生命情報学入門タンパク質立体構造予測演習 20 11 年 5 月 31 日

生命情報学入門タンパク質立体構造予測演習2011年5月31日生命情報学入門タンパク質立体構造予測演習2011年5月31日阿久津　達也京都大学　化学研究所バイオインフォマティクスセンター

PDBjの利用 • PDBj（Protein Data Bank Japan） • タンパク質立体構造のデータベース（日本サイト） • http://www.pdbj.org/index.html • 演習 • キーワードにタンパク質の名前などを入力して検索（例：verotoxin）。 • 一つのタンパク質を選び、その PDBID (例：1qnu)をクリック。このPDBIDを覚えておく。 • グラフィックソフト（図をクリックした後で Jmol Viewerをクリック）で構造を目でみて、その特徴をレポートに記載。 • 左のDisplay FilesのPDB Fileをクリックし、その内容を確認する（これをレポートに添付する必要はない）。 • 以上を例にあげたものとは異なるタンパク質について行うこと。

SCOPの利用 • SCOP（Structural Classification Of Proteins） • タンパク質立体構造を分類したデータベース • http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/もしくは • http://scop.berkeley.edu/ • 演習 • Top of the hierarchy をクリックし、その概要を体験する。 • PDBjの利用でメモしたPDBIDを入力して検索し、そのタンパク質がどのクラスに分類されているか（Lineage:の部分）をファイルに保存する。

CASPページからの配列データの取得 • CASP(Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction) • タンパク質立体構造予測コンテストのホームページ • http://predictioncenter.org/ • 演習 • 2010年のTarget List をクリックし、問題がどのような形式で出されるのかを知る。 • T0518, T0521 に対し、PAPIA（後で説明）を適用。 • それらのPDBIDをPDBjのHPで検索し、Structural Details の項をクリックし二次構造をチェック

PAPIA（二次構造予測）の利用 • PAPIA • 複数の手法の組み合わせによる二次構造予測 • http://mbs.cbrc.jp/papia/ • 演習 • ４（二次構造予測）を選択し、さらに Typing directlyを選択した後、配列データをコピー＆ペーストし、submit をクリック • T0518, T0521 の場合の結果の違いを知る • 上記以外の配列２種類を入力し、二次構造予測結果を保存し、真の二次構造データと比較

レポートの提出法 • 以下の情報をテキストに埋め込むか、添付する • SCOPで検索して得たLineage:の部分、および、PDBID • PAPIAを適用したCASPのターゲット配列ID • PAPIAによる予測結果 • 以下を数行程度にまとめる • PDBjにあるグラフィックソフトで見た立体構造の特徴 • 二種類の配列に対する予測結果と実際の二次構造の比較 • 提出先 • xxx および　yyy へメールを送付 • 件名は「生命と情報レポート課題」とする • 名前、学部学科、学年、学籍番号を明記 • 締め切り：6月7日午後8時まで

生命情報学入門 タンパク質立体構造予測演習 20 11 年 5 月 31 日