力数多項式)だろう

 高速化をして、実際どの程度速くなるか検証する 

slide12
反復の高速化(改良1)

・ C ∪ {S’}の極小性チェックに時間がかかっている

・ 各反復で, 極小集合被覆 Cに対し,

各 S∈Cに対し, Sのクリティカル要素 ( S しか覆ってない要素の集合) c(S) を記憶

c(S)⊆ S’となる S∈Cが存在しなければ, C ∪ {S’}は極小

{ 1, 2, 3,7 }, { 1, 2, 4 }, { 5,6 }

・ { 3,5,7,8 } は加えられない   ・{ 1,2,3,5,8 } は加えられる

普通にチェック O(|E||F|) この方法 O(|E|)

( 計算結果から推測するに, Kavvadias & Stavropoulos は普通にチェック、の方法を用いているようだ)

slide13
反復の高速化(改良2)

c(S)⊆ S’となる S∈Cが存在しなければ, C ∪ {S’}は極小

  チェックは c(S)に含まれる部分だけでよい

(計算結果を見ると、 各 Sに含まれるクリティカル要素は, 通常とても少ない(定数個)のようなので )

各 S’∈C の要素で, いずれかの c(S), S ∈Cに含まれるものを保持

(反復の操作ごとに変更, 更新する. O(|F|) 時間程度)

slide14
順番を入れ替えて高速化

・E = { e1,…, en }の添え字を各要素を含む集合の数でソートする

小さい順      反復数が減るだろう

大きい順      各反復の計算時間が減るだろう

さて, どっちが速い?

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計算機実験

環境 :Pentium Ⅲ 500MHz, linux, 普通の C でプログラムを作り, gcc でコンパイルした

問題生成法 : 各要素が, 各集合に含まれる確率が3割として生成

※ 解が100万以上のときは100万個出力したところで打ち切る

slide16
実験結果の概略

計算時間/出力数  改良1:O(|E|) より少々大きい 

              改良2:O(|E|) 程度

        前の論文の結果: O(|E|2) より小さい程度

・ 集合族の大きさは少ししか計算時間に関係しないようだ

※ 各反復で, 子供候補のうち, だいたい一定割合が子供になっているのだろう

※ 深い反復での, 各集合が含むクリティカル要素数は, ほぼ定数であったので, 改良2が速いのだろう

・ ランダム:小さい順:大きい順  =  (およそ) 1 : 0.7 : 2.0

※ 各集合の大きさの偏りを増やすと, この比は大きくなる

  反復数を減らしたほうが効果は高いようだ

1 1 2
改良 1 と改良 1+2 の比較

前の論文:

|E|=50,

|F|=50

500秒

程度

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さらに大きな台集合で

前の論文: |E| = 1000 で 20000秒くらい

slide20
まとめと今後の課題

・極小集合被覆列挙問題に対して, 実験的に高速なアルゴリズムを提案した

・ ランダム問題に対する計算実験の結果, 入力 E , F ⊆ 2E に対する計算時間は, 1つあたりおよそ O(|E|)であった

・ 添え字の付け方を工夫すると, 出力数多項式オーダーになるかもしれない

( ・実は, もうひとつ改良を試してみたのだが, 速くならなかった)

・ 解1つあたり O(1)程度の時間にできるかどうかが今後の課題