Функции Метаболические пути KEGG

1. Функции Метаболические пути KEGG Д.А.Равчеев (7 апреля 2009 г.) Факультет Биоинженерии и Биоинформатики, 2 курс, весенний семестр

2. KEGG

3. KEGG Объединяет информацию • Геномную • гены и белки, отношение ортологичности • Химическую • лиганды, малые молекулы, ферменты • Биологическую (системную) • метаболические пути, другие биологические процессы Включает 19 баз данных

4. KEGG: базы данных

5. KEGG: система идентификаторов С00047 - лизин K04527 – инсулиновый рецептор hsa5210 – путь возникновения рака простаты

6. KEGG: геномы KEGG GENOME (KEGG Organisms) Эукариоты: 107 Бактреии: 804 Археи: 56 Система идентификации: трех-четырехбуквенный код hsa – Homo sapiens ath – Arabidopsis thaliana eco – Escherichia coli K-12 MG1655 ece – Escherichia coli O157 EDL933 hin – Haemophilus influenzae Rd KW20 mja – Methanococcus jannaschii

7. KEGG: гены KEGG GENES 4,314,643 генов из эукариот, бактерий и архей KEGG ORTHOLOGY 11,813 ортологичных групп генов KEGG DGENES – геныиз черновых (“draft”) геномов KEGG EGENES – белки, реконструированные из EST KEGG VGENEOME – вирусные геномы KEGG VGENES– гены из вирусных геномов KEGGOGENES– гены из геномов органелл

8. KEGG: химическая информация KEGG COMPOUND – 15,413 метаболитов и других веществ KEGG DRUG – 8,872 лекарств (только разрешенные на территории США и Японии) KEGG GLYCAN – 10,969 гликанов KEGG ENZYME – 5,050 ферментов KEGG REACTION – 7,830 реакций

9. KEGG: биологические процессы KEGG PATHWAY 91,564 пути на основе 345 «reference pathways» Homo sapiens Reference pathway

11. KEGG: пример метаболической карты

12. Задания • Найти описания двух веществ, субстрата и продукта. • Найти метаболический путь, в котором возможно превращение субстрата в продукт, раскрасить вещества и ферменты (с раскрашиванием ферментов могут возникнуть трудности – придется подумать) • Описать цепочку реакций для превращения субстрата в продукт. • Исследовать полученную цепочку реакций в других организмах

13. Киото